Moleküler mekanik modelleme için yazılım karşılaştırması - Comparison of software for molecular mechanics modeling
Bu, ağırlıklı olarak moleküler mekanik hesaplamaları için kullanılan bilgisayar programlarının bir listesidir .
- GPU – GPU hızlandırılmış
- I – Arayüzü var
- Imp – Örtük su
- MC – Monte Carlo
- MD – Moleküler dinamikler
- Min – Optimizasyon
- QM – Kuantum mekaniği
- REM – Replika değişim yöntemi
İsim | 3D görüntüle | Model oluşturucu | Minimum | doktor | MC | REM | kalite yönetimi | İmp | GPU | Yorumlar | Lisans | İnternet sitesi |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
kehribar | Numara | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Evet | Evet | Yüksek Performanslı MD, Kapsamlı analiz araçları | Tescilli , Ücretsiz açık kaynak | AMBER MD |
deniz kulağı | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | ben | Evet | Evet | Biyomoleküler simülasyonlar, protein katlanması. | Tescilli , ücretsiz, ticari | Çevik Molekül |
ADF | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Numara | Evet | Evet | Evet | Modelleme paketi: ReaxFF , UFF, Amber ve Tripos kuvvet alanları ile QM-MM, DFT ve yarı deneysel yöntemler , RDKit ile konformasyonel analiz; kısmen GPU hızlandırmalı | Tescilli , ticari , ücretsiz deneme | SCM |
Ascalaph Tasarımcısı | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | ben | Evet | Evet | Moleküler yapı (DNA, proteinler, hidrokarbonlar, nanotüpler), moleküler dinamikler, GPU hızlandırma | Karışık: ücretsiz açık kaynak ( GNU GPL ) ve ticari | Ascalaph Projesi |
Avogadro | Evet | Evet | Evet | Numara | Numara | Numara | ben | Numara | Numara | Molekül oluşturma, düzenleme (peptidler, küçük moleküller, kristaller), konformasyonel analiz, 2D/3D dönüştürme; diğer araçlara genişletilebilir arayüzler | Ücretsiz açık kaynak GNU GPL | Avogadro |
MÜDÜR | Numara | Numara | Evet | Numara | Evet | Numara | Evet | Numara | Numara | OPLS | tescilli | Yale Üniversitesi |
ÇEKİCİLİK | Numara | Evet | Evet | Evet | Evet | ben | ben | Evet | Evet | Birden çok grafik ön ucu olan ticari sürüm , eski adıyla Accelrys olan BIOVIA (CHARMm olarak) tarafından satılmaktadır . | Tescilli , ticari | charmm.org |
Chemkin | Numara | Numara | Numara | Numara | Numara | Numara | Numara | Numara | Numara | Kimyasal reaksiyon kinetiği. | tescilli | Chemkin |
CP2K | Numara | Numara | Evet | Evet | Evet | Numara | Evet | Evet | Evet | CP2K, katı hal, sıvı ve biyolojik sistemlerin atomistik ve moleküler simülasyonlarını gerçekleştirebilir. | Ücretsiz açık kaynak GNU GPLv2 veya üstü | CP2K |
Desmond | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Evet | Numara | Numara | Evet | Yüksek performanslı MD; Sonuçları ve hesaplama kurulumunu oluşturmak ve başlatmak için kapsamlı bir GUI'ye sahiptir | Tescilli , ticari veya ücretsiz | DE Shaw Araştırma Schrödinger |
Keşif Stüdyosu | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Evet | Evet | Evet | İlaç keşif sürecini optimize etmeye odaklanan kapsamlı yaşam bilimi modelleme ve simülasyon uygulamaları paketi: küçük molekül simülasyonları, QM-MM, farmakofor modelleme, QSAR, protein-ligand yerleştirme, protein homoloji modelleme, dizi analizi, protein-protein yerleştirme, antikor modelleme, vb. . | Tescilli , deneme mevcut |
Dassault Systèmes BIOVIA (eski adıyla Accelrys) |
