Küçük Molekül Yol Veritabanı - Small Molecule Pathway Database
| içerik | |
|---|---|
| Açıklama | Yol veritabanı |
| Veri türleri yakalanan |
Küçük moleküllü yolları, metabolik yollar, metabolik hastalık yolları, metaboliti sinyal yolları, uyuşturucu eylem yolları, ilaç metabolizması yolları |
| Temas | |
| Araştırma Merkezi | Alberta Üniversitesi ve Metabolomik Yenilik Merkezi |
| laboratuvar | Dr David Wishart |
| Birincil atıf | SMPDB: Küçük Molekül Yolu Veritabanı. |
| Erişim | |
| Web sitesi | http://www.smpdb.ca |
| indirme URL | http://www.smpdb.ca/downloads |
| Çeşitli | |
| Veri açma frekansı |
Periyodik düzeltme ve güncellemeler ile her 2-3 yıl |
| kürasyon politikası | El ile küratörlüğünü |
Küçük Molekül Yolu Veritabanı (SMPDB) kapsamlı, kaliteli, serbestçe erişilebilir, çevrimiçi veritabanı içeren 600'den fazla olduğu küçük molekül insanlarda bulunan (yani metabolik) yollar. SMPDB içinde yol aydınlatılmasını ve yol keşif desteklemek için özel olarak tasarlanmıştır metabolomiks , transkriptomik , proteomik ve sistem biyolojisi . Küçük molekül yollarının beş tiplerinin renkli, ayrıntılı, tam aranabilir, köprü diyagramlar sağlayarak, kısmen, bunu yapabiliyor: 1) genel insan metabolik yolların ; 2) İnsan metabolik hastalık yolları; 3) İnsan metabolit sinyal yolları; 4) İlaç etkili yollar ve 5) ilaç metabolizması yollar. SMPDB yolları, navigasyon görüntülenebilir ve bir Google Maps benzeri arayüz kullanarak etkileşimli uzaklaştırdınız edilebilir. Tüm SMPDB yollar hakkında bilgi içerir organ , hücre içi bölmelere , protein kofaktör, protein konumları, metaboliti yerleri, kimyasal yapılarını ve protein kuaterner yapılarının (Şek. 1). Her bir küçük moleküllü SMPDB içinde HMDB veya drugbank ve her yer alan detaylı açıklamalar köprü olan protein ya da enzim Uniprot köprü karmaşık. Ek olarak, tüm SMPDB yolları, her şemada gösterilen yol, durum ya da süreçleri genel bir bakış temin ayrıntılı açıklamalar ve referanslar ile eşlik eder. Kullanıcılar SMPDB (Şek. 2) göz ya da metin arama (Şek. 3), sırası arayan veya tarafından içeriğinde arama işlemleri kimyasal yapısı arama. Daha güçlü sorguları gen ya da protein isimler, ilaç adları, metabolit isimler, listeleri ile arama dahil da mümkündür Gen Bankası kimlikleri, Swiss-Prot kimlikleri, Agilent veya Affymetrıx mikrodizin kimlikleri. Bu sorgular eşleşen yolların listesini üretmek ve yol şemalar her biri üzerinde eşleştirme molekülleri vurgulayacaktır. Gen , metaboliti ve protein konsantrasyonu verileri de SMPDB haritalama arayüzü üzerinden görselleştirilebilir.
SMPDB paketinin bir parçası olan metabolomiks da içeren veritabanları İnsan metabolom Veritabanı , drugbank ve Toksin ve Toksin-Hedef Veritabanı (T3DB). İken drugbank 7000 uyuşturucu ve> 4200 yedek olmayan ilaç hedefleri, hakkında bilgi içerir enzimler , taşıyıcılar ve taşıyıcı, HMDB evler 40.000 küçük molekül metabolitleri insan vücudunda bulunan. Süit 3100 üzerinde ortak olan T3DB ile tamamlanmaktadır toksik maddelerin ve toksin hedefleri karşılık gelen 1300.
Sürüm Geçmişi
SMPDB ilk sürümü Bu sürüm, küçük moleküllü yolları için 350 den fazla görüntü eşlemeli yolları içerdiği, 1 Ocak 2010 tarihinde yayımlanmıştır. İzleyici arayüzü kaydırma çubuğu görüntü navigasyon 3 adım (küçük, orta, büyük) yakınlaştırma ile sınırlı kalmıştır. Bu birinci versiyonunda yollar 1) insan için sınırlı metabolik yolların ; 2) İnsan metabolik hastalık yolları; ve 3) İnsan metabolit sinyal yolları. SMPDB ikinci versiyonu 2014 yılında yayımlanmıştır Bu sürüm, 620'den fazla küçük moleküllü yolları ihtiva etmiştir. İzleyici arayüzü tıkla n-sürükleme görüntü navigasyon ve sınırsız, interaktif yakınlaştırma ile Google-Map benzeri bir arayüz dahil etmek geliştirilmiştir. Bu ikinci versiyonunda yolları içerecek şekilde genişletilmiştir: 1) genel insan metabolik yolları; 2) İnsan metabolik hastalık yolları; 3) İnsan metabolit sinyal yolları; 4) ilaç etkisi yolları ve 5) ilaç metabolizması yollar.