İlaç Bankası - DrugBank
içerik | |
---|---|
Açıklama | İlaç veri tabanı |
Yakalanan veri türleri |
Kimyasal yapılar, küçük moleküllü ilaçlar, biyoteknolojik ilaçlar, ilaç hedefleri, ilaç taşıyıcıları, ilaç hedef dizileri, ilaç hedef SNP'leri, ilaç metabolitleri, ilaç tanımları, hastalık ilişkileri, dozaj verileri, gıda ve ilaç etkileşimleri, advers ilaç reaksiyonları, farmakoloji, etki mekanizmaları , ilaç metabolizması, kimyasal sentez, patent ve fiyatlandırma verileri, kimyasal özellikler, isimlendirme, eş anlamlılar, kimyasal sınıflandırma, ilaç NMR spektrumları, ilaç GC-MS spektrumları, ilaç LC-MS spektrumları |
İletişim | |
Araştırma Merkezi | Alberta Üniversitesi ve Metabolomik İnovasyon Merkezi, Alberta, Kanada |
laboratuvar | Dr. David Wishart |
Birincil alıntı | DrugBank: in silico ilaç keşfi ve keşfi için kapsamlı bir kaynak. |
Giriş | |
İnternet sitesi | www |
URL'yi indir | www |
Çeşitli | |
Veri yayın sıklığı |
Aylık düzeltmeler ve güncellemeler ile her 2 yılda bir |
küratörlük politikası | Manuel olarak seçilmiş |
Drugbank veritabanı üzerinde kapsamlı, serbestçe erişilebilir, çevrimiçi veritabanı içeren bilgidir ilaçların Alberta Üniversitesi ve yer Metabolomik Yenilik Merkezi tarafından oluşturulan ve tutulan ve ilaç hedefleri Alberta , Kanada . Biyoenformatik ve hem de cheminformatics kaynak drugbank birleştirir ilaç ayrıntılı (yani, kimyasal, farmakolojik ve farmasötik) kapsamlı bir ilaç hedef verileri (yani, dizi, yapı ve yol) bilgileri. DrugBank, Wikipedia'dan içerik kullandı ; Wikipedia ayrıca sık sık Drugbank ile bağlantı kurarak potansiyel döngüsel raporlama sorunları ortaya çıkarır .
DrugBank Online web sitesi, erişimi ücretsiz bir kaynak olarak halka açıktır. Bununla birlikte, DrugBank Online'dan veya temel DrugBank Verilerinden içeriğin tamamen veya kısmen ve herhangi bir amaçla kullanılması ve yeniden dağıtılması bir lisans gerektirir. Akademik kullanıcılar, belirli kullanım durumları için ücretsiz lisans başvurusunda bulunabilirken, diğer tüm kullanıcılar ücretli bir lisansa ihtiyaç duyar.
Veritabanının en son sürümü (versiyon 5.0), 2037 FDA onaylı küçük moleküllü ilaç, 241 FDA onaylı biyoteknoloji ( protein / peptid ) ilaç, 96 nutrasötik ve 6000'den fazla deneysel ilaç dahil olmak üzere 9591 ilaç girişi içermektedir . Ek olarak, 4270 fazlalık olmayan protein (yani ilaç hedefi/ enzim /taşıyıcı/taşıyıcı) dizisi bu ilaç girişlerine bağlanır. Her DrugCard girişi (Şekil 1), bilgilerin yarısı ilaç/kimyasal verilere ve diğer yarısı ilaç hedefi veya protein verilerine ayrılmış 200'den fazla veri alanı içerir.
Dört ek veritabanı, HMDB, T3DB, SMPDB ve FooDB de genel bir metabolomik / keminformatik veritabanları paketinin parçasıdır . HMDB 40.000'den fazla insan metaboliti hakkında eşdeğer bilgi içerir, T3DB 3100 yaygın toksin ve çevresel kirletici hakkında bilgi içerir, SMPDB yaklaşık 700 insan metabolik yolu ve hastalık yolu için yol diyagramları içerirken, FooDB ~28.000 gıda bileşeni ve gıda katkı maddesi hakkında eşdeğer bilgi içerir .
Sürüm geçmişi
DrugBank'ın ilk versiyonu 2006'da piyasaya sürüldü. Bu erken sürüm, 841 FDA onaylı küçük moleküllü ilaç ve 113 biyoteknoloji ilacı hakkında nispeten mütevazı bilgiler içeriyordu. Ayrıca 2133 uyuşturucu hedefi hakkında bilgi içeriyordu. DrugBank'ın ikinci versiyonu 2009'da piyasaya sürüldü. Veritabanının bu büyük ölçüde genişletilmiş ve geliştirilmiş versiyonu, 1344 onaylı küçük moleküllü ilaç ve 123 biyoteknolojik ilacın yanı sıra 3037 benzersiz ilaç hedefini içeriyordu. Sürüm 2.0 ayrıca, ilk kez, geri çekilen ilaçlar ve yasadışı uyuşturucular , kapsamlı gıda-ilaç ve ilaç-ilaç etkileşimlerinin yanı sıra ADMET (emilim, dağılım, metabolizma, atılım ve toksisite) parametrelerini de içeriyordu . Sürüm 3.0, 2011'de piyasaya sürüldü. Bu sürüm, 1424 onaylı küçük moleküllü ilaç ve 132 biyoteknoloji ilacının yanı sıra >4000 benzersiz ilaç hedefini içeriyordu. Sürüm 3.0 ayrıca ilaç taşıyıcı verileri, ilaç yolu verileri, ilaç fiyatlandırması, patent ve üretim verilerinin yanı sıra >5000 deneysel ilaca ilişkin verileri de içeriyordu. Sürüm 4.0, 2014 yılında piyasaya sürüldü. Bu sürüm, 1558 FDA onaylı küçük moleküllü ilaç, 155 biyoteknoloji ilacı ve 4200 benzersiz ilaç hedefini içeriyordu. Sürüm 4.0 ayrıca ilaç metabolitleri (yapılar ve reaksiyonlar), ilaç taksonomisi, ilaç spektrumları, ilaç bağlanma sabitleri ve ilaç sentezi bilgileri hakkında kapsamlı bilgiler içeriyordu . Tablo 1, DrugBank'ın gelişim tarihinin daha eksiksiz bir istatistiksel özetini sunmaktadır.
Kategori | 1.0 | 2.0 | 3.0 | 4.0 |
---|---|---|---|---|
DrugCard başına veri alanı sayısı | 88 | 108 | 148 | 208 |
Arama türlerinin sayısı | 8 | 12 | 16 | 18 |
Resimli ilaç etki yollarının sayısı | 0 | 0 | 168 | 232 |
Metabolize edici enzim verileri olan ilaç sayısı | 0 | 0 | 762 | 1.037 |
Yapıları olan ilaç metabolitlerinin sayısı | 0 | 0 | 0 | 1.239 |
İlaç metabolizması reaksiyonlarının sayısı | 0 | 0 | 0 | 1.308 |
Resimli ilaç metabolizması yollarının sayısı | 0 | 0 | 0 | 53 |
İlaç taşıyıcı verileri olan ilaç sayısı | 0 | 0 | 516 | 623 |
Taksonomik sınıflandırma bilgisine sahip ilaç sayısı | 0 | 0 | 0 | 6.713 |
SNP ile ilişkili ilaç etkilerinin sayısı | 0 | 0 | 113 | 201 |
Patent/fiyat/üretici verisi olan ilaç sayısı | 0 | 0 | 1.208 | 1.450 |
Gıda-ilaç etkileşimlerinin sayısı | 0 | 714 | 1.039 | 1,180 |
İlaç-ilaç etkileşimlerinin sayısı | 0 | 13.242 | 13.795 | 14.150 |
ADMET parametresi sayısı (Caco-2, LogS) | 0 | 276 | 890 | 6.667 |
İlaç başına QSAR parametresi sayısı | 5 | 6 | 14 | 23 |
İlaç hedef bağlama sabit verisi olan ilaç sayısı | 0 | 0 | 0 | 791 |
NMR spektrumlu ilaç sayısı | 0 | 0 | 0 | 306 |
MS spektrumlu ilaç sayısı | 0 | 0 | 0 | 384 |
Kimyasal sentez bilgisine sahip ilaç sayısı | 0 | 38 | 38 | 1.285 |
FDA onaylı küçük moleküllü ilaç sayısı | 841 | 1.344 | 1.424 | 1.558 |
Biyoteknolojik ilaç sayısı | 113 | 123 | 132 | 155 |
