GPU'larda moleküler modelleme - Molecular modeling on GPUs
GPU üzerinde moleküler modelleme, moleküler simülasyonlar için bir grafik işleme birimi (GPU) kullanma tekniğidir .
2007'de NVIDIA , yalnızca grafikleri göstermek için değil, aynı zamanda bilimsel hesaplamalar için de kullanılabilecek video kartlarını tanıttı. Bu kartlar, paralel olarak çalışan birçok aritmetik birimi (2016 itibariyle, Tesla P100'de 3.584'e kadar) içerir. Bu olaydan çok önce, video kartlarının hesaplama gücü yalnızca grafik hesaplamalarını hızlandırmak için kullanılıyordu. Yeni olan, NVIDIA'nın CUDA adlı üst düzey bir uygulama programlama arabiriminde (API) paralel programlar geliştirmeyi mümkün kılmasıydı . Bu teknoloji, programların C / C++ ile yazılmasını sağlayarak programlamayı büyük ölçüde basitleştirdi . Daha yakın zamanlarda, OpenCL platformlar arası GPU hızlandırmasına izin veriyor .
Kuantum kimyası hesaplamaları ve moleküler mekanik simülasyonları ( klasik mekanik açısından moleküler modelleme ) bu teknolojinin faydalı uygulamaları arasındadır. Video kartları hesaplamaları onlarca kez hızlandırabilir, bu nedenle böyle bir karta sahip bir PC, ortak işlemcilere dayalı bir dizi iş istasyonunun gücüne benzer bir güce sahiptir.
GPU hızlandırmalı moleküler modelleme yazılımı
programlar
- Abalone – Moleküler Dinamik ( Benchmark )
- 2009 Karşılaştırmasından bu yana GPU'larda ACEMD
- GPU sürümünde AMBER
- Ascalaph GPU'lar sürümüne - Ascalaph Sıvı GPU
- AutoDock – Moleküler yerleştirme
- Dalgacık tabanlı BigDFT Ab initio programı
- BrianQC Kuantum kimyası ( HF ve DFT ) ve moleküler mekanik
- Blaze ligand tabanlı sanal tarama
- CP2K Ab başlangıç moleküler dinamikleri
- GPU'larda, iş istasyonlarında ve kümelerde Desmond (yazılım)
- Ateşböceği (eski adıyla PC GAMES)
- FastROCS
- GOMC – GPU Optimize Edilmiş Monte Carlo simülasyon motoru
- GPIUTMD – Çok Parçacık Dinamiği için grafik işlemciler
- GPU'larda GROMACS
- HALMD – Yüksek Hızlandırılmış Büyük Ölçekli MD paketi
- HOOMD-blue – Yüksek Düzeyde Optimize Edilmiş Nesneye Yönelik Çok Parçacık Dinamiği—Blue Edition
- GPU versiyonunda LAMMPS – hızlandırıcılar için lambalar
- LIO DFT Tabanlı GPU için optimize edilmiş kod - [1]
- Ahtapot OpenCL desteğine sahiptir.
- oxDNA – GPU'larda DNA ve RNA kaba taneli simülasyonları
- PWmat – Düzlem Dalga Yoğunluğu Fonksiyonel Teori simülasyonları
- TeraChem – Kuantum kimyası ve ab initio Moleküler Dinamik
- GPU'larda TINKER .
- GPU sürümlerinde VMD ve NAMD
- YASARA , OpenCL kullanarak tüm GPU'larda MD simülasyonları çalıştırır .
API
- BrianQC -, GPU'larda kuantum kimyası simülasyonlar için açık bir Cı-seviye API sahiptir grafik işlemcisi ile hızlandırılmış bir sürümünü sağlar S-Chem ve PSI
- OpenMM – GPU'larda moleküler dinamikleri hızlandırmak için bir API, v1.0, GROMACS'ın GPU hızlandırmalı sürümünü sağlar
- mdcore – modern paylaşımlı bellek paralel mimarilerinde moleküler dinamik simülasyonları için platformdan bağımsız açık kaynaklı bir kitaplık .
Dağıtılmış bilgi işlem projeleri
- GPUGRID dağıtılmış süper bilgi işlem altyapısı
- Folding@home dağıtılmış bilgi işlem projesi