Klik (grafik teorisi) - Clique (graph theory)

ile bir grafik
  • 23 × 1-köşe klikleri (köşeler),
  • 42 × 2 köşeli klikler (kenarlar),
  • 19 × 3 köşeli klikler (açık ve koyu mavi üçgenler) ve
  • 2 × 4 köşeli klikler (koyu mavi alanlar).
11 açık mavi üçgen maksimum klikleri oluşturur. İki koyu mavi 4-klik hem maksimum hem de maksimumdur ve grafiğin klik sayısı 4'tür.

Olarak matematiksel bir alan grafik teorisi , bir klik ( / k l Ben bir k / veya / k l ɪ k / ) bir köşe bir alt kümesidir yönsüz grafik klik her iki farklı noktalar bitişik olduğu şekilde. Kendisine, bir grafik bir klik bir olduğunu neden alt grafiğinin bölgesinin olmasıdır tam . Klikler, çizge teorisinin temel kavramlarından biridir ve diğer birçok matematiksel problemde ve grafiklerdeki yapılarda kullanılır. Klikler ayrıca bilgisayar bilimlerinde de çalışılmıştır : bir grafikte belirli bir boyutta bir kliğin olup olmadığını bulma görevi ( klik problemi ) NP-tamamlanmıştır , ancak bu sertlik sonucuna rağmen, klikleri bulmak için birçok algoritma çalışılmıştır.

Tam alt grafların incelenmesi, en azından Erdős & Szekeres (1935) tarafından Ramsey teorisinin graf-teorik yeniden formüle edilmesine kadar gitse de , klik terimi , klikleri modellemek için sosyal ağlarda tam alt grafları kullanan Luce & Perry'den (1949) gelmektedir . insanlar; yani, hepsi birbirini tanıyan insan grupları. Kliklerin bilimlerde ve özellikle biyoinformatikte birçok başka uygulaması vardır .

Tanımlar

Bir klik , bir in yönsüz grafik bir alt kümesidir köşeler , her iki farklı noktalar bitişik olduğu şekilde. Bu durumda eşdeğerdir uyarılan alt grafiğinin bölgesinin neden olduğu bir olduğu tam bir grafiktir . Bazı durumlarda, klik terimi doğrudan alt grafiğe de atıfta bulunabilir.

Bir maksimum klik olan bir daha fazla bitişik köşe, daha büyük bir klik tepe grubu içindeki özel olmayan bir klik içerecek şekilde uzatılamaz bir klik olup. Bazı yazarlar, klikleri maksimum olmalarını gerektiren bir şekilde tanımlar ve maksimum olmayan tam alt grafikler için başka terminoloji kullanır.

Bir grafiğin maksimum kliği , , daha fazla köşesi olan bir klik olmayacak şekilde bir kliktir. Ayrıca, bir grafiğin klik numarası , içindeki maksimum klikteki köşe sayısıdır .

Kesişim sayısı arasında birlikte tüm kenarlarını kapsamaktadır cliques küçük sayıdır .

Klik kapak sayısı bir grafik klikleri en küçük sayıdır sendika köşe kümesini kapsar grafiğinin.

Bir grafiğin maksimum klik çaprazlaması , grafiğin her maksimum kliğinin alt kümede en az bir tepe noktası içermesi özelliğine sahip bir köşe alt kümesidir.

Bir kliğin tersi bağımsız bir kümedir, şu anlamda her klik tümleyen grafiğinde bağımsız bir kümeye karşılık gelir . Klik kapak grafiğinde her köşenin dahil mümkün olduğunca az kliklerin olarak bulmakta sorun kaygılar.

İlgili bir kavram bir biclique , tam bir iki parçalı alt grafiktir . Bipartit boyutu grafik grafiğinin tüm kenarlarını kaplamak için gerekli bicliques minimum sayısıdır.

Matematik

Kliklerle ilgili matematiksel sonuçlar aşağıdakileri içerir.

