deşifre - DECIPHER
DECIPHER , hasta DNA'sının analizinden elde edilen genomik varyasyon verilerinin web tabanlı bir kaynağı ve veritabanıdır . Bu submicroscopic belgeleyen kromozom anormallikleri ( mikrodelesyonlar ve mükerrer 25000 üzerinde hastalardan ve onları eşler - (SNVs, Eklemeler, Silmeler indellerin tek nükleotid varyantları)) ve patojenik dizisi varyantları insan genomu kullanarak Ensemble'da veya UCSC Genom Tarayıcı . Ek olarak, her hastanın klinik özelliklerini kataloglar ve ilgili bilimsel raporlara ve destek gruplarına bağlantılar ile birlikte bir mikrodelesyon/duplikasyon sendromları veritabanını tutar .
Topluluk Kaynaklarını Kullanan İnsanlarda Kromozomal Dengesizlik ve Fenotip Veritabanının bir kısaltması olan DECIPHER , Wellcome Trust tarafından finanse edilen Birleşik Krallık'taki Sanger Enstitüsünde 2004 yılında başlatılmıştır . Bununla birlikte, 33 ülkeden 240'tan fazla klinik genetik merkezinin katkıda bulunduğu hasta verileriyle uluslararası bir araştırma konsorsiyumu tarafından desteklenmektedir . Her merkez deneyimli bir klinik genetikçi ve kıdemli bir moleküler sitogenetikçi tarafından temsil edilmektedir .
Amaçları
Deşifre Wellcome Trust Sanger Enstitüsü Nigel Carter ve 2004 yılında kurulan Helen Firth , bir klinik genetik danışman Addenbrooke Hastanesi içinde Cambridge . Üç ana amacı vardır:
- Bilinen patojenik varyantlar, diğer makul patojenik varyantlar ve popülasyon varyasyonu bağlamına yerleştirerek genom çapında analizlerden elde edilen makul patojenik varyantların yorumlanmasına yardımcı olur.
- Sekans ve yapısal varyantları mevcut insan referans genomunun en son fonksiyonel açıklamalarıyla karşılaştırmak için Ensembl araçlarını kullanarak olası işlevsel etkileriyle olası patojenik varyantlara açıklama ekleyin, örneğin hangi genlerin belirli bir kopya numarası varyantında (mikrodelesyon / mikroduplikasyon) veya sekans varyantları için dahil olduğunu tanımlayın , bir gen veya düzenleyici öğe içinde konumlanmış olsunlar.
- Nadir hastalıkların teşhisini, yönetimini ve tedavisini iyileştirmek için insan sağlığını ve gelişimini etkileyen genlerin araştırılmasına yönelik araştırmaları kolaylaştırın.
Klinik genetikçiler, sitogenetikçiler ve moleküler biyologlar için bir araç olarak DECIPHER, hastalarda tanımlanan gen kopya sayısı varyasyonlarının klinik öneme sahip olup olmadığını belirlemek için kullanılır . Üyeler, hastalarında değiştirilmiş DNA bölgesindeki genleri görselleştirebilir ve herhangi birinin hastalıkla ilişkili olup olmadığını tespit edebilir. Emily Niemitz'in Nature Genetics'te yazdığına göre, kromozomal dengesizlikler gelişimsel gecikmenin, öğrenme güçlüklerinin ve doğuştan gelen anormalliklerin önemli bir nedenidir ve veri tabanı, benzer klinik özelliklere sahip hastalara sahip araştırmacılar ve klinisyenler arasında işbirliğini kolaylaştırır ve "keşfedilmesine yardımcı olabilir". yeni sendromlar ve klinik öneme sahip genlerin tanınmasında."
İşlem
Hastalar DECIPHER'a kayıtlı konsorsiyum üyeleri tarafından girilir. Tipik olarak bir klinik genetikçi, bir hastanın DNA'sının kromozom analizini (genellikle mikrodizi tabanlı) düzenler . Potansiyel bir mikrodelesyon/mikro çoğaltma tanımlanabilir, ancak tıbbi önemi bilinmemektedir. Klinisyen anonimleştirilmiş verileri kısıtlı, parola korumalı DECIPHER veritabanına girebilir ve kromozomal silme/duplikasyonun konumunu ve boyutunu referans genomla eşleştirebilir . DECIPHER kullanarak, klinisyen daha sonra silme/duplikasyondan etkilenen spesifik genleri tanımlayabilir, herhangi birinin bilinen klinik önemi olup olmadığını (örneğin, tümör baskılayıcı genlerin silinip silinmediğini) belirleyebilir ve Ensembl genom tarayıcısında bölgeyi görüntüleyip görüntülemediğini görebilir. DECIPHER'da üst üste binen silme/yinelemelere sahip başka onaylanmış hastalar var. Bu, bir kopya numarası değişikliğinin normal bir polimorfik varyant mı, yoksa hastanın klinik semptomlarının olası nedeni mi olduğunun daha iyi anlaşılmasını sağlar . Klinisyen daha sonra hastaya silme/kopyalamanın olası önemi ve sağlıkları üzerindeki etkileri konusunda tavsiyede bulunabilir.
