Virüs sınıflandırması - Virus classification
Virüs sınıflandırması , virüsleri adlandırma ve hücresel organizmalar için kullanılan sınıflandırma sistemlerine benzer bir taksonomik sisteme yerleştirme işlemidir .
Virüsler, morfoloji , nükleik asit tipi, replikasyon modu, konak organizmalar ve neden oldukları hastalık tipi gibi fenotipik özelliklere göre sınıflandırılır . Virüslerin resmi taksonomik sınıflandırması, Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi (ICTV) sisteminin sorumluluğundadır , ancak Baltimore sınıflandırma sistemi, virüsleri mRNA sentez tarzlarına göre yedi gruptan birine yerleştirmek için kullanılabilir. Özel adlandırma kuralları ve daha fazla sınıflandırma yönergeleri ICTV tarafından belirlenir.
Dünyanın bilinen tüm virüslerinin bir kataloğu önerildi ve 2013'te bazı ön çalışmalar yapılıyordu.
Virüs türü tanımı
Türler, herhangi bir biyolojik sınıflandırma sisteminin temelini oluşturur. 1982'den önce, virüslerin Ernst Mayr'ın türlerin üreme kavramına uygun hale getirilemeyeceği ve dolayısıyla bu tür bir tedaviye uygun olmadığı düşünülüyordu . 1982'de ICTV, bir türü, benzersiz tanımlayıcı niteliklere sahip "bir suş kümesi" olarak tanımlamaya başladı. 1991'de, bir virüs türünün, çoğalan bir soy oluşturan ve belirli bir ekolojik niş işgal eden politetik bir virüs sınıfı olduğu şeklindeki daha spesifik ilke kabul edildi.
Temmuz 2013'te ICTV'nin tür tanımı şu şekilde değişti: "Bir tür, özellikleri diğer türlerin özelliklerinden çok sayıda kriterle ayırt edilebilen monofiletik bir virüs grubudur." Bu kriterler, kapsidin yapısı, bir zarfın varlığı, proteinleri için gen ekspresyon programı, konakçı aralığı, patojenite ve en önemlisi genetik dizi benzerliği ve filogenetik ilişkiyi içerir.
Kullanılan gerçek kriterler taksona göre değişir ve bazen tutarsız (keyfi benzerlik eşikleri) veya soyla (coğrafya) ilgisiz olabilir. Birçokları için mesele henüz çözülmüş değil.
ICTV sınıflandırması
Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi hazırlamak ve adlandırma ve 1970'lerin başında virüslerin sınıflandırılması, günümüze kadar devam eden bir çaba kurallarını uygulamaya başladı. ICTV, Uluslararası Mikrobiyolojik Dernekler Birliği tarafından evrensel bir virüs taksonomisi geliştirmek, rafine etmek ve sürdürmekle görevlendirilen tek organdır . Sistem, hücresel organizmaların sınıflandırma sistemi ile takson yapısı gibi birçok özelliği paylaşır . Ancak, algler, mantarlar ve bitkiler için Uluslararası Adlandırma Yasası ve Uluslararası Zoolojik Adlandırma Yasası'nın aksine, tüm taksonomik isimler için evrensel italik kullanımı gibi bazı farklılıklar vardır .
Viral sınıflandırma, alem düzeyinde başlar ve parantez içindeki taksonomik ekler ile aşağıdaki şekilde devam eder:
- Bölge ( -viria )
Hücresel türlerde benimsenen iki terimli adlandırma sisteminin aksine , şu anda virüs tür adları için standartlaştırılmış bir form bulunmamaktadır. Şu anda, ICTV, bir tür adının farklı kalırken mümkün olduğunca az kelime içermesi gerektiğini ve yalnızca virüs kelimesini ve konak adını içermemesi gerektiğini zorunlu kılmaktadır. Tür adları , özellikle daha yüksek bitkiler ve hayvanlar için genellikle [Hastalık] virüsü biçimini alır . 2019'da ICTV, 2020'de oylanacak olan virüs tür adları için daha resmi bir iki terimli adlandırma sistemi benimsemeye yönelik bir öneri yayınladı. Ancak, bazı virologlar daha sonra, tartışmanın pek çok kişi varken ortaya çıktığını öne sürerek olası adlandırma sistemi değişikliğine itiraz etti. saha COVID-19 salgını nedeniyle meşguldü .
2019 itibariyle, alt bölge, alt krallık ve alt sınıf hariç tüm takson seviyeleri kullanılmaktadır. Dört bölge, bir incertae sedis düzeni, 24 incertae sedis ailesi ve üç incertae sedis cinsi tanınır:
Diyarlar : Duplodnaviria , Monodnaviria , Adnaviria , Ribozyviria , Riboviria ve Varidnaviria
Incertae sedis aileleri :
- Alfasatellitidae
- Ampullaviridae
- Anelloviridae
- avsunviroidae
- Baculoviridae
- Bicaudaviridae
- clavaviridae
- Finnlakeviridae
- Fuselloviridae
- Globuloviridae
- guttaviridae
- Halspiviridae
- Hytrosaviridae
- Nimaviridae
- Nudiviridae
- Ovaliviridae
- plazma virüsleri
- polidnaviridae
- Portogloboviridae
- Pospiviroidae
- Spiