Steven Salzberg - Steven Salzberg

Steven Salzberg
Steven Salzberg, CSHL Nov2018.jpg'de
Steven Salzberg, 2018'deki Biyolojik Veri Bilimi konferansında (CSHL)
Doğmak
Steven Lloyd Salzberg

1960 (yaş 60–61)
gidilen okul Yale Üniversitesi
Harvard Üniversitesi
Bilinen GLIMMER
mummer
montajcı AMOS
Papyon
tophat
eş(ler) Claudia Pasche
Ödüller Ben Franklin Ödülü (2013)
Bilimsel kariyer
kurumlar Maryland Üniversitesi, College Park
Genomik Araştırma Enstitüsü
Johns Hopkins Üniversitesi
Tez İç içe genelleştirilmiş örneklerle öğrenme  (1989)
Doktora danışmanı William Aaron Woods
Doktora öğrencileri
Diğer önemli öğrenciler Olga Troyanskaya
İnternet sitesi salzberg-lab .org

Steven Lloyd Salzberg (1960 doğumlu) ise Amerikalı hesaplama biyolog ve bilgisayar bilimcisi bir olan Bloomberg Profesör Seçkin Biyomedikal Mühendislik, Bilgisayar Bilimi ve Biyoistatistik Johns Hopkins Üniversitesi . Johns Hopkins Tıp Fakültesi'ndeki Genetik Tıp Enstitüsü'nün bir üyesidir ve aynı zamanda Hesaplamalı Biyoloji Merkezi'nin Direktörüdür.

Hayatın erken dönemi ve eğitim

Salzberg, 1960 yılında Psikoloji Fahri Profesörü Herman Salzberg ve emekli bir okul öğretmeni olan Adele Salzberg'in dört çocuğundan biri olarak dünyaya geldi. Salzberg, yüksek lisans eğitimini yaptı Yale Üniversitesi'nden onun daha sonra burada Arts lisans Yale döndü 1981 yılında 1980 yılında İngilizce olarak derecesi ve onun aldığı Master of Science ve Felsefe Master sırasıyla 1982 ve 1984 yılında Bilgisayar Bilimleri derece. Bir startup şirketinde birkaç yıl çalıştıktan sonra Harvard Üniversitesi'ne kaydoldu ve burada doktora derecesi aldı. 1989 yılında Bilgisayar Bilimleri alanında

Kariyer

Doktora derecesini aldıktan sonra, Salzberg Johns Hopkins Üniversitesi Bilgisayar Bilimleri Bölümü'nde Yardımcı Doçent olarak katıldı ve 1997'de Doçentliğe terfi etti. 1998-2005 yılları arasında The Institute for Bioinformatics bölümünün başkanıydı. Genomik Araştırma , dünyanın en büyük genom dizileme merkezlerinden biri. Salzberg daha sonra Maryland Üniversitesi, College Park'ta Bilgisayar Bilimleri Bölümü'ne katıldı ve burada Horvitz Bilgisayar Bilimleri Profesörü ve Biyoinformatik ve Hesaplamalı Biyoloji Merkezi Direktörü olarak görev yaptı. 2011 yılında Salzberg, Johns Hopkins Üniversitesi'ne Tıp Bölümü'nde Profesör olarak döndü. 2014 yılından itibaren Tıp Fakültesi Biyomedikal Mühendisliği Bölümü'nde Profesör; Whiting Mühendislik Okulu'nda Bilgisayar Bilimleri Bölümü; ve Bloomberg Halk Sağlığı Okulu Biyoistatistik Bölümü'nde.

2013 yılında Salzberg , biyoinformatik alanında Benjamin Franklin ödülünü kazandı .

Mart 2015 yılında bir seçildi Bloomberg Seçkin Profesör de Johns Hopkins Üniversitesi bilim adamlarının yeni nesil öğretim disiplinler arası bir araştırmacı ve mükemmellik olarak başarıları için. Bloomberg Seçkin Profesörlükleri, 2013 yılında Michael Bloomberg'in bir hediyesi ile kurulmuştur . Salzberg, Johns Hopkins Whiting Mühendislik Okulu , Johns Hopkins Tıp Okulu ve Johns Hopkins Bloomberg Halk Sağlığı Okulu'nda ortak atamalara sahiptir .

Araştırma

Salzberg, 1990'lardan beri biyoinformatik ve hesaplamalı biyoloji alanında önde gelen bir bilim insanı olmuştur . Gen bulma algoritmalarına, özellikle bakteriyel gen bulma için GLIMMER programı ile hayvanlarda, bitkilerde ve diğer organizmalarda genleri bulmaya yönelik birkaç ilgili programa birçok katkı yaptı . Ayrıca genom derleme araştırmalarında liderdir ve açık kaynaklı AMOS projesinin başlatıcılarından biridir. O bir katılımcı oldu insan genom projesi gibi gibi birçok başka genom projeleri sıtma genomun ( Plasmodium falciparum ) ve model bitki genomu Arabidopsis thaliana . 2001-2002 yılında o ve arkadaşları sıralandı şarbon kullanılmıştır 2001 şarbon saldırıları . Sonuçlarını 2002'de Science dergisinde yayınladılar . Bu bulgular, FBI'ın saldırıların kaynağını Ft'deki tek bir şişeye kadar takip etmesine yardımcı oldu. Detrick, Frederick, Maryland'de.