katla şunu | e / ben | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | ben | Numara | Numara | Washington Üniversitesi ve The Baker Labs; yapı tahmini, protein katlanması | Tescilli , ticari veya ücretsiz | fold.it indirme sayfası |
FoldX | ben | Evet | Evet | Numara | Numara | Numara | Numara | Numara | Numara | Enerji hesaplamaları, protein tasarımı | Tescilli , ticari veya ücretsiz | CRG |
GROMACS | Numara | Numara | Evet | Evet | Numara | Evet | ben | Evet | Evet | Yüksek performanslı MD | Ücretsiz açık kaynak GNU GPL | gromacs.org |
GROMOLAR | Numara | Numara | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Evet | Evet | Biyomoleküller için tasarlanmıştır | Tescilli , ticari | GROMOS web sitesi |
LAMBALAR | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | ben | Evet | Evet | Yumuşak ve katı hal malzemeleri ve kaba taneli sistemler için potansiyele sahiptir | Ücretsiz açık kaynak , GNU GPLv2 | Sandia |
MakroModel | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | ben | Evet | Numara | OPLS-AA, MMFF, GBSA solvent modeli, konformasyonel örnekleme, minimize etme, MD. Görselleştirme, molekül oluşturma, hesaplama kurulumu, iş başlatma ve izleme, sonuçların proje düzeyinde düzenlenmesi, bir dizi diğer modelleme programlarına erişim sağlayan Maestro GUI'yi içerir. | tescilli | Schrödinger |
HARİTALAR | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Evet | Birden çok simülasyon motoruna erişim ile tek bir kullanıcı arayüzünde oluşturma, görselleştirme ve analiz araçları | Tescilli , deneme mevcut | bilim bilimi |
Malzeme Stüdyosu | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Evet | Evet | Numara | Ar-Ge süreçlerindeki temel sorunları çözerek, malzeme simülasyon teknolojisini masaüstü bilgisayarlara getiren ortam | Tescilli , deneme mevcut |
Dassault Systèmes BIOVIA (eski adıyla Accelrys) |
MBN Explorer + MBN Studio | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Numara | Evet | Evet | Standart ve reaktif CHARMM kuvvet alanları; moleküler modelleyici (karbon nanomalzemeler, biyomoleküller, nanokristaller); açık örnek kitaplığı | Tescilli , ücretsiz deneme mevcut | MBN Araştırma Merkezi |
MdynaMix | Numara | Numara | Numara | Evet | Numara | Numara | Numara | Numara | Numara | paralel MD | Ücretsiz açık kaynak GNU GPL | Stockholm Üniversitesi |
ms2 | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Numara | Numara | Numara | Numara | çok sayıda termofiziksel özelliğin anında hesaplanması. Ms2'nin ana uygulaması sıvılar üzerindedir. | Ücretsiz açık kaynak | ms-2.de |
MOE | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Numara | ben | Evet | Numara | Moleküler Çalışma Ortamı (MOE) | tescilli | Kimyasal Hesaplama Grubu |
orak | Numara | Numara | Evet | Evet | Numara | Evet | Numara | Evet | Numara | Atom seviyesinde biyomoleküler sistemlerde serbest enerji yüzeylerini keşfetmek için moleküler dinamik simülasyon programı | Ücretsiz açık kaynak | Orac indirme sayfası |
NAMD + VMD | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Evet | ben | Evet | Evet | Hızlı, paralel MD, CUDA | Tescilli , ücretsiz akademik kullanım, kaynak kodu | Beckman Enstitüsü |
NWChem | Numara | Numara | Evet | Evet | Numara | Numara | Evet | Numara | Numara | Kuantum mekaniği, moleküler dinamik ve birleşik QM-MM yöntemlerini içeren yüksek performanslı hesaplamalı kimya yazılımı | Ücretsiz açık kaynak , Eğitim Topluluğu Lisansı sürüm 2.0 | NWChem |
Protein Lokal Optimizasyon Programı | Numara | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Numara | Numara | Numara | Helis, döngü ve yan zincir optimizasyonu, hızlı enerji azaltma | tescilli | PLOP wiki'si |
Q | Numara | Numara | Numara | Evet | Numara | Numara | Numara | Numara | Numara | (I) Serbest enerji pertürbasyonu (FEP) simülasyonları, (II) ampirik değerlik bağı (EVB), reaksiyon serbest enerjilerinin hesaplamaları, (III) reseptör-ligand bağlanma afinitelerinin lineer etkileşim enerjisi (LIE) hesaplamaları | Ücretsiz açık kaynak GNU GPLv2 veya üstü | Q |
SAMSON | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Numara | Evet | Numara | Numara | Hesaplamalı nanobilim (yaşam bilimleri, malzemeler, vb.). Modüler mimari, SAMSON Elements olarak adlandırılan modüller | Tescilli , ücretsiz | SAMSON Bağlantısı |
Scigress | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Numara | Evet | Evet | Numara | MM , DFT , yarı deneysel yöntemler , paralel MD , konformasyonel analiz, Lineer ölçekleme SCF, docking protein-ligand , Toplu işleme , sanal tarama , otomatik oluşturucular (moleküler dinamikler, proteinler, kristaller) | tescilli | SCIGRESS.com |
Spartalı | Evet | Evet | Evet | Numara | Evet | Numara | Evet | Evet | Numara | Konformasyon, yapı, özellik, spektrum, reaktivite ve seçiciliği belirlemek için küçük molekül (< 2.000 amu) MM ve QM araçları. | Tescilli , ücretsiz deneme mevcut | Dalga fonksiyonu, Inc. |
TeraChem | Numara | Numara | Evet | Evet | Numara | Numara | Evet | Numara | Evet | Çok büyük moleküler ve hatta nano ölçekli sistemler için yüksek performanslı GPU ile hızlandırılmış ab initio moleküler dinamikler ve TD/ DFT yazılım paketi . NVIDIA GPU'lar ve 64-bit Linux üzerinde çalışır , yoğun şekilde optimize edilmiş CUDA koduna sahiptir. | Tescilli , deneme lisansları mevcut | PetaChem LLC |
TAMİRCİLİK | ben | Evet | Evet | Evet | Evet | ben | ben | Evet | Evet | Moleküler tasarım için yazılım araçları-Tinker-OpenMM
Moleküler tasarım için yazılım araçları-Tinker-HP |
Tescilli , ücretsiz | Washington Üniversitesi |
Tremolo-X | ben | Numara | Evet | Evet | Numara | Numara | Numara | Numara | Numara | Hızlı, paralel MD | tescilli | Tremolo-X |
UCSF Kimera | Evet | Evet | Evet | Numara | Numara | Numara | Numara | Numara | Numara | Görsel olarak çekici görüntüleyici, amino asit rotamerleri ve diğer yapılar, geliştirilmekte olan Antechamber ve MMTK, Ambertools eklentilerini içerir. | Tescilli , ücretsiz akademik kullanım | Kaliforniya Üniversitesi |
YASARA | Evet | Evet | Evet | Evet | Numara | Numara | Evet | Numara | Evet | Moleküler grafikler, modelleme, simülasyon | tescilli | YASARA.org |
Ayrıca bakınız
- Car-Parrinello moleküler dinamiği
- Kuvvet alanı uygulamalarının karşılaştırılması
- Nükleik asit simülasyon yazılımının karşılaştırılması
- moleküler grafik sistemlerinin listesi
- Protein yapısı tahmin yazılımı listesi
- Kuantum kimyası ve katı hal fiziği yazılımının listesi
- Monte Carlo moleküler modelleme için yazılım listesi
- Nanoyapı modelleme için yazılım listesi
- Moleküler tasarım yazılımı
- moleküler dinamikler
- GPU'larda moleküler modelleme
- molekül düzenleyici