Tetratrikopeptit tekrar proteini 39B - Tetratricopeptide repeat protein 39B

TTC39B
tanımlayıcılar
takma adlar TTC39B , C9orf52, tetratrikopeptid tekrar alanı 39B
Harici kimlikler OMIM : 613574 MGI : 1917113 Homologene : 25228 GeneCards : TTC39B
ortologlar
Türler İnsan Fare
giriş

158219

69863
Topluluk

ENSG00000155158

ENSMUSG00000038172
UniProt

Q5VTQ0

Q8BYY4
RefSeq (mRNA)

NM_001168339
NM_001168340
NM_001168341
NM_001168342
NM_152574

NM_025782
NM_027238
RefSeq (protein)

NP_001161811
NP_001161812
NP_001161813
NP_001161814
NP_689787

NP_081514
Konum (UCSC) Chr 9: 15.16 – 15.31 Mb Bölüm 4: 83.22 – 83.32 Mb
PubMed'de arama
Vikiveri
İnsan Görüntüle/Düzenle Fareyi Görüntüle/Düzenle

Tetratricopeptide tekrar proteini 39B a, proteinin bu insanlar tarafından kodlanan TTC39B geni. TTC39B, C9orf52 veya FLJ33868 olarak da bilinir. Tetratrikopeptit tekrar 39B içindeki ana özellik, proteinin çoğunluğunu kapsayan bilinmeyen fonksiyon 3808'in (DUF3808) alanıdır.

Gen

Kromozom 9'daki TTC39B Gen Konumu

TTC39B geni, 9p22.3'te dokuzuncu kromozomun kısa kolunda bulunur. Genomik DNA, uzun 136.517 bazdır 39 oluşur intronlar ve 20 ekson ve eksi dizileri üzerindedir. mRNA 3.276 baz uzunluğundadır. TTC39B, bir klorür kanalı, voltaja duyarlı 3 psödogen olan LOC100419056 ile çevrilidir .

İşlev

TTC39B'nin bir moleküler bağlanma işlevine sahip olmasının yanı sıra lipid regülasyonunda bir rolü olması beklenir; fenotip gibi işlev vivo bilinmemektedir.

Homoloji ve evrim

paraloglar

TTC39B için bilinen iki paralog vardır: TTC39A ve TTC39C. TTC39A'nın iki ek izoformu vardır ve TTC39C'nin üç ek izoformu vardır.

TTC39A, meme neoplazmaları gibi hastalıklarla ilişki için test edilmiştir ve moleküler bağlanma işlevine sahip olması ve çeşitli bölmelerde ( hücre dışı boşluk , zar , çekirdek ) lokalize olması beklenmektedir .

TTC39C'nin sitoplazmada lokalize olması bekleniyor . Hiçbir fenotip keşfedilmemiştir ve genin in vivo işlevi bilinmemektedir.

ortologlar

Cins ve Türler Yaygın isim RNA Yüzde Kimliği uyuşmazlık
Pan panisküs bonobo %99 6.3 MYA
Pan troglodytes Şempanze %99 6.3 MYA
goril goril goril Goril %99 8.8 MYA
Nomascus leucogenys şebek %98 20.4 MYA
Papio anubis babun %97 29.0 MYA
Pongo cüce Orangutan %97 15.7 MYA
callithrix jacchus Marmoset %96 42,6 MYA
Saimiri boliviensis boliviensis sincap maymunu %94 42,6 MYA
canis lupus aşina Köpek %91 94.2 MYA
Otolemur garnettii Çalı bebek %90 74.0 MYA
felis kedi Kedi %89 94.2 MYA
Boğa burcu İnek %88 94.2 MYA
Cricetulus griseus Hamster %87 92.3 MYA
Ovis Koç Koyun %85 94.2 MYA
Rattus norvegicus Fare %85 92.3 MYA

uzak homologlar

Cins ve Türler Yaygın isim RNA Yüzde Kimliği uyuşmazlık
Sarcophilus harrisii Tazmanya Canavarı %78 162.6 MYA
Gallus galus Tavuk %75 296.0 MYA
Taeniopygia guttata Zebra fincanı %75 296.0 MYA
Anolis carolinensis Kertenkele %75 296.0 MYA
Xenopus laevis Kurbağa %74 371.2 MYA

filogeni

TTC39B insana organizmalarda muhafaza edilir flatielmintlere olup maya ve mantarlarda ve muhafaza edilir.

