Gen yoğunluğu - Gene density
Olarak genetik , gen yoğunluğu bir organizmanın bir genomunun sayısına oranıdır genlerin sayısı başına baz çifti , milyonda bir baz çifti veya cinsinden yazılı megabaz (Mb). İnsan genomu genomu ise, 11-15 gen / Mb bir gen yoğunluğu C. elegans yuvarlak kurt 200 sahip olduğu tahmin edilmektedir.
Bakteriler ve amipler gibi görünüşte basit organizmalar, insanlardan çok daha yüksek gen yoğunluğuna sahiptir. Bakteriyel DNA , 500-1000 gen / Mb düzeyinde bir gen yoğunluğuna sahiptir. Bunun nedeni, bakteriyel DNA'nın introna sahip olmaması da dahil olmak üzere çeşitli faktörlerdir . Bakteriyel genlerde de daha az kodon vardır.
Türler
tek hücreli
Türler | gen sayısı | genomdaki baz çiftleri (Mb) | gen yoğunluğu |
---|---|---|---|
Babesia microti | 3.685 | 6.4 | 575.8 |
Besnoitia besnoiti | 8.546 | 58.8 | 145.3 |
Cryptosporidium parvum | 3.887 | 9.1 | 427.1 |
Giardia intestinalis | 5.388 | 11.5 | 468.5 |
Leishmania donovani | 8.123 | 32.4 | 250.7 |
Plasmodium falciparum | 5.683 | 23.5 | 241,8 |
Phytophthora infestans | 19.344 | 203.2 | 95.2 |
Tetrahymena thermophila | 26.996 | 130.4 | 207 |
Theileria parva | 4.141 | 8.3 | 498.9 |
Toxoplasma gondii | 8925 | 64.5 | 138.4 |
Trypanosoma cruzi | 25.183 | 32.5 | 774.9 |
mantarlar
Türler | gen sayısı | genomdaki baz çiftleri (Mb) | gen yoğunluğu |
---|---|---|---|
Agaricus bisporus | 11.459 | 30.7 | 373.3 |
Aspergillus nidulans | 9.586 | 30.6 | 313.3 |
Aspergillus niger | 10.828 | 35.6 | 304.2 |
Candida albicans | 6.263 | 14.7 | 426.1 |
Cryptococcus neoformans | 7,004 | 18.6 | 376.5 |
Debaryomyces hansenii | 6.495 | 12.1 | 536.8 |
Encephalitozoon cuniculi | 2.029 | 2.3 | 882.2 |
Eremothecium gossypii | 5.356 | 9.1 | 588.6 |
Fusarium oxysporum | 21.354 | 52.4 | 407.5 |
Kluyveromyces lactis | 5.335 | 10.6 | 503.3 |
Lasiodiplodia theobromae | 13.054 | 43.6 | 299.4 |
Neurospora crassa | 10.590 | 41.3 | 256.4 |
Saccharomyces cerevisiae | 6.445 | 11.9 | 541.6 |
Saccharomyces paradoksu | 5.840 | 12 | 486.6 |
Schizosaccharomyces pombe | 6.974 | 12.8 | 544.8 |
Talaromyces marneffei | 10.138 | 28.3 | 358.2 |
Tremella mesenterica | 8.292 | 27.9 | 297.2 |
Trichoderma harzianum | 14.294 | 40.7 | 351.2 |
Trichophyton rubrum | 8.804 | 23.1 | 381.1 |
Ustilago maydis | 6.909 | 19.9 | 347.2 |
Wallemia ichthyophaga | 5.000 | 9.5 | 526.3 |
Civanperçemi lipolytica | 7.144 | 20.3 | 351.9 |
bitkiler
Türler | yaygın isim | gen sayısı | genomdaki baz çiftleri (Mb) | gen yoğunluğu |
---|---|---|---|---|
Ananas comosus | Ananas | 25.758 | 382 | 67.4 |
Arabidopsis thaliana | thale tere | 38.311 | 119 | 321.9 |
Kuşkonmaz officinalis | Kuşkonmaz | 32.237 | 1.187 | 27.2 |
Brassica rapa | tarla hardalı | 51.592 | 333 | 154.9 |
Kenevir sativa | kenevir | 31.170 | 876 | 35.6 |
Cajanus cajan | güvercin bezelye | 33.495 | 593 | 56.5 |
Capsicum annuum | biber | 41.729 | 2.909 | 14.3 |
Coffea arabica | Kahve | 56.902 | 1.094 | 52 |
Glisin max | soya fasulyesi | 59.905 | 995.7 | 60.2 |
Juglans regia | İngiliz ceviz | 37.996 | 634.7 | 59.9 |
Nicotiana tabacum | tütün | 74.273 | 3.734,2 | 19.9 |
Olea europaea | zeytin | 47.911 | 1.316,7 | 36.4 |
Oryza sativa | pirinç | 35.223 | 385 | 91.5 |
Panicum hallii | çimen | 31.528 | 511.6 | 61.6 |
Physcomitrium patens | toprak yosunu yaymak | 23.747 | 472 | 50.3 |
Prunus dulcis | badem | 26.936 | 236.9 | 113.7 |
Prunus persica | şeftali | 26.412 | 214.2 | 123.3 |
Punica granatum | nar yetiştiricisi | 29.281 | 308.4 | 94.9 |
