İlaç Bankası - DrugBank

İlaç Bankası
İlaç Bankası logosu.svg
içerik
Açıklama İlaç veri tabanı

Yakalanan veri türleri
Kimyasal yapılar, küçük moleküllü ilaçlar, biyoteknolojik ilaçlar, ilaç hedefleri, ilaç taşıyıcıları, ilaç hedef dizileri, ilaç hedef SNP'leri, ilaç metabolitleri, ilaç tanımları, hastalık ilişkileri, dozaj verileri, gıda ve ilaç etkileşimleri, advers ilaç reaksiyonları, farmakoloji, etki mekanizmaları , ilaç metabolizması, kimyasal sentez, patent ve fiyatlandırma verileri, kimyasal özellikler, isimlendirme, eş anlamlılar, kimyasal sınıflandırma, ilaç NMR spektrumları, ilaç GC-MS spektrumları, ilaç LC-MS spektrumları
İletişim
Araştırma Merkezi Alberta Üniversitesi ve Metabolomik İnovasyon Merkezi, Alberta, Kanada
laboratuvar Dr. David Wishart
Birincil alıntı DrugBank: in silico ilaç keşfi ve keşfi için kapsamlı bir kaynak.
Giriş
İnternet sitesi www .drugbank .com
URL'yi indir www .drugbank .ca /indirmeler
Çeşitli
Veri yayın
sıklığı
Aylık düzeltmeler ve güncellemeler ile her 2 yılda bir
küratörlük politikası Manuel olarak seçilmiş

Drugbank veritabanı üzerinde kapsamlı, serbestçe erişilebilir, çevrimiçi veritabanı içeren bilgidir ilaçların Alberta Üniversitesi ve yer Metabolomik Yenilik Merkezi tarafından oluşturulan ve tutulan ve ilaç hedefleri Alberta , Kanada . Biyoenformatik ve hem de cheminformatics kaynak drugbank birleştirir ilaç ayrıntılı (yani, kimyasal, farmakolojik ve farmasötik) kapsamlı bir ilaç hedef verileri (yani, dizi, yapı ve yol) bilgileri. DrugBank, Wikipedia'dan içerik kullandı ; Wikipedia ayrıca sık sık Drugbank ile bağlantı kurarak potansiyel döngüsel raporlama sorunları ortaya çıkarır .

DrugBank Online web sitesi, erişimi ücretsiz bir kaynak olarak halka açıktır. Bununla birlikte, DrugBank Online'dan veya temel DrugBank Verilerinden içeriğin tamamen veya kısmen ve herhangi bir amaçla kullanılması ve yeniden dağıtılması bir lisans gerektirir. Akademik kullanıcılar, belirli kullanım durumları için ücretsiz lisans başvurusunda bulunabilirken, diğer tüm kullanıcılar ücretli bir lisansa ihtiyaç duyar.

Veritabanının en son sürümü (versiyon 5.0), 2037 FDA onaylı küçük moleküllü ilaç, 241 FDA onaylı biyoteknoloji ( protein / peptid ) ilaç, 96 nutrasötik ve 6000'den fazla deneysel ilaç dahil olmak üzere 9591 ilaç girişi içermektedir . Ek olarak, 4270 fazlalık olmayan protein (yani ilaç hedefi/ enzim /taşıyıcı/taşıyıcı) dizisi bu ilaç girişlerine bağlanır. Her DrugCard girişi (Şekil 1), bilgilerin yarısı ilaç/kimyasal verilere ve diğer yarısı ilaç hedefi veya protein verilerine ayrılmış 200'den fazla veri alanı içerir.

Dört ek veritabanı, HMDB, T3DB, SMPDB ve FooDB de genel bir metabolomik / keminformatik veritabanları paketinin parçasıdır . HMDB 40.000'den fazla insan metaboliti hakkında eşdeğer bilgi içerir, T3DB 3100 yaygın toksin ve çevresel kirletici hakkında bilgi içerir, SMPDB yaklaşık 700 insan metabolik yolu ve hastalık yolu için yol diyagramları içerirken, FooDB ~28.000 gıda bileşeni ve gıda katkı maddesi hakkında eşdeğer bilgi içerir .

Sürüm geçmişi

DrugBank'ın ilk versiyonu 2006'da piyasaya sürüldü. Bu erken sürüm, 841 FDA onaylı küçük moleküllü ilaç ve 113 biyoteknoloji ilacı hakkında nispeten mütevazı bilgiler içeriyordu. Ayrıca 2133 uyuşturucu hedefi hakkında bilgi içeriyordu. DrugBank'ın ikinci versiyonu 2009'da piyasaya sürüldü. Veritabanının bu büyük ölçüde genişletilmiş ve geliştirilmiş versiyonu, 1344 onaylı küçük moleküllü ilaç ve 123 biyoteknolojik ilacın yanı sıra 3037 benzersiz ilaç hedefini içeriyordu. Sürüm 2.0 ayrıca, ilk kez, geri çekilen ilaçlar ve yasadışı uyuşturucular , kapsamlı gıda-ilaç ve ilaç-ilaç etkileşimlerinin yanı sıra ADMET (emilim, dağılım, metabolizma, atılım ve toksisite) parametrelerini de içeriyordu . Sürüm 3.0, 2011'de piyasaya sürüldü. Bu sürüm, 1424 onaylı küçük moleküllü ilaç ve 132 biyoteknoloji ilacının yanı sıra >4000 benzersiz ilaç hedefini içeriyordu. Sürüm 3.0 ayrıca ilaç taşıyıcı verileri, ilaç yolu verileri, ilaç fiyatlandırması, patent ve üretim verilerinin yanı sıra >5000 deneysel ilaca ilişkin verileri de içeriyordu. Sürüm 4.0, 2014 yılında piyasaya sürüldü. Bu sürüm, 1558 FDA onaylı küçük moleküllü ilaç, 155 biyoteknoloji ilacı ve 4200 benzersiz ilaç hedefini içeriyordu. Sürüm 4.0 ayrıca ilaç metabolitleri (yapılar ve reaksiyonlar), ilaç taksonomisi, ilaç spektrumları, ilaç bağlanma sabitleri ve ilaç sentezi bilgileri hakkında kapsamlı bilgiler içeriyordu . Tablo 1, DrugBank'ın gelişim tarihinin daha eksiksiz bir istatistiksel özetini sunmaktadır.

Tablo 1. DrugBank 1.0, 2.0, 3.0 ve DrugBank 4.0 kapsamındaki kapsamın karşılaştırılması.
Kategori 1.0 2.0 3.0 4.0
DrugCard başına veri alanı sayısı 88 108 148 208
Arama türlerinin sayısı 8 12 16 18
Resimli ilaç etki yollarının sayısı 0 0 168 232
Metabolize edici enzim verileri olan ilaç sayısı 0 0 762 1.037
Yapıları olan ilaç metabolitlerinin sayısı 0 0 0 1.239
İlaç metabolizması reaksiyonlarının sayısı 0 0 0 1.308
Resimli ilaç metabolizması yollarının sayısı 0 0 0 53
İlaç taşıyıcı verileri olan ilaç sayısı 0 0 516 623
Taksonomik sınıflandırma bilgisine sahip ilaç sayısı 0 0 0 6.713
SNP ile ilişkili ilaç etkilerinin sayısı 0 0 113 201
Patent/fiyat/üretici verisi olan ilaç sayısı 0 0 1.208 1.450
Gıda-ilaç etkileşimlerinin sayısı 0 714 1.039 1,180
İlaç-ilaç etkileşimlerinin sayısı 0 13.242 13.795 14.150
ADMET parametresi sayısı (Caco-2, LogS) 0 276 890 6.667
İlaç başına QSAR parametresi sayısı 5 6 14 23
İlaç hedef bağlama sabit verisi olan ilaç sayısı 0 0 0 791
NMR spektrumlu ilaç sayısı 0 0 0 306
MS spektrumlu ilaç sayısı 0 0 0 384
Kimyasal sentez bilgisine sahip ilaç sayısı 0 38 38 1.285
FDA onaylı küçük moleküllü ilaç sayısı 841 1.344 1.424 1.558
Biyoteknolojik ilaç sayısı 113 123 132 155
Nutrasötik ilaçların sayısı 61 69 82 87
Geri çekilen ilaç sayısı 0 57 68 78
Yasadışı uyuşturucu sayısı 0 188 189 190
Deneysel ilaç sayısı 2.894 3.116 5,210 6.009
Deneysel ve FDA küçük moleküllü ilaçların toplam sayısı 3.796 4.774 6.684 7.561
Deneysel ve FDA ilaçlarının toplam sayısı (tüm türler) 3.909 4897 6.816 7,713
Tüm ilaç hedeflerinin sayısı (benzersiz) 2.133 3.037 4.326 4115
Onaylanmış ilaç enzim/taşıyıcı sayısı (benzersiz) 0 0 164 245
Tüm ilaç enzimlerinin/taşıyıcılarının sayısı (benzersiz) 0 0 169 253
Harici veritabanı bağlantılarının sayısı 12 18 31 33

Kapsam ve erişim

DrugBank'taki tüm veriler, kamuya ait olmayan özel kaynaklardan elde edilir. Neredeyse her veri öğesi tamamen izlenebilir ve orijinal kaynağa açıkça atıfta bulunulur. DrugBank verilerine genel bir web arayüzü aracılığıyla erişilebilir.

Kullanıcılar DrugBank'ı çeşitli şekillerde sorgulayabilir:

  • Veritabanının tüm metin bileşeninin basit metin sorguları desteklenir. Gözat düğmesine tıklamak, DrugBank içeriğinin tablo halinde bir özetini oluşturur. Bu görünüm, kullanıcıların veritabanında rastgele gezinmelerine veya içeriğini yeniden sıralamalarına olanak tanır (Şekil 2).
  • Belirli bir DrugCard düğmesine tıklamak, ilgili ilaç için tam veri içeriğini getirir. Tüm DrugCard alanlarının ve kaynaklarının tam bir açıklaması burada verilmektedir.
  • PharmaBrowse düğmesi, kullanıcıların endikasyonlarına göre gruplandırılmış ilaçlara göz atmalarına olanak tanır. Bu, özellikle eczacılar ve doktorlar için olduğu kadar, potansiyel ilaç adayları arayan farmasötik araştırmacıları için de yararlıdır.
  • ChemQuery düğmesi, kullanıcıların kimyasal bir bileşik çizmesine ( ChemAxon uygulamalarını kullanarak ) veya yazmasına ( SMILES dizisi olarak) ve İlaç Bankası'nda sorgu bileşiğine benzer veya özdeş kimyasallar aramasına olanak tanır (Şekil 3).
  • TextQuery düğmesi , DrugBank'ın metin bölümünün daha karmaşık bir metin aramasını (kısmi kelime eşleşmeleri, büyük/ küçük harfe duyarlı , yazım hataları vb.) destekler.
  • SeqSearch butonu, kullanıcıların DrugBank'ta bulunan 18.000 sekansın BLAST (protein) sekans aramalarını yapmasına izin verir . Hem tekli hem de çoklu dizi (yani bütün proteom ) BLAST sorguları desteklenir.
  • Veri Ayıklayıcı düğmesi , kullanıcıların çeşitli alt alan kombinasyonlarını seçmesine veya bunlar üzerinde arama yapmasına olanak tanıyan, kullanımı kolay bir ilişkisel sorgu arama aracı açar . Data Extractor, DrugBank için en gelişmiş arama aracıdır.

Kullanıcılar, DrugBank ile ilgili en son haberleri web sitesinin yanı sıra Twitter ve Facebook üzerinden düzenli haber beslemeleri aracılığıyla takip edebilirler.

Ayrıca bakınız

Referanslar