HDAC4 - HDAC4

HDAC4
Mevcut yapılar
PDB	Ortologtur arama: PDBe RCSB
PDB kimlik kodlarının listesi
	2H8N , 2O94 , 2VQJ , 2VQM , 2VQO , 2VQQ , 2VQV , 2VQW , 3UXG , 3UZD , 3V31 , 4CBT , 4CBY , 5A2S
tanımlayıcılar
takma adlar	HDAC4 , AHO3, BDMR, HA6116, HD4, HDAC-4, HDAC-A, HDACA, histon deasetilaz 4
Harici kimlikler	OMIM : 605314 MGI : 3036234 HomoloGene : 55946 GeneCards : HDAC4
Gen konumu ( İnsan )
Chr.	Kromozom 2 (insan)
Son	239.401.654 baz puan
Gen konumu ( Fare )
Chr.	Kromozom 1 (fare)
Son	92.195,699 baz puan
RNA ifade modeli
	Daha fazla referans ifade verisi
Gen ontolojisi
moleküler fonksiyon	• NAD'ye bağlı histon deasetilaz aktivitesi (H3-K14'e özgü) ; • diziye özgü DNA bağlanması ; • DNA bağlanması ; • GO:0001106 transkripsiyon koruyucu aktivite ; • histon deasetilaz aktivitesi ; • çinko iyonu bağlanması ; • transkripsiyon faktörü bağlanması ; • histon deasetilaz bağlanması ; • potasyum iyonu bağlanması ; • kromatin bağlanması ; • metal iyonu bağlanması ; • GO:0001948 protein bağlanması ; • protein kinaz bağlanması ; • hidrolaz aktivitesi ; • protein deasetilaz aktivitesi ; • özdeş protein bağlanması ; • promotöre özgü kromatin bağlanması ; • GO:0000980 RNA polimeraz II cis-düzenleyici bölge sekansına özgü DNA bağlanması ; • SUMO transferaz aktivitesi;
Hücresel bileşen	• sitoplazma ; • histon deasetilaz kompleksi ; • nöromüsküler bileşke ; • transkripsiyon baskılayıcı kompleksi ; • sarkomer ; • Z diski ; • A bandı ; • aktomiozin ; • çekirdek ; • sitozol ; • nükleoplazma ; • protein içeren kompleks;
biyolojik süreç	• reaktif oksijen türlerinin pozitif düzenleme biyosentetik işlem ; • histon H3 deasetilasyonu ; • iskelet sistemi geliştirme ; • kromatin yeniden modelleme ; • peptidil-lizin deasetilasyon ; • kalsiyum iyonu sinyal ile kardiyak kas kasılması düzenlenmesi ; • glikolitik işleminin negatif düzenlenmesinde ; • interlökin-1 yanıt ; • düzenlenmesi transkripsiyon, DNA şablonu ; • gen ekspresyonunun düzenlenmesi ve epigenetik ; • tümör nekrozu faktörüne karşı hücresel yanıt ; • DNA bağlanma transkripsiyon faktörü aktivitesinin pozitif düzenleme ; • RNA transkripsiyonunun negatif düzenlenmesi polimeraz II ; • protein Sumoilasyonun pozitif düzenleme ; • DNA- negatif düzenlenmesi bağlayıcı transkripsiyon faktörü aktivitesi ; • osteoblast farklılaşmasının negatif regülasyonu ; • transkripsiyon, DNA-temelli ; • sinir sistemi gelişimi ; • çizgili kas hücresi farklılaşmasının düzenlenmesi ; • transkripsiyonun pozitif regülasyonu, DNA-temelli ; • düz kas hücre göçünün pozitif regülasyonu ; • B hücre aktivasyonu ; • histon H4 deasetilasyonunun ; • mekanik uyarana hücresel yanıtı ; • nöron apoptotik sürecin olumlu düzenleme ; • strese yanıt olarak kalp kası hipertrofisi ; • hücre popülasyonu çoğalması olumlu düzenleme ; • mihotüp farklılaşma negatif regülasyonu ; • kas adaptasyon düzenlenmesinde rol oynayan denervasyon yanıt ; • iskelet kası düzenlenmesi lif gelişimi ; • osteoblast gelişimi ; • B hücre farklılaşması ; • paratiroid hormon uyarısına hücresel yanıt ; • inflamatuar yanıt ; • lamellipodyum düzeneğinin pozitif regülasyonu ; • protein bağlanmasının regülasyonu ; • transkripsiyonun negatif regülasyonu, DNA şablonlu ; • histon deasetilasyonu ; • ilaca yanıt ; • pozitif regülasyonu RNA polimeraz II tarafından transkripsiyon ; • hücre popülasyonu proliferasyonunun negatif regülasyonu ; • düz kas hücresi proliferasyonunun pozitif regülasyonu ; • kromatin organizasyonu ; • RNA polimeraz II tarafından pri-miRNA transkripsiyonunun negatif regülasyonu ; • protein deasetilasyonu ; • protein toplamı ; • erkek çiftleşme davranışının pozitif düzenlenmesi;
	Kaynaklar: Amigo / QuickGO
ortologlar
	9759
	208727
	ENSG00000068024
	ENSMUSG00000026313
	P56524
	Q6NZM9
	NM_006037 ; NM_001378414 ; NM_001378415 ; NM_001378416 ; NM_001378417
	NM_207225
	NP_006028 ; NP_001365343 ; NP_001365344 ; NP_001365345 ; NP_001365346
	NP_997108
	Vikiveri
İnsan Görüntüle/Düzenle	Fareyi Görüntüle/Düzenle