TTC39B Yakın Ortologlarının Köklenmemiş Filojenik Ağacı
TTC39B Uzak Homologların Köklenmemiş Filojenik Ağacı

Protein

TTC39B geni, her biri farklı bir proteini kodlayan beş farklı transkript varyantına sahiptir. Bu makale, tüm proteinlerin en uzunu olan tetratrikopeptid tekrar proteini 39B izoformu 1'e odaklanmaktadır. Çeviri yapıldığında, TTC39B proteini 682 amino asitten oluşur ve moleküler ağırlığı 76.955.64 kDa'dır. İzoelektrik nokta proteininin 7.16 pH değeridir.

koruma

Yakın Ortologlar:

Cins ve Türler Yaygın isim Protein Yüzde Kimliği uyuşmazlık
Pan troglodytes Şempanze %99 6.3 MYA
Pan panisküs bonobo %99 6.3 MYA
Nomascus leucogenys şebek %98 20.4 MYA
Papio anubis babun %98 29.0 MYA
callithrix jacchus Marmoset %97 42,6 MYA
Saimiri boliviensis boliviensis sincap maymunu %96 42,6 MYA
heterosefali glaber çıplak köstebek-sıçan %92 92.3 MYA
canis lupus aşina Köpek %91 94.2 MYA
Cricetulus griseus Hamster %90 92.3 MYA
Ovis Koç Koyun %89 94.2 MYA
Cavia porcellus Gine domuzu %86 92.3 MYA

Uzak Ortologlar:

Cins ve Türler Yaygın isim Protein Yüzde Kimliği uyuşmazlık
Sarcophilus harrisii Tazmanya Canavarı %73 162.6 MYA
Taeniopygia guttata Zebra fincanı %72 296.0 MYA
pteropus alecto yarasa %55 94.2 MYA
Boğa burcu İnek %54 94.2 MYA
Rattus norvegicus Fare %54 92.3 MYA
Gallus galus Tavuk %54 296.0 MYA
Danio yeniden Zebra balığı %54 400,1 MYA
Crassostrea gigaları istiridye %50 782,7 MYA
Camponotus floridanus Karınca %43 782,7 MYA
Nasonia vitripennis Yaban arısı %42 782,7 MYA
Ciona intestinalis Ürokordata %40 722,5 MYA
Clonorchis sinensis karaciğer kelebeği %35 792.4 MYA

Etki alanları ve motifler

Bilinmeyen İşlev Etki Alanı 3808 (DUF3808) alanı, mantarlardan insanlara kadar korunur ve şu anda bilinmeyen bir işleve sahiptir. 142 amino asitten 568'e (427 amino asit uzunluğunda) bulunur. Bu ailenin proteinleri ayrıca C-terminallerinde bilinmeyen bir işlevi olan bir TPR_2 alanı içerir .

TTC39B proteinindeki bir başka korunmuş alan, TPR_12 tetratrikopeptid tekrarıdır. 600 amino asitten 658'e kadar (59 amino asit uzunluğunda) bulunur. TPR alanları, bir ortak protein ile spesifik etkileşimleri kolaylaştıran birçok proteinde bulunur. Üç boyutlu yapısal veriler, bir TPR bölgesinin iki antiparalel alfa-helis oluşturduğunu göstermiştir . Birbiri ardına düzenlenen TPR motifleri, muhtemelen bir hedef proteinin tamamlayıcı bölgesini barındırabilen bir amfipatik kanal ile sağ-elli bir sarmal yapı oluşturur . TPR içeren proteinlerin çoğu, multiprotein kompleksleri ile ilişkilidir ve TPR motiflerinin şaperon, hücre döngüsü, transkripsiyon ve protein taşıma komplekslerinin işleyişi için önemli olduğunu gösteren kapsamlı kanıtlar vardır. TTC39B proteininde iki tane daha TPR alanı bulunur: 393 ila 426 amino asitlerinden (34 amino asit uzunluğunda) uzanan TPR1 ve 626 ila 659 amino asitlerinden (ayrıca 34 amino asit uzunluğunda) yayılan TPR2.

TTC39B, tümü DUF3808 bölgesi içinde yer alan üç transmembran bölgesi içerir. Üç transmembran bölgesi olduğundan, proteinin N-terminali ve C-terminali plazma zarının zıt taraflarında olacaktır.

Çeviri sonrası değişiklikler

Fosforilasyon Siteleri:

Amino asit Konum
serin (S) 28, 32, 42, 51, 61, 62, 72, 91, 93, 94, 96, 101, 102, 107, 120, 123, 124, 125, 126, 127, 134, 148, 165, 173, 194, 215, 217, 218, 221, 224, 229, 270, 279, 305, 313, 329, 344, 347, 350, 365, 393, 421, 454, 461, 464, 477, 500, 509, 524, 526, 548, 551, 557, 573, 578, 580, 614, 634, 638, 660, 663, 680, 681
treonin (T) 89, 100, 110, 121, 128, 152, 174, 183, 202, 211, 250, 269, 356, 362, 370, 467, 487, 493, 512, 563, 628, 651
Tirozin (Y) 167, 172, 206, 210, 239, 271, 274, 295, 363, 398, 434, 451, 452, 453, 468, 523, 542, 608, 620, 623, 636, 656, 659

Toplama Yerlerinin Olasılığı ( kalınlaştırılmış ):

Numara. Konum Grup Puan
1 619 ESEKL L K YD HYLVP 0.91
2 262 NMINF I K GG LKIRT 0.77
3 302 EFEGG V K LG SGAFN 0.76
4 133 STKVD L K SG LEECA 0.73

Amino asit 391'de olası bir N-glikosilasyon bölgesi vardır, ancak TTC39B proteini bir sinyal peptidi içermediğinden, bu glikosilasyonun gerçekten meydana gelmesi olası değildir.

ikincil yapı

İkincil protein yapısının bir analizine göre, TTC39B'nin endoplazmik retikulum , mitokondri ve Golgi aygıtında eksprese edilmesi daha olasıdır .

