Riboflavin sentaz - Riboflavin synthase
| riboflavin sentaz | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 E. coli
riboflavin sentazın kristalografik yapısı . | |||||||||
| tanımlayıcılar | |||||||||
| AB numarası | 2.5.1.9 | ||||||||
| CAS Numarası. | 9075-82-5 | ||||||||
| veritabanları | |||||||||
| IntEnz | IntEnz görünümü | ||||||||
| BRENDA | BRENDA girişi | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme görünümü | ||||||||
| fıçı | Fıçı girişi | ||||||||
| MetaCyc | metabolik yol | ||||||||
| PRİAM | profil | ||||||||
| PDB yapıları | RCSB PDB PDBe PDB toplamı | ||||||||
| Gen ontolojisi | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
| 6,7-dimetil-8-ribityllumazin sentaz | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 S. pombe'den karboksietillumazine bağlı riboflavin sentaz .
| |||||||||||
| tanımlayıcılar | |||||||||||
| Sembol | DMRL_sentaz | ||||||||||
| Pfam | PF00885 | ||||||||||
| InterPro | IPR002180 | ||||||||||
| SCOP2 | 1rvv / KAPSAM / SUPFAM | ||||||||||
| |||||||||||
Riboflavin sentaz bir bir enzim katalize eden , riboflavin nihai reaksiyon biyosentezi :
(2) 6,7-dimetil-8-ribitillumazin → riboflavin + 5-amino-6-ribitilamino-2,4( 1H , 3H )-pirimidindion
yapı
Riboflavin sentaz monomeri 23kDa'dır. Her monomer , C-terminalinde iki beta-varil ve bir a-heliks içerir (186-206 artıkları). Monomer, N-terminali varilleri arasındaki dizi benzerliği ile tahmin edilen sahte iki katlı simetriye katlanır (artık 4-86) ve C-terminal namlusu (101-184 artıkları). Farklı türlerden gelen enzim, monomerden 60 alt birime kadar farklı dörtlü yapıları benimser.
Aktif site
İki 6,7-dimetil-8-ribitillumazin ( Lumazin sentaz ) molekülü, iki alan topolojik olarak benzer olduğundan her monomere hidrojen bağlıdır . Aktif bölge arayüzünde bulunan substratların monomer çiftleri ve aktif sitenin model yapılar arasında dimer oluşturulmuştur. Diğer iki bölge dışa dönük olduğundan ve çözücüye maruz kaldığından , enzimin aktif bölgelerinden sadece biri bir seferde riboflavin oluşumunu katalize eder . Asit, amino hidrojen bağı dahil kalıntıları ligand C-terminal alanı ile en Thr148, Met160, Ile162, Thr165, Val6, Tyr164, Ser146 ve Gly96 içerebilir kalıntıları katılan resmedilmiştir, Ser41, Thr50, Giy 62, Ala64, N-terminal alanında Ser64, Val103, Cys48, His102.
C-terminal alanında substrat ve enzim arasındaki hidrojen bağı .
N-terminal alanında substrat ve enzim arasındaki hidrojen bağı .
mekanizma
Hiçbir kofaktörler kataliz için gereklidir. Ek olarak, 6,7-dimetil-8-ribitylumazinden riboflavin oluşumu, riboflavin sentaz yokluğunda kaynayan sulu çözeltide meydana gelebilir .
Monomer çiftleri arasındaki substratın arayüzde, enzim katalize etmek için hidrojen bağlı aracılığıyla pozisyonunda iki 6,7-dimetil-8-ribitillumazin'e molekülleri tutan dismutasyon reaksiyonu. Ek olarak, amino asit kalıntıları tarafından asit/baz katalizi önerilmiştir. Spesifik kalıntılar, C7a metil grubunun deprotonasyonu için bir baz olarak His102/Thr148 dyad'ı içerebilir . İkiliden His102, N-namlusundan ve Thr148, C-namlusundan olup, reaksiyonun erken aşamalarında enzimin iki alt biriminin yakınlığının önemini vurgulamaktadır. Nükleofilin kimliğinin aşağıdaki korunmuş kalıntılardan biri olduğu da öne sürülmüştür : Ser146, Ser41, Cys48 veya Thr148 veya katalize edilmemiş reaksiyondaki su. Olası bir nükleofil olarak Cys48'in rolü üzerine yapılan çalışmalarda, nükleofilik yer değiştirmenin bir SN1 veya SN2 reaksiyonu yoluyla oluşup oluşmadığı belirlenmemiştir .
İlaç Üretimi
Bilim adamları, riboflavin sentaz dahil olmak üzere riboflavin biyosentez yolunda yer alan enzimlerin, Gram-negatif bakteri ve mayaların neden olduğu enfeksiyonları tedavi etmek için antibakteriyel ilaçlar geliştirmek için kullanılabileceğini varsaydılar . Bu hipotez, E. coli ve S. typhimurium gibi Gram negatif bakterilerin riboflavin'i dış ortamdan alamamasına dayanır . Gram-negatif bakterilerin kendi riboflavinlerini üretmeleri gerektiğinden, riboflavin sentazın veya yolakta yer alan diğer enzimlerin inhibe edilmesi, antibakteriyel ilaçların geliştirilmesinde faydalı araçlar olabilir.
En güçlü riboflavin sentaz inhibitörü , Ki değeri 0.61 μM olan 9-D-ribityl-1,3,7-trihidropurin-2,6,8-triondur. 9-D-ribitil-1,3,7-trihidropurin-2,6,8-trionun , 6,7-dimetil-8-ribitylumazin ile yarışmalı inhibisyon yoluyla çalıştığı düşünülmektedir .
Ayrıca bakınız
Referanslar
Dış bağlantılar
- ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi Tıbbi Konu Başlıklarında (MeSH) Riboflavin+sentaz