Birkaç önemli grafik sınıfı, klikleri ile tanımlanabilir veya karakterize edilebilir:

Ek olarak, diğer birçok matematiksel yapı grafiklerde klikleri içerir. Aralarında,

  • Klik kompleks bir grafiğin G bir bir soyut simpleksel kompleks X ( G her klik bir simplex) G
  • Bir tek yönlü grafik bir yönsüz grafik κ (olup G, bir grafikte her klik bir tepe ile) G ve tek bir tepe ile farklılık gösteren iki klikler bağlayan bir kenar. Bu, medyan grafiğine bir örnektir ve bir grafiğin klikleri üzerindeki bir medyan cebir ile ilişkilendirilir : üç A , B ve C kliğinin medyan m ( A , B , C ) , köşeleri en az ait olan kliktir. A , B ve C kliklerinden ikisi .
  • Klik-toplamı ortak bir klik bunları birlikte birleşerek iki grafik bir araya getirilmesi için bir yöntemdir.
  • Klik genişliği , grafiği ayrık birleşimlerden, yeniden etiketleme işlemlerinden ve verilen etiketlerle tüm köşe çiftlerini birbirine bağlayan işlemlerden oluşturmak için gereken minimum farklı köşe etiketi sayısı açısından bir grafiğin karmaşıklığı kavramıdır. Klik genişliği olan grafikler tam olarak kliklerin ayrık birlikleridir.
  • Kesişim sayısı , bir grafiğin tüm grafiğin kenarlarını kaplamak için gerekli cliques minimum sayısıdır.
  • Klik grafik bir grafik olan kesişim grafiği maksimal cliques.

Alt grafikleri tamamlamakla yakından ilgili kavramlar , tam grafiklerin ve tam grafik küçüklerin alt bölümleridir . Özellikle, Kuratowski'nin teoremi ve Wagner'in teoremi , sırasıyla yasaklanmış tam ve tam ikili alt bölümler ve küçükler ile düzlemsel grafikleri karakterize eder.

Bilgisayar Bilimi

Gelen bilgisayar bilimleri , klik sorun belirli bir grafikte maksimum klik veya tüm klikler, bulma hesaplama problemidir. Öyle NP-tam , biri Karp 21 NP-tam problemler . Aynı zamanda sabit parametreli inatçıdır ve tahmin edilmesi zordur . Bununla birlikte, ya üstel zamanda çalışan ( Bron-Kerbosch algoritması gibi ) ya da problemin polinom zamanında çözülebileceği düzlemsel grafikler ya da mükemmel grafikler gibi grafik aileleri için özelleşmiş , klikleri hesaplamak için birçok algoritma geliştirilmiştir .

Uygulamalar

Grafik-teorik kullanımında "klik" kelimesi , sosyal ağlardaki klikleri (birbirlerini tanıyan insan grupları) modellemek için tam alt grafikler kullanan Luce & Perry'nin (1949) çalışmasından ortaya çıktı . Aynı tanım Festinger (1949) tarafından daha az teknik terimlerin kullanıldığı bir makalede kullanılmıştır. Her iki çalışma da matrisleri kullanarak bir sosyal ağdaki klikleri ortaya çıkarmakla ilgilenir. Sosyal klikleri grafiksel olarak modellemek için devam eden çabalar için, örneğin Alba (1973) , Peay (1974) ve Doreian & Woodard (1994)'a bakınız .

Biyoinformatikten birçok farklı problem klikler kullanılarak modellenmiştir. Örneğin, Ben-Dor, Shamir & Yakhini (1999) , gen ekspresyon verilerinin kümelenmesi problemini, verileri açıklayan bir grafiği kliklerin ayrık birleşimi olarak oluşturulan bir grafiğe dönüştürmek için gereken minimum değişiklik sayısını bulma problemi olarak modelliyor ; Tanay, Sharan ve Shamir (2002) , kümelerin klikler olması gerektiği ifade verileri için benzer bir ikili kümeleme problemini tartışır . Sugihara (1984) model klikler kullanan çevresel uygunluğa olarak gıda ağları . Day & Sankoff (1986) , evrim ağaçlarının çıkarılması problemini, bu iki karakteri birleştiren mükemmel bir filogeni varsa, iki köşenin bir kenarı paylaştığı, köşeleri türün özelliklerine sahip bir grafikte maksimum klikleri bulma sorunu olarak tanımlar . Samudrala ve Moult (1998) modeli protein yapı tahmini olan köşeleri proteinin altbirimlerinden konumlarını temsil eden bir grafik klikler bulma bir sorun olarak. Spirin ve Mirny (2003) , bir protein-protein etkileşim ağındaki klikleri arayarak , birbirleriyle yakın etkileşime giren ve küme dışındaki proteinlerle çok az etkileşime sahip olan protein kümeleri buldular. Güç grafiği analizi , bu ağlardaki klikleri ve ilgili yapıları bularak karmaşık biyolojik ağları basitleştirmeye yönelik bir yöntemdir.