Üçüncül ve kuaterner yapı

TTC39B proteini bir alfa-alfa süper sarmalına katlanır. Yapısının %40'ı, o-bağlı GlcNAc transferazın süper sarmal alanı olan d1w3ba ile eşleşir. O-GlcNAc, bir besin sensörü olarak hareket ederek çok çeşitli hücresel sinyal yollarının düzenlenmesiyle metabolik durumu birleştirir.


İfade

Destekleyici ve transkripsiyon başlangıç ​​sitesi

Promotör TTC39B baz çifti 15.307.858 baz çifti 15.307.109 ve uçlarında başlar. 750 baz çifti uzunluğundadır. Kopyalama başlangıç sahası, TTC39B proteini izoformunun 1 15.307.340 15,307,389 baz çifti bulunur ve 50 bp'lik bir uzunluğa sahiptir.

İfade profili

TTC39B, kaslarda, iç organlarda, salgı organlarında, üreme organlarında, bağışıklık sisteminde ve sinir sisteminde iyi ifade edilir. TTC39B çok sayıda dokuda eksprese edilir: testis , akciğer , langerhans adacıkları , pankreas , böbrek , havuzlanmış germ hücreli tümörler, meme karsinomu , vb.


Transkript varyantları

TTC39B geni için beş farklı transkript varyantı vardır. İzoform 1 en uzun transkripttir ve en uzun izoformu kodlar. Isoform 2, varyant 1'e kıyasla merkezi kodlama bölgesinde alternatif bir çerçeve içi ekleme bölgesi kullanır, bu da daha kısa bir proteinle sonuçlanır. İzoform 3 ve 4, merkezi kodlama bölgesinde birden çok farklılığa sahiptir, ancak izoform 1'e kıyasla okuma çerçevesini korur . İzoform 5, 5' UTR'de farklılık gösterir ve varyant 1'e kıyasla çoklu kodlama bölgesi farklılıklarına sahiptir. alt -Frame AUG ve daha kısa olan izoform 5 sonuçları N-terminus izoform 1 ile karşılaştırıldığında.

Etkileşen proteinler

bağlayıcı transkripsiyon faktörleri

Transkripsiyon Faktörü Bağlama Siteleri:

matris ailesi Ayrıntılı Aile Bilgileri İtibaren NS İplik Benzerlik Sıra (BÜYÜK HARFLER: çekirdek sıra)
V$PLAG Pleomorfik adenom geni 51 73 (+) 1.000 taGGGGgaagtagaggagttcca
V$TALE TG motiflerini tanıyan TALE homeodomain sınıfı 157 173 (+) 1.000 ggtggtgtGTCAgaggc
V$ZF02 C2H2 çinko parmak transkripsiyon faktörleri 2 294 316 (-) 1.000 cagcgCCCCacctggggtccgtg
V$MIZ1 Myc -etkileşimli Zn parmak proteini 1 417 427 (-) 1.000 cacgcCCTCtg
2$TF2B RNA polimeraz II transkripsiyon faktörü II B 517 523 (-) 1.000 ccgCGCC

Hücresel Proteinler

TTC39B , bir poliubikuitin öncüsü olan ubiquitin C (UBC) ile etkileşime girer . Ubikuitin monomerlerinin veya polimerlerinin konjugasyonu, bir hücre içinde farklı etkilere yol açar. Ubiquitination , protein bozulması , DNA onarımı , hücre döngüsü düzenlemesi, kinaz modifikasyonu, endositoz ve diğer hücre sinyal yollarının düzenlenmesi ile ilişkilendirilmiştir.

Klinik önemi

hastalık derneği

Yüksek yoğunluklu lipoprotein (HDL-C) ile ilişkili olduğu bulunan 9p22 kromozomu üzerindeki bir lokusta , TTC39B lokusta karaciğerde bir eQTL'ye sahip olan birkaç genden sadece biriydi ve alel, artmış HDL ile ilişkili olarak azalmış ekspresyonla ilişkiliydi. -C. Fare ortologu TTC39B'nin bir viral vektör yoluyla yıkılması (%50 yıkım) 4 gün ve 7 günde önemli ölçüde daha yüksek plazma HDL-C seviyeleri ile sonuçlandı. Veriler, TTC39B'nin lipid regülasyonu için nedensel genler olduğunu gösterir.

Referanslar