PROZİT - PROSITE
 | |
|---|---|
| içerik | |
| Açıklama | PROSITE, fonksiyonel karakterizasyon ve açıklama için bir protein alanı veritabanı. |
| İletişim | |
| Araştırma Merkezi | İsviçre Biyoinformatik Enstitüsü |
| laboratuvar | Yapısal Biyoloji ve Biyoinformatik Bölümü |
| Birincil alıntı | PMID 19858104 |
| Yayın tarihi | 1988 |
| Giriş | |
| İnternet sitesi | prosite |
PROSITE bir protein veri tabanıdır . Protein ailelerini , etki alanlarını ve fonksiyonel bölgeleri ve ayrıca bunlardaki amino asit kalıplarını ve profillerini açıklayan girdilerden oluşur . Bunlar, İsviçre Biyoinformatik Enstitüsü'nün bir ekibi tarafından manuel olarak küratörlüğünü yapıyor ve Swiss-Prot protein ek açıklamasına sıkı bir şekilde entegre ediliyor . PROSITE, 1988 yılında grubu 20 yılı aşkın bir süredir yöneten Amos Bairoch tarafından kuruldu . Temmuz 2018'den bu yana PROSITE ve Swiss-Prot'un direktörü Alan Bridge'dir.
PROSITE'ın kullanımları arasında, yeni keşfedilen proteinlerin olası işlevlerinin belirlenmesi ve önceden belirlenmemiş aktivite için bilinen proteinlerin analizi yer alır. İyi çalışılmış genlerden elde edilen özellikler biyolojik olarak ilişkili organizmalara yayılabilir ve farklı veya az bilinen genler için biyokimyasal fonksiyonlar benzerliklerden tahmin edilebilir. PROSITE, protein dizi analizi ve motif tespiti için araçlar sunar (bkz. dizi motifi , PROSITE desenleri ). ExPASy proteomik analiz sunucularının bir parçasıdır .
ProRule veritabanı, PROSITE'ın alan tanımları üzerine kuruludur. Fonksiyonel veya yapısal olarak kritik amino asitler hakkında ek bilgi sağlar. Kurallar , işlevin belirlenmesine yardımcı olmak için aktif bölgeler, substrat veya ko-faktör bağlama bölgeleri, translasyon sonrası modifikasyon bölgeleri veya disülfid bağları gibi biyolojik olarak anlamlı kalıntılar hakkında bilgi içerir . Bunlar, PROSITE motiflerine dayalı olarak otomatik olarak açıklama oluşturabilir.
İstatistik
29 Haziran 2016 itibariyle, 20.128 yayınında 1.762 belge girişi, 1.309 desen, 1.161 profil ve 1.175 ProRule bulunur.
Ayrıca bakınız
- Uniprot — evrensel protein veritabanı , protein bilgileri konusunda merkezi bir kaynak — PROSITE buna veri ekler.
- InterPro — protein aileleri, etki alanları ve işlevsel sitelerin veritabanlarından gelen verileri gruplayan merkezi bir veritabanı - verilerin bir kısmı PROSITE'tan gelir.
- Protein hücre altı lokalizasyon tahmini — PROSITE kullanımına başka bir örnek.
Referanslar
Dış bağlantılar
- Resmi internet sitesi
- ProRule — PROSITE tahmincilerine dayalı kurallar veritabanı