Gelen elektrik mühendisliği , Prihar (1956) iletişim ağları analiz etmek için klikler kullanır ve Paull ve Unger (1959) , kısmen, belirtilen mantıksal işlevleri hesaplanması için etkili bir devre tasarımı için kullanın. Klikler ayrıca otomatik test deseni oluşturmada kullanılmıştır : olası hataların uyumsuzluk grafiğindeki büyük bir klik, test setinin boyutunda bir alt sınır sağlar. Cong & Smith (1993) , bir elektronik devrenin daha küçük alt birimlere hiyerarşik bir bölümünün bulunmasında kliklerin bir uygulamasını açıklar.

Olarak kimya , Rhodes ve diğ. (2003) , bir hedef yapı ile yüksek derecede benzerliğe sahip bir kimyasal veri tabanındaki kimyasalları tanımlamak için klikler kullanır . Kuhl, Crippen & Friesen (1983) , iki kimyasalın birbirine bağlanacağı pozisyonları modellemek için klikleri kullanır.

Ayrıca bakınız

Notlar

Referanslar

  • Alba, Richard D. (1973), "Sosyometrik bir kliğin grafik-teorik tanımı" (PDF) , Journal of Mathematical Sociology , 3 (1): 113–126, doi : 10.1080/0022250X.1973.9989826.
  • Barthelemy, J.-P.; Leclerc, B.; Monjardet, B. (1986), "Sınıflandırmaların karşılaştırılması ve konsensüs problemlerinde sıralı kümelerin kullanımı hakkında", Journal of Classification , 3 (2): 187–224, doi : 10.1007/BF01894188 , S2CID  6092438.
  • Ben Dor, Amir; Shamir, Ron; Yakhini, Zohar (1999), "Kümelenme gen ekspresyon paternleri.", Journal of Computational Biology , 6 (3–4): 281–297, CiteSeerX  10.1.1.34.5341 , doi : 10.1089/106652799318274 , PMID  10582567.
  • Chang, Maw-Shang; Kloks, Ton; Lee, Chuan-Min (2001), "Maksimum klik çaprazları", bilgisayar bilimlerinde grafik-teorik kavramlar (Boltenhagen, 2001) , Bilgisayarda Ders Notları. Sci., 2204 , Springer, Berlin, s. 32–43, doi : 10.1007/3-540-45477-2_5 , ISBN 978-3-540-42707-0, MR  1905299.
  • Cong, J.; Smith, M. (1993), "VLSI tasarımında devre bölümleme uygulamalarına sahip bir paralel aşağıdan yukarıya kümeleme algoritması", Proc. 30. Uluslararası Tasarım Otomasyonu Konferansı , s. 755–760, CiteSeerX  10.1.1.32.735 , doi : 10.1145/157485.165119 , ISBN 978-0897915779, S2CID  525253.
  • Gün, William HE; Sankoff, David (1986), "Uyumluluk yoluyla sonuç çıkarmanın hesaplama karmaşıklığı", Systematic Zoology , 35 (2): 224–229, doi : 10.2307/2413432 , JSTOR  2413432.
  • Doreian, Patrick; Woodard, Katherine L. (1994), "Sosyal ağların çekirdeklerini ve sınırlarını tanımlama ve yerleştirme", Sosyal Ağlar , 16 (4): 267–293, doi : 10.1016/0378-8733(94)90013-2.
  • Erdös, Paul ; Szekeres, George (1935), "Geometride bir kombinatoryal problem" (PDF) , Compositio Mathematica , 2 : 463-470.
  • Festinger, Leon (1949), "Matris cebiri kullanarak sosyogramların analizi", İnsan İlişkileri , 2 (2): 153–158, doi : 10.1177/001872674900200205 , S2CID  143609308.
  • Graham, R .; Rothschild, B.; Spencer, JH (1990), Ramsey Teorisi , New York: John Wiley and Sons, ISBN 978-0-471-50046-9.
  • Hamzaoğlu, İ.; Patel, JH (1998), "Birleşimsel devreler için test seti sıkıştırma algoritmaları", Proc. 1998 IEEE/ACM Uluslararası Bilgisayar Destekli Tasarım Konferansı , s. 283–289, doi : 10.1145/288548.288615 , ISBN 978-1581130089, S2CID  12258606.
  • Karp, Richard M. (1972), "Birleşimsel problemler arasında indirgenebilirlik", Miller, RE; Thatcher, JW (ed.), Complexity of Computer Computations (PDF) , New York: Plenum, s. 85–103, orijinalinden arşivlendi (PDF) 2011-06-29 , alındı 2009-12-13.
  • Kuhl, FS; Crippen, GM; Friesen, DK (1983), "Ligand bağlanmasını hesaplamak için bir kombinatoryal algoritma", Journal of Computational Chemistry , 5 (1): 24-34, doi : 10.1002/jcc.540050105 , S2CID  122923018.
  • Kuratowski, Kazimierz (1930), "Sur le probleme des courbes gauches en Topologie" (PDF) , Fundamenta Mathematicae (Fransızca), 15 : 271–283, doi : 10.4064/fm-15-1-271-283.
  • Luce, R. Duncan ; Perry, Albert D. (1949), "Grup yapısının matris analizi için bir yöntem", Psychometrika , 14 (2): 95-116, doi : 10.1007 / BF02289146 , HDL : 10.1007 / BF02289146 , PMID  18.152.948 , S2CID  16.186.758.
  • Ay, JW; Moser, L. (1965), "Grafiklerdeki klikler üzerine", Israel Journal of Mathematics , 3 : 23–28, doi : 10.1007/BF02760024 , MR  0182577.
  • Paul, MC; Unger, SH (1959), " Tamamen belirtilmemiş sıralı anahtarlama işlevlerinde durum sayısının en aza indirilmesi ", Elektronik Bilgisayarlarda IRE İşlemleri , EC-8 (3): 356–367, doi : 10.1109/TEC.1959.5222697.
  • Peay, Edmund R. (1974), "Hiyerarşik klik yapıları", Sosyometri , 37 (1): 54–65, doi : 10.2307/2786466 , JSTOR  2786466.
  • Prihar, Z. (1956), "Telekomünikasyon ağlarının topolojik özellikleri", Proceedings of the IRE , 44 (7): 927–933, doi : 10.1109/JRPROC.1956.275149 , S2CID  51654879.
  • Rodos, Nicholas; Willett, Peter; Calvet, Alain; Dunbar, James B.; Humblet, Christine (2003), "CLIP: 3D veritabanlarının klik tespiti kullanılarak benzerlik araştırması", Journal of Chemical Information and Computer Sciences , 43 (2): 443–448, doi : 10.1021/ci025605o , PMID  12653507.
  • Samudrala, Ram; Moult, John (1998), "Protein yapısının karşılaştırmalı modellemesi için bir grafik-teorik algoritma", Journal of Molecular Biology , 279 (1): 287–302, CiteSeerX  10.1.1.64.8918 , doi : 10.1006/jmbi.1998.1689 , PMID  9636717.
  • Spirin, Victor; Mirny, Leonid A. (2003), "Moleküler ağlarda protein kompleksleri ve fonksiyonel modüller", Proceedings of the National Academy of Sciences , 100 (21): 12123–12128, doi : 10.1073/pnas.2032324100 , PMC  218723 , PMID  14517352.
  • Sugihara, George (1984), "Grafik teorisi, homoloji ve besin ağları", Levin, Simon A. (ed.), Population Biology , Proc. semptom. Uygulama Matematik, 30 , s. 83–101.
  • Tanay, Amos; Sharan, Roded; Shamir, Ron (2002), "Gen ekspresyon verilerinde istatistiksel olarak anlamlı ikili kümeleri keşfetme", Bioinformatics , 18 (Ek 1): S136–S144, doi : 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S136 , PMID  12169541.
  • Turán, Paul (1941), "Grafik teorisinde aşırı bir problem üzerine", Matematikai és Fizikai Lapok (Macarca), 48 : 436-452

Dış bağlantılar