Salzberg, David Lipman ve Lone Simonsen ile birlikte 2003 yılında, binlerce influenza virüsü izolatının genomlarını sıralamak ve kullanıma sunmak için bir proje olan İnfluenza Genom Dizileme Projesi'ni başlattı .

2000'lerin ortalarında yeni nesil dizilemenin (NGS) ortaya çıkmasından kısa bir süre sonra , Salzberg'in araştırma laboratuvarı ve işbirlikçileri, NGS dizilerinin büyük genomlara hizalanması ve RNA-Seq dizilerinden dizilerin birleştirilmesi için bir dizi yüksek verimli, doğru program geliştirdi. deneyler. Bunlar , yayınlandıkları yıldan bu yana on binlerce kez alıntılanan Bowtie , TopHat ve Kol Düğmeleri programlarını içeren "Smokin" paketini içerir.

Salzberg, aynı zamanda, sahte bilime karşı ve okullarda evrimin öğretilmesinden yana bir vokal savunucusu oldu ve bu konuda başyazılar yazdı ve yazılı basında yer aldı. Forbes dergisinde bilim, tıp ve sahte bilim üzerine çok okunan bir köşe yazısı yazmaktadır . Forbes'taki çalışması 2012 Robert P. Balles Eleştirel Düşünme Ödülü'nü kazandı .

Denek, 2014 yılında Cambridge Çalışma Grubu'nun imtiyazlı üyesiydi ve bu , yüksek oranda bulaşıcı ve bulaşıcı virüslerin yaratılması ve yanlışlıkla laboratuvardan salınma olasılığı konusunda bilim camiasında alarm sinyali verdi. Onun doktora öğrencileri ve doktora sonrası araştırmacılar dahil Cole Trapnell , Ben Langmead ve Olga Troyanskaya .

Yayınlar

Salzberg, 250'den fazla bilimsel yayının yazarlığını veya ortak yazarlığını yapmıştır. Google Akademik'te 244.000'den fazla alıntısı ve h-endeksi 147'dir. 2014, 2015, 2016 ve 2017'de Salzberg, Bilimsel Bilgi Enstitüsü tarafından derlenen bilim adamlarının bir sıralaması olan HighlyCited.com'a dahil edilmek üzere seçildi. son on yılda kendi konu alanlarında en çok alıntı yapılan %1'lik dilimden biri. 2001 yılında ilk oluşturulduğunda da bu listeye seçilmiştir. Yüksek atıf alan araştırmacıların bu listesi Clarivate altında devam etmektedir ve Salzberg de 2018, 2019 ve 2020'de listeye dahil edilmiştir.

Yüksek Atıf Alan Makaleler (10.000'den fazla atıf)

  • 2012 B Langmead ile, Bowtie 2 ile hızlı boşluklu okuma hizalaması, şurada : Nature Methods . Cilt 9, numara 4; 357.
  • 2009 B Langmead, C Trapnell, M Pop, Kısa DNA dizilerinin insan genomuna ultra hızlı ve hafıza açısından verimli hizalanması ile , içinde: Genome Biology . Cilt 10, nº 3; 1-10.
  • 2001, JC Venter, EW Adams, MD MYers, PW Li, RJ Mural ve diğerleri ile birlikte, İnsan genomunun dizisi , içinde: Bilim . Cilt 291, numara 5507; 1304-1351.
  • 2010 ile C Trapnell, BA Williams, G Pertea, A Mortazavi, G Kwan, MJ Van Baren, BJ Wold, L Pachter, Transkript derlemesi ve RNA-Seq ile kantifikasyonu, açıklamasız transkriptleri ve hücre farklılaşması sırasında izoform değişimini ortaya koyuyor, şurada : Nature Biotechnology . Cilt 28, numara 5; 511-515.
  • 2009 ile C Trapnell, L Pachter, TopHat : RNA-Seq ile ek bağlantılarının keşfedilmesi , içinde: Biyoinformatik . Cilt 25, numara 9; 1105-1111.
  • 2013 ile D Kim, G Pertea, C Trapnell, H Pimentel, R Kelley, TopHat2: insersiyonlar, delesyonlar ve gen füzyonları varlığında transkriptomların doğru hizalanması , içinde: Genome Biology . Cilt 14, numara 4; 1-13.

Ödüller

  • 2014-2019 Yüksek Atıf Alan Araştırmacı, Thomson Reuters/Clarivate
  • 2018 Amerikan Sanat ve Bilim Akademisi Seçilmiş Üyesi
  • 2013 Adlandırılmış Araştırmacı, Uluslararası Hesaplamalı Biyoloji Derneği
  • 2013 Robert G. Balles Eleştirel Düşünme Ödülü
  • 2009 Genom Biyoloji Ödülü
  • 2007 Sıcak 100 Yazar, BioMed Central
  • Seçilmiş Üye, Amerikan Sanat ve Bilim Akademisi
  • 2004 Fellow, American Association for the Advancement of Science
  • 1996 NIH Kariyer Ödülü

Referanslar

Dış bağlantılar