Her hastanın verileri anonimleştirilir ve yalnızca ilişkili bir genotip ve bir dizi klinik semptom ( fenotipler ) olan bir kimlik ile temsil edilir . Hasta verileri, hasta tarafından bir onam formu imzalanırsa , konsorsiyumun diğer üyeleri tarafından erişilebilir hale getirilir ve Ensembl aracılığıyla görüntülenebilir . Bilgilendirilmiş onay ile, anonimleştirilmiş silme/çoğaltma ve fenotipler, DECIPHER konsorsiyum üyelerine ve farklı erişim seviyelerine sahip kamu kullanıcılarına açık hale gelir (örneğin, yalnızca oturum açmış kullanıcılar, verileri giren merkezin iletişim bilgilerini görebilir). Bir hasta hakkında daha fazla bilgi edinmek isteyen genel kullanıcılar, DECIPHER'a bir talep gönderebilir ve bu talep, daha sonra, başvuru merkezinden sorumlu klinisyen koordinatörüne iletecektir.
DECIPHER'da yatırılan hastaların çoğu, genel popülasyonda çok düşük bir oluşumla genetik mutasyonlar gösterir. Dolayısıyla aynı klinisyenlerin benzer hastalarla karşılaşma olasılığı da düşüktür. DECIPHER, dünyanın dört bir yanından herhangi bir akredite klinisyen veya sitogenetik uzmanına açıldığından, benzer nadir vakaları bulma şansı önemli ölçüde artar. Klinik genetik bilginin bu çevrimiçi paylaşımı, yalnızca mikrodelesyonların/mikro duplikasyonların ve bunlarla ilişkili patojenik fenotiplerin daha iyi anlaşılmasını desteklemekle kalmaz, aynı zamanda yeni sendromların keşfedilmesini de kolaylaştırır . Ocak 2014 itibariyle, DECIPHER veri tabanına 23000'den fazla hasta girilmiş olup, bunların 10000'den fazlası onaylanmıştır.
Etik ve gizlilik
DECIPHER'a hasta verilerini girmek için uygun onay, gönderen klinisyen tarafından alınır. Hasta onayı herhangi bir zamanda geri alınabilir ve verileri kaldırılır. Genellikle çocukların kayıtları, vasilerinin ebeveynlerinin rızasıyla görüntülenir. DECIPHER, çocuk on altı yaşına geldiğinde, girişten haberdar edilmesini ve geri çekilme veya katılımcı olarak devam etme fırsatının verilmesini tavsiye eder. DECIPHER'ı kullanan her üye merkezi , uygun olduğu durumlarda kendi kurumlarında veya ülkelerinde bir araştırma etik kurulundan etik onay alır . Birleşik Krallık'ta Bilgi Komisyonu Ofisi , 1998 tarihli Veri Koruma Yasası uyarınca DECIPHER hakkında bilgilendirilmiştir . Proje, insan genetiği, hesaplamalı biyoloji , etik ve hukuk alanından bir danışma kurulu temsilcileri tarafından denetlenmektedir .
Bilgi gizliliğini sağlamak için , veriler şifreli bir TLS/SSL bağlantısı üzerinden sunulur . Yalnızca tanınmış tıbbi araştırma merkezlerinden güvenilir kişiler, başka bir hastayı gönderen merkezin kimliğine erişebilir (işbirliği yapmak isterlerse hastanın klinisyenleriyle iletişim kurmalarına izin verir). Halkın üyeleri, DECIPHER ve Ensembl'deki onaylanan anonim hasta verilerine, gönderen merkezin kimliği gösterilmeden göz atabilir.
Ayrıca bakınız
- Sanal Karyotip
- İnsanda Mendel Kalıtımı
- MARRVEL , DECIPHER'ı altı insan genetik veritabanından biri ve bilgileri entegre etmek için yedi model organizma veritabanından biri olarak kullanan bir web sitesi.
Referanslar
Dış bağlantılar