Histon deasetilaz 4 olarak da bilinir, HDAC4 , a, bir protein , insanlarda tarafından kodlandığını HDAC4 geni .

İşlev

Histonlar , transkripsiyonel regülasyonda , hücre döngüsü ilerlemesinde ve gelişimsel olaylarda kritik bir rol oynar . Histon asetilasyonu /deasetilasyonu, kromozom yapısını değiştirir ve transkripsiyon faktörünün DNA'ya erişimini etkiler. Bu gen tarafından kodlanan protein, histon deasetilaz /acuc/apha ailesinin II. sınıfına aittir . Histon deasetilaz aktivitesine sahiptir ve bir promotöre bağlandığında transkripsiyonu baskılar. Bu protein, DNA'yı doğrudan değil, MEF2C ve MEF2D transkripsiyon faktörleri aracılığıyla bağlar . RbAp48 ve HDAC3 ile bir multiprotein kompleksinde etkileşime giriyor gibi görünüyor. Ayrıca, TGFbeta1 kaynaklı miyofibroblastik farklılaşma için HDAC4 gereklidir.

Klinik önemi

Çalışmalar, HDAC4'ün kemik ve kas gelişimini düzenlediğini göstermiştir. Harvard Üniversitesi araştırmacıları da bunun sağlıklı görüşü desteklediği sonucuna vardılar: Düşük protein seviyeleri , farelerin retinalarındaki çubuk fotoreseptörlerin ve bipolar hücrelerin ölümüne yol açtı .

Etkileşimler

HDAC4'ün şunlarla etkileşime girdiği gösterilmiştir :

BCL6 ,
BTG2 ,
CBX5 ,
GATA1 ,
HDAC3 ,
HARİTA1 ,
HARİTA3 ,
MEF2C ,
Miyosite özgü güçlendirici faktör 2A ,
Nükleer reseptör yardımcı baskılayıcı 1 ,
Nükleer reseptör yardımcı baskılayıcı 2 ,
Testis reseptörü 2 ,
YWHAB ,
YWHAE ve
Çinko parmak ve BTB alanı içeren protein 16 .