Rosa chinensis | gül | 40.349 | 513.9 | 78.5 |
Solanum lycopersicum | domates | 31.263 | 813 | 38.5 |
Solanum tuberosum | Patates | 33.606 | 760 | 44.2 |
Theobroma kakao | kakao | 24.957 | 335 | 74.5 |
Zea mays | Mısır | 49.796 | 2.197 | 22.7 |
omurgasız
Türler | yaygın isim | gen sayısı | genomdaki baz çiftleri (Mb) | gen yoğunluğu |
---|---|---|---|---|
Aedes aegypti | sarı humma sivrisinek | 19.623 | 1.274 | 15.4 |
Anopheles gambiae | Afrika sıtma sivrisinek | 13.247 | 250 | 53 |
Apis mellifera | bal arısı | 12.374 | 226 | 54.8 |
Caenorhabditis elegans | C. elegans | 47.632 | 102 | 467 |
Daphnia magna | su piresi | 21.549 | 126 | 171 |
Drosophila melanogaster | Meyve sineği | 17.868 | 137 | 130.4 |
Hydra vulgaris | hidra | 22.980 | 1.055 | 21.8 |
Limulus polifemusu | at nalı yengeci | 27.318 | 1.828 | 14.9 |
Ahtapot sinensis | ahtapot | 29.784 | 2.719 | 11 |
Pediculus humanus | insan biti | 10.993 | 110 | 99.9 |
Strongylocentrotus purpuratus | mor deniz kestanesi | 33.504 | 921 | 36.4 |
omurgalı memeliler
Türler | yaygın isim | gen sayısı | genomdaki baz çiftleri (Mb) | gen yoğunluğu |
---|---|---|---|---|
Timsah mississippiensis | Amerikan timsahı | 25.279 | 2.161 | 11.7 |
Anolis carolinensis | anol kertenkele | 22.293 | 1.799 | 12.4 |
Astyanax mexicanus | Meksikalı tetra | 31.695 | 1.263 | 25.1 |
Columba livia | güvercin | 26.679 | 1.063 | 25.1 |
Danio rerio | zebra balığı | 47.350 | 1.408 | 33.6 |
Gallus gallus | tavuk | 24.402 | 1.043 | 23.4 |
Nothobranchius furzeri | turkuaz killifish | 25.387 | 1.052 | 24.1 |
Oryzias latipes | Japon pirinç balığı | 26.846 | 746 | 36 |
Petromyzon marinus | deniz taşağı | 22.167 | 987 | 22.5 |
Taeniopygia guttata | Zebra fincanı | 21.543 | 1.069 | 20.2 |
Takifugu rubripleri | Japon kirpi | 27.413 | 384 | 71.8 |
Xenopus tropicalis | tropikal pençeli kurbağa | 28.863 | 1.468 | 19.7 |
Xenopus laevis | Afrika pençeli kurbağa | 37.283 | 2.718 | 13.7 |
omurgalı memeliler
Türler | yaygın isim | gen sayısı | genomdaki baz çiftleri (Mb) | gen yoğunluğu |
---|---|---|---|---|
Acinonyx jubatus | çita | 34.482 | 2.378 | 14.5 |
Ailuropoda melanoleuca | dev panda | 32.950 | 2.371 | 13.9 |
Aotus nancymaae | gece maymunu | 31.331 | 2.861 | 11 |
Artibeus jamaicensis | Jamaikalı meyve yiyen yarasa | 31.480 | 2.316 | 13.6 |
Arvicanthis niloticus | Afrika çimen faresi | 31.912 | 2.496 | 12.8 |
Balaenoptera acutorostrata | minke balinası | 26.805 | 2.431 | 11 |
Balaenoptera musculus | Mavi balina | 27.194 | 2.105 | 12.9 |
Bizon bizonu | Amerikan bizonu | 27.488 | 2.828 | 9.7 |
Bos mutus | vahşi yak | 26.159 | 2.703 | 9.7 |
Bos taurus | sığırlar | 35.061 | 2.715 | 12.9 |
Canis lupusiliaris | köpek | 36.717 | 2370 | 15.5 |
Çinçilla lanigera | uzun kuyruklu çinçilla | 30.378 | 2.390 | 12.7 |
Felis catus | kedi | 35.521 | 2.521 | 14 |
Goril goril | goril | 35.419 | 3.063 | 11.6 |
Homo sapiens | insan | 44.507 | 2.861 | 15.5 |
Macaca mulatta | Rhesus maymunu | 40.164 | 2.970 | 13.5 |
Mus musculus | ev faresi | 42.823 | 2.689 | 15.9 |
Pan troglodytes | şempanze | 40.769 | 3.050 | 13.4 |
Rattus norvegicus | kahverengi fare | 38.371 | 2.743 | 14 |
Sus scrofa | domuz | 30.345 | 2.459 | 12.3 |
Gen sayısı, belirli bir tür gtf açıklama dosyasının en son sürümündeki gen bayraklarının sayısına göre hesaplanır. İyi çalışılmış organizmaların muhtemelen daha yüksek gen sayılarına sahip olacağını unutmayın, çünkü bu türler daha iyi açıklamaya sahiptir, bu nedenle bu sayılar karşılaştırma için tahminlerdir.