SH3 alanı - SH3 domain

SH3 alanı
1shg SH3 etki alanı.png
SH3 alanının şerit diyagramı, alfa spektrin, tavuktan (PDB erişim kodu 1SHG), maviden (N-terminali) kırmızıya (C-terminali) renklendirilmiştir.
tanımlayıcılar
Sembol SH3_1
Pfam PF00018
Pfam klanı CL0010
InterPro IPR001452
AKILLI SM00326
PROZİT PS50002
SCOP2 1shf / KAPSAM / SUPFAM
CDD cd00174

Src homoloji 3 Alan (veya SH3 alan ), küçük bir protein alanı yaklaşık 60 arasında amino asit kalıntıları. İlk olarak, SH3 bir olarak tanımlanan korunmuş dizisi içinde viral adaptör protein V-Crk. Bu alan ayrıca fosfolipaz moleküllerinde ve Abl ve Src gibi birkaç sitoplazmik tirozin kinazda bulunur . PI3 Kinaz , Ras GTPaz aktive edici protein , CDC24 ve cdc25 gibi diğer birçok protein ailesinde de tanımlanmıştır . SH3 alanları, hücre iskeletini , Ras proteinini ve Src kinazını ve diğerlerini düzenleyen sinyal yollarının proteinlerinde bulunur . SH3 proteinleri, adaptör proteinler ve tirozin kinazlar ile etkileşime girer. Tirozin kinazlar ile etkileşime giren SH3 proteinleri genellikle aktif bölgeden çok uzakta bağlanır . İnsan genomunda kodlanan proteinlerde yaklaşık 300 SH3 alanı bulunur. Buna ek olarak, SH3 alanı, sinyal iletim yollarındaki protein-protein etkileşimlerini kontrol etmekten ve sitoplazmik sinyalleşmede yer alan proteinlerin etkileşimlerini düzenlemekten sorumluydu .

Yapı

SH3 alanı, sıkıca paketlenmiş iki anti-paralel β levha olarak düzenlenmiş beş veya altı β-şeritinden oluşan karakteristik bir beta varil katına sahiptir . Bağlayıcı bölgeler kısa sarmallar içerebilir. SH3 tipi kıvrım, ökaryotlarda olduğu kadar prokaryotlarda da bulunan eski bir kıvrımdır.

peptit bağlama

Klasik SH3 alanı genellikle diğer proteinlerle etkileşime giren ve tipik olarak ilgili bağlanma partnerlerinde prolin bakımından zengin peptitlere bağlanma yoluyla spesifik protein komplekslerinin montajına aracılık eden proteinlerde bulunur . Klasik SH3 alanları, insanlarda hücre içi proteinlerle sınırlıdır, ancak küçük insan MIA hücre dışı protein ailesi de SH3 benzeri bir kata sahip bir alan içerir.

Proteinlerin birçok SH3 bağlayıcı epitopu, düzenli bir ifade veya Kısa doğrusal motif olarak temsil edilebilen bir konsensüs dizisine sahiptir : 

-X-P-p-X-P-
 1 2 3 4 5

1 ve 4 alifatik amino asitler, 2 ve 5 her zaman ve 3 bazen prolindir. Dizi , SH3 alanının hidrofobik cebine bağlanır . Daha yakın zamanlarda, bir çekirdek konsensüs motifi RxxK'ya bağlanan SH3 alanları tarif edilmiştir. Örnekler, Grb2 ve Mona (aka Gads, Grap2, Grf40, GrpL vb.) gibi adaptör proteinlerin C-terminali SH3 alanlarıdır. Diğer SH3 bağlama motifleri ortaya çıkmış ve bu alanın çok yönlülüğünü vurgulayarak çeşitli moleküler çalışmalar sırasında hala ortaya çıkmaktadır.

SH3 interaktomları

SH3 domeni aracılı protein-protein etkileşim ağları, yani SH3 interaktomları, solucan SH3 interaktomunun, endositozda rolleri olan proteinler için önemli ölçüde zenginleştirildiği için analog maya ağına benzediğini ortaya çıkardı. Bununla birlikte, ortolog SH3 alanı aracılı etkileşimler, solucan ve maya arasında yüksek oranda yeniden bağlanır.

SH3 alanlı proteinler

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ Pawson T, Schlessingert J (Temmuz 1993). "SH2 ve SH3 alanları". Güncel Biyoloji . 3 (7): 434–42. doi : 10.1016/0960-9822(93)90350-W . PMID  15335710 . S2CID  53273571 .
  2. ^ Mayer BJ (Nisan 2001). "SH3 alanları: ölçülü karmaşıklık". Hücre Bilimi Dergisi . 114 (Pt 7): 1253–63. PMID  11256992 .
  3. ^ Musacchio A, Gibson T, Lehto VP, Saraste M (Temmuz 1992). "SH3--bir fonksiyon arayışında bol miktarda protein alanı" . FEBS Mektupları . 307 (1): 55-61. doi : 10.1016/0014-5793(92)80901-R . PMID  1639195 . S2CID  8564342 .
  4. ^ Mayer BJ, Baltimore D (Ocak 1993). "SH2 ve SH3 alanları üzerinden sinyal gönderme". Hücre Biyolojisindeki Eğilimler . 3 (1): 8-13. doi : 10.1016/0962-8924(93)90194-6 . PMID  14731533 .
  5. ^ Pawson T (Şubat 1995). "Protein modülleri ve sinyal ağları". Doğa . 373 (6515): 573-80. doi : 10.1038/373573a0 . PMID  7531822 . S2CID  4324726 .
  6. ^ Schlessinger J (Şubat 1994). "SH2/SH3 sinyal proteinleri". Genetik ve Gelişimde Güncel Görüş . 4 (1): 25–30. doi : 10.1016/0959-437X(94)90087-6 . PMID  8193536 .
  7. ^ Koch CA, Anderson D, Moran MF, Ellis C, Pawson T (Mayıs 1991). "SH2 ve SH3 alanları: sitoplazmik sinyal proteinlerinin etkileşimlerini kontrol eden elemanlar". Bilim . 252 (5006): 668-74. doi : 10.1126/science.1708916 . PMID  1708916 .
  8. ^ Whisstock JC, Lesk AM (Nisan 1999). "Prokaryotlarda SH3 alanları". Biyokimya Bilimlerinde Eğilimler . 24 (4): 132–3. doi : 10.1016/s0968-0004(99)01366-3 . PMID  10322416 .
  9. ^ a b Xin, Xiaofeng; Gfeller, David; Cheng, Jackie; Tonikyan, Raffi; Güneş, Lin; Guo, Alan; Lopez, Lianet; Pavlenco, Alevtina; Akıntobi, Adenrele (2013-01-01). "SH3 interaktom, genel işlevi belirli bir biçime göre korur" . Moleküler Sistemler Biyolojisi . 9 : 652. doi : 10.1038/msb.2013.9 . ISSN  1744-4292 . PMC  3658277 . PMID  23549480 .
  10. ^ Tonikyan, Raffi; Xin, Xiaofeng; Toret, Christopher P.; Gfeller, David; Landgraf, Christiane; Panni, Simona; Paoluzi, Serena; Castagnoli, Luisa; Currell, Bridget (2009-10-01). "Maya SH3 alan interaktomunun Bayes modellemesi, endositoz proteinlerinin uzaysal-zamansal dinamiklerini tahmin eder" . PLOS Biyoloji . 7 (10): e1000218. doi : 10.1371/journal.pbio.1000218 . ISSN  1545-7885 . PMC  2756588 . PMID  19841731 .

Dış bağlantılar