Ayrıca bakınız

histon deasetilaz

Referanslar

daha fazla okuma

Pazin MJ, Kadonaga JT (Mayıs 1997). "Histon deasetilasyonu ve transkripsiyonunda iniş ve çıkışlar nedir?" . Hücre . 89 (3): 325–8. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80211-1 . PMID 9150131 . S2CID 11488594 .
Verdin E, Dequiedt F, Kasler HG (Mayıs 2003). "Sınıf II histon deasetilazlar: çok yönlü düzenleyiciler". Genetikte Eğilimler . 19 (5): 286–93. doi : 10.1016/S0168-9525(03)00073-8 . PMID 12711221 .
Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY, Liu W, Gibbs RA (Nisan 1996). "İyileştirilmiş av tüfeği kitaplığı yapımı için bir "çift adaptör" yöntemi". Analitik Biyokimya . 236 (1): 107–13. doi : 10.1006/abio.1996.0138 . PMID 8619474 .
Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W, Ricafrente JY, Wentland MA, Lennon G, Gibbs RA (Nisan 1997). "Büyük ölçekli birleştirme cDNA dizilimi" . Genom Araştırması . 7 (4): 353–8. doi : 10.1101/gr.7.4.353 . PMC 139146 . PMID 9110174 .
Wolffe AP (Mayıs 1997). "Transkripsiyonel kontrol. Günahkar baskı" . Doğa . 387 (6628): 16–7. doi : 10.1038/387016a0 . PMID 9139815 . S2CID 29803420 .
Ohara O, Nagase T, Ishikawa K, Nakajima D, Ohira M, Seki N, Nomura N (Şubat 1997). "Nispeten büyük proteinleri kodlayan cDNA klonlarının analizi için uygun insan beyni cDNA kitaplıklarının yapımı ve karakterizasyonu" . DNA Araştırması . 4 (1): 53–9. doi : 10.1093/dnares/4.1.53 . PMID 9179496 .
Fischle W, Emiliani S, Hendzel MJ, Nagase T, Nomura N, Voelter W, Verdin E (Nisan 1999). "Saccharomyces cerevisiae HDA1p ile ilgili yeni bir insan histon deasetilaz ailesi" . Biyolojik Kimya Dergisi . 274 (17): 11713–20. doi : 10.1074/jbc.274.17.11713 . PMID 10206986 .
Grozinger CM, Hassig CA, Schreiber SL (Nisan 1999). "Üç protein, maya Hda1p ile ilgili bir insan histon deasetilaz sınıfını tanımlar" . Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri . 96 (9): 4868-73. Bibcode : 1999PNAS...96.4868G . doi : 10.1073/pnas.96.9.4868 . PMC 21783 . PMID 10220385 .
Miska EA, Karlsson C, Langley E, Nielsen SJ, Pines J, Kouzarides T (Eylül 1999). "HDAC4 deasetilaz, MEF2 transkripsiyon faktörü ile birleşir ve onu bastırır" . EMBO Dergisi . 18 (18): 5099-107. doi : 10.1093/emboj/18.18.5099 . PMC 1171580 . PMID 10487761 .
Wang AH, Bertos NR, Vezmar M, Pelletier N, Crosato M, Heng HH, Th'ng J, Han J, Yang XJ (Kasım 1999). "HDAC4, maya HDA1 ile ilgili bir insan histon deasetilazı, bir transkripsiyonel koruyucudur" . Moleküler ve Hücresel Biyoloji . 19 (11): 7816-27. doi : 10.1128/mcb.19.11.7816 . PMC 84849 . PMID 10523670 .
Youn HD, Grozinger CM, Liu JO (Temmuz 2000). "Kalsiyum, histon deasetilaz 4 ile miyosit arttırıcı faktör 2'nin transkripsiyonel baskısını düzenler" . Biyolojik Kimya Dergisi . 275 (29): 22563–7. doi : 10.1074/jbc.C000304200 . PMID 10825153 .
Grozinger CM, Schreiber SL (Temmuz 2000). "14-3-3-bağımlı hücresel lokalizasyon ile histon deasetilaz 4 ve 5 ve transkripsiyonel aktivitenin düzenlenmesi" . Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri . 97 (14): 7835–40. Bibcode : 2000PNAS...97.7835G . doi : 10.1073/pnas.140199597 . PMC 16631 . PMID 10869435 .
Huynh KD, Fischle W, Verdin E, Bardwell VJ (Temmuz 2000). "BCoR, BCL-6 baskısında yer alan yeni bir koruyucu" . Genler ve Gelişim . 14 (14): 1810–23. doi : 10.1101/gad.14.14.1810 (31 Mayıs 2021 aktif değil). PMC 316791 . PMID 10898795 .CS1 bakımı: Mayıs 2021 itibariyle DOI etkin değil ( bağlantı )
Li J, Wang J, Wang J, Nawaz Z, Liu JM, Qin J, Wong J (Ağustos 2000). "Her iki koruyucu protein SMRT ve N-CoR, HDAC3 içeren büyük protein komplekslerinde bulunur" . EMBO Dergisi . 19 (16): 4342–50. doi : 10.1093/emboj/19.16.4342 . PMC 302030 . PMID 10944117 .
Wang AH, Kruhlak MJ, Wu J, Bertos NR, Vezmar M, Posner BI, Bazett-Jones DP, Yang XJ (Eylül 2000). "14-3-3 proteinlerinin bağlanmasıyla histon deasetilaz 4'ün düzenlenmesi" . Moleküler ve Hücresel Biyoloji . 20 (18): 6904–12. doi : 10.1128/MCB.20.18.6904-6912.2000 . PMC 88766 . PMID 10958686 .
Zhang CL, McKinsey TA, Lu JR, Olson EN (Ocak 2001). "COOH-terminal bağlayıcı protein (CtBP) ve MEF2-etkileşimli transkripsiyon baskılayıcı (MITR) ilişkisi, MEF2 transkripsiyon faktörünün transkripsiyonel baskısına katkıda bulunur" . Biyolojik Kimya Dergisi . 276 (1): 35–9. doi : 10.1074/jbc.M007364200 . PMID 11022042 .
McKinsey TA, Zhang CL, Lu J, Olson EN (Kasım 2000). "Bir histon deasetilazın sinyale bağlı nükleer ihracatı, kas farklılaşmasını düzenler" . Doğa . 408 (6808): 106-11. Bibcode : 2000Natur.408..106M . doi : 10.1038/35040593 . PMC 4459600 . PMID 11081517 .
Zhou X, Richon VM, Wang AH, Yang XJ, Rifkind RA, Marks PA (Aralık 2000). "Histon deasetilaz 4, hücre dışı sinyalle düzenlenen kinazlar 1 ve 2 ile birleşir ve hücresel lokalizasyonu onkojenik Ras tarafından düzenlenir" . Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri . 97 (26): 14329–33. Bibcode : 2000PNAS...9714329Z . doi : 10.1073/pnas.250494697 . PMC 18918 . PMID 11114188 .
McKinsey TA, Zhang CL, Olson EN (Aralık 2000). "14-3-3'ün histon deasetilaz 5'e kalsiyum/kalmodulin bağımlı protein kinaz ile uyarılan bağlanmasıyla miyosit güçlendirici faktör-2 transkripsiyon faktörünün aktivasyonu" . Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri . 97 (26): 14400–5. Bibcode : 2000PNAS...9714400M . doi : 10.1073/pnas.260501497 . PMC 18930 . PMID 11114197 .

Dış bağlantılar

HDAC4+protein,+insan ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi Tıbbi Konu Başlıklarında (MeSH)

Bu makale , kamu malı olan Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Tıp Kütüphanesinden alınan metinleri içermektedir .

Languages

In other projects