Nutrasötik ilaçların sayısı | 61 | 69 | 82 | 87 |
Geri çekilen ilaç sayısı | 0 | 57 | 68 | 78 |
Yasadışı uyuşturucu sayısı | 0 | 188 | 189 | 190 |
Deneysel ilaç sayısı | 2.894 | 3.116 | 5,210 | 6.009 |
Deneysel ve FDA küçük moleküllü ilaçların toplam sayısı | 3.796 | 4.774 | 6.684 | 7.561 |
Deneysel ve FDA ilaçlarının toplam sayısı (tüm türler) | 3.909 | 4897 | 6.816 | 7,713 |
Tüm ilaç hedeflerinin sayısı (benzersiz) | 2.133 | 3.037 | 4.326 | 4115 |
Onaylanmış ilaç enzim/taşıyıcı sayısı (benzersiz) | 0 | 0 | 164 | 245 |
Tüm ilaç enzimlerinin/taşıyıcılarının sayısı (benzersiz) | 0 | 0 | 169 | 253 |
Harici veritabanı bağlantılarının sayısı | 12 | 18 | 31 | 33 |
Kapsam ve erişim
DrugBank'taki tüm veriler, kamuya ait olmayan özel kaynaklardan elde edilir. Neredeyse her veri öğesi tamamen izlenebilir ve orijinal kaynağa açıkça atıfta bulunulur. DrugBank verilerine genel bir web arayüzü aracılığıyla erişilebilir.
Kullanıcılar DrugBank'ı çeşitli şekillerde sorgulayabilir:
- Veritabanının tüm metin bileşeninin basit metin sorguları desteklenir. Gözat düğmesine tıklamak, DrugBank içeriğinin tablo halinde bir özetini oluşturur. Bu görünüm, kullanıcıların veritabanında rastgele gezinmelerine veya içeriğini yeniden sıralamalarına olanak tanır (Şekil 2).
- Belirli bir DrugCard düğmesine tıklamak, ilgili ilaç için tam veri içeriğini getirir. Tüm DrugCard alanlarının ve kaynaklarının tam bir açıklaması burada verilmektedir.
- PharmaBrowse düğmesi, kullanıcıların endikasyonlarına göre gruplandırılmış ilaçlara göz atmalarına olanak tanır. Bu, özellikle eczacılar ve doktorlar için olduğu kadar, potansiyel ilaç adayları arayan farmasötik araştırmacıları için de yararlıdır.
- ChemQuery düğmesi, kullanıcıların kimyasal bir bileşik çizmesine ( ChemAxon uygulamalarını kullanarak ) veya yazmasına ( SMILES dizisi olarak) ve İlaç Bankası'nda sorgu bileşiğine benzer veya özdeş kimyasallar aramasına olanak tanır (Şekil 3).
- TextQuery düğmesi , DrugBank'ın metin bölümünün daha karmaşık bir metin aramasını (kısmi kelime eşleşmeleri, büyük/ küçük harfe duyarlı , yazım hataları vb.) destekler.
- SeqSearch butonu, kullanıcıların DrugBank'ta bulunan 18.000 sekansın BLAST (protein) sekans aramalarını yapmasına izin verir . Hem tekli hem de çoklu dizi (yani bütün proteom ) BLAST sorguları desteklenir.
- Veri Ayıklayıcı düğmesi , kullanıcıların çeşitli alt alan kombinasyonlarını seçmesine veya bunlar üzerinde arama yapmasına olanak tanıyan, kullanımı kolay bir ilişkisel sorgu arama aracı açar . Data Extractor, DrugBank için en gelişmiş arama aracıdır.
Kullanıcılar, DrugBank ile ilgili en son haberleri web sitesinin yanı sıra Twitter ve Facebook üzerinden düzenli haber beslemeleri aracılığıyla takip edebilirler.
Ayrıca bakınız
- CHEMBL
- İlaç metabolizması
- HMDB
- fıçı
- Biyolojik veritabanlarının listesi
- Farmakoloji
- SMPDB
- T3DB
- Terapötik Hedefler Veritabanı