Moleküler mekanik modelleme için yazılım karşılaştırması - Comparison of software for molecular mechanics modeling

Bu, ağırlıklı olarak moleküler mekanik hesaplamaları için kullanılan bilgisayar programlarının bir listesidir .

İsim 3D görüntüle Model oluşturucu Minimum doktor MC REM kalite yönetimi İmp GPU Yorumlar Lisans İnternet sitesi
kehribar Numara Evet Evet Evet Evet Evet Numara Evet Evet Yüksek Performanslı MD, Kapsamlı analiz araçları Tescilli , Ücretsiz açık kaynak AMBER MD
deniz kulağı Evet Evet Evet Evet Evet Evet ben Evet Evet Biyomoleküler simülasyonlar, protein katlanması. Tescilli , ücretsiz, ticari Çevik Molekül
ADF Evet Evet Evet Evet Numara Numara Evet Evet Evet Modelleme paketi: ReaxFF , UFF, Amber ve Tripos kuvvet alanları ile QM-MM, DFT ve yarı deneysel yöntemler , RDKit ile konformasyonel analiz; kısmen GPU hızlandırmalı Tescilli , ticari , ücretsiz deneme SCM
Ascalaph Tasarımcısı Evet Evet Evet Evet Evet Evet ben Evet Evet Moleküler yapı (DNA, proteinler, hidrokarbonlar, nanotüpler), moleküler dinamikler, GPU hızlandırma Karışık: ücretsiz açık kaynak ( GNU GPL ) ve ticari Ascalaph Projesi
Avogadro Evet Evet Evet Numara Numara Numara ben Numara Numara Molekül oluşturma, düzenleme (peptidler, küçük moleküller, kristaller), konformasyonel analiz, 2D/3D dönüştürme; diğer araçlara genişletilebilir arayüzler Ücretsiz açık kaynak GNU GPL Avogadro
MÜDÜR Numara Numara Evet Numara Evet Numara Evet Numara Numara OPLS tescilli Yale Üniversitesi
ÇEKİCİLİK Numara Evet Evet Evet Evet ben ben Evet Evet Birden çok grafik ön ucu olan ticari sürüm , eski adıyla Accelrys olan BIOVIA (CHARMm olarak) tarafından satılmaktadır . Tescilli , ticari charmm.org
Chemkin Numara Numara Numara Numara Numara Numara Numara Numara Numara Kimyasal reaksiyon kinetiği. tescilli Chemkin
CP2K Numara Numara Evet Evet Evet Numara Evet Evet Evet CP2K, katı hal, sıvı ve biyolojik sistemlerin atomistik ve moleküler simülasyonlarını gerçekleştirebilir. Ücretsiz açık kaynak GNU GPLv2 veya üstü CP2K
Desmond Evet Evet Evet Evet Numara Evet Numara Numara Evet Yüksek performanslı MD; Sonuçları ve hesaplama kurulumunu oluşturmak ve başlatmak için kapsamlı bir GUI'ye sahiptir Tescilli , ticari veya ücretsiz DE Shaw Araştırma Schrödinger
Keşif Stüdyosu Evet Evet Evet Evet Evet Numara Evet Evet Evet İlaç keşif sürecini optimize etmeye odaklanan kapsamlı yaşam bilimi modelleme ve simülasyon uygulamaları paketi: küçük molekül simülasyonları, QM-MM, farmakofor modelleme, QSAR, protein-ligand yerleştirme, protein homoloji modelleme, dizi analizi, protein-protein yerleştirme, antikor modelleme, vb. . Tescilli , deneme mevcut Dassault Systèmes BIOVIA
(eski adıyla Accelrys)
katla şunu e / ben Evet Evet Evet Evet Evet ben Numara Numara Washington Üniversitesi ve The Baker Labs; yapı tahmini, protein katlanması Tescilli , ticari veya ücretsiz fold.it indirme sayfası
FoldX ben Evet Evet Numara Numara Numara Numara Numara Numara Enerji hesaplamaları, protein tasarımı Tescilli , ticari veya ücretsiz CRG
GROMACS Numara Numara Evet Evet Numara Evet ben Evet Evet Yüksek performanslı MD Ücretsiz açık kaynak GNU GPL gromacs.org
GROMOLAR Numara Numara Evet Evet Evet Evet Numara Evet Evet Biyomoleküller için tasarlanmıştır Tescilli , ticari GROMOS web sitesi
LAMBALAR Evet Evet Evet Evet Evet Evet ben Evet Evet Yumuşak ve katı hal malzemeleri ve kaba taneli sistemler için potansiyele sahiptir Ücretsiz açık kaynak , GNU GPLv2 Sandia
MakroModel Evet Evet Evet Evet Evet Numara ben Evet Numara OPLS-AA, MMFF, GBSA solvent modeli, konformasyonel örnekleme, minimize etme, MD. Görselleştirme, molekül oluşturma, hesaplama kurulumu, iş başlatma ve izleme, sonuçların proje düzeyinde düzenlenmesi, bir dizi diğer modelleme programlarına erişim sağlayan Maestro GUI'yi içerir. tescilli Schrödinger
HARİTALAR Evet Evet Evet Evet Evet Evet Evet Numara Evet Birden çok simülasyon motoruna erişim ile tek bir kullanıcı arayüzünde oluşturma, görselleştirme ve analiz araçları Tescilli , deneme mevcut bilim bilimi
Malzeme Stüdyosu Evet Evet Evet Evet Evet Numara Evet Evet Numara Ar-Ge süreçlerindeki temel sorunları çözerek, malzeme simülasyon teknolojisini masaüstü bilgisayarlara getiren ortam Tescilli , deneme mevcut Dassault Systèmes BIOVIA
(eski adıyla Accelrys)
MBN Explorer + MBN Studio Evet Evet Evet Evet Evet Numara Numara Evet Evet Standart ve reaktif CHARMM kuvvet alanları; moleküler modelleyici (karbon nanomalzemeler, biyomoleküller, nanokristaller); açık örnek kitaplığı Tescilli , ücretsiz deneme mevcut MBN Araştırma Merkezi
MdynaMix Numara Numara Numara Evet Numara Numara Numara Numara Numara paralel MD Ücretsiz açık kaynak GNU GPL Stockholm Üniversitesi
ms2 Evet Evet Evet Evet Numara Numara Numara Numara Numara çok sayıda termofiziksel özelliğin anında hesaplanması. Ms2'nin ana uygulaması sıvılar üzerindedir. Ücretsiz açık kaynak ms-2.de
MOE Evet Evet Evet Evet Numara Numara ben Evet Numara Moleküler Çalışma Ortamı (MOE) tescilli Kimyasal Hesaplama Grubu
orak Numara Numara Evet Evet Numara Evet Numara Evet Numara Atom seviyesinde biyomoleküler sistemlerde serbest enerji yüzeylerini keşfetmek için moleküler dinamik simülasyon programı Ücretsiz açık kaynak Orac indirme sayfası
NAMD + VMD Evet Evet Evet Evet Numara Evet ben Evet Evet Hızlı, paralel MD, CUDA Tescilli , ücretsiz akademik kullanım, kaynak kodu Beckman Enstitüsü
NWChem Numara Numara Evet Evet Numara Numara Evet Numara Numara Kuantum mekaniği, moleküler dinamik ve birleşik QM-MM yöntemlerini içeren yüksek performanslı hesaplamalı kimya yazılımı Ücretsiz açık kaynak , Eğitim Topluluğu Lisansı sürüm 2.0 NWChem
Protein Lokal Optimizasyon Programı Numara Evet Evet Evet Evet Numara Numara Numara Numara Helis, döngü ve yan zincir optimizasyonu, hızlı enerji azaltma tescilli PLOP wiki'si
Q Numara Numara Numara Evet Numara Numara Numara Numara Numara (I) Serbest enerji pertürbasyonu (FEP) simülasyonları, (II) ampirik değerlik bağı (EVB), reaksiyon serbest enerjilerinin hesaplamaları, (III) reseptör-ligand bağlanma afinitelerinin lineer etkileşim enerjisi (LIE) hesaplamaları Ücretsiz açık kaynak GNU GPLv2 veya üstü Q
SAMSON Evet Evet Evet Evet Numara Numara Evet Numara Numara Hesaplamalı nanobilim (yaşam bilimleri, malzemeler, vb.). Modüler mimari, SAMSON Elements olarak adlandırılan modüller Tescilli , ücretsiz SAMSON Bağlantısı
Scigress Evet Evet Evet Evet Numara Numara Evet Evet Numara MM , DFT , yarı deneysel yöntemler , paralel MD , konformasyonel analiz, Lineer ölçekleme SCF, docking protein-ligand , Toplu işleme , sanal tarama , otomatik oluşturucular (moleküler dinamikler, proteinler, kristaller) tescilli SCIGRESS.com
Spartalı Evet Evet Evet Numara Evet Numara Evet Evet Numara Konformasyon, yapı, özellik, spektrum, reaktivite ve seçiciliği belirlemek için küçük molekül (< 2.000 amu) MM ve QM araçları. Tescilli , ücretsiz deneme mevcut Dalga fonksiyonu, Inc.
TeraChem Numara Numara Evet Evet Numara Numara Evet Numara Evet Çok büyük moleküler ve hatta nano ölçekli sistemler için yüksek performanslı GPU ile hızlandırılmış ab initio moleküler dinamikler ve TD/ DFT yazılım paketi . NVIDIA GPU'lar ve 64-bit Linux üzerinde çalışır , yoğun şekilde optimize edilmiş CUDA koduna sahiptir. Tescilli , deneme lisansları mevcut PetaChem LLC
TAMİRCİLİK ben Evet Evet Evet Evet ben ben Evet Evet Moleküler tasarım için yazılım araçları-Tinker-OpenMM

Moleküler tasarım için yazılım araçları-Tinker-HP

Tescilli , ücretsiz Washington Üniversitesi
Tremolo-X ben Numara Evet Evet Numara Numara Numara Numara Numara Hızlı, paralel MD tescilli Tremolo-X
UCSF Kimera Evet Evet Evet Numara Numara Numara Numara Numara Numara Görsel olarak çekici görüntüleyici, amino asit rotamerleri ve diğer yapılar, geliştirilmekte olan Antechamber ve MMTK, Ambertools eklentilerini içerir. Tescilli , ücretsiz akademik kullanım Kaliforniya Üniversitesi
YASARA Evet Evet Evet Evet Numara Numara Evet Numara Evet Moleküler grafikler, modelleme, simülasyon tescilli YASARA.org

Ayrıca bakınız

Notlar ve referanslar

Dış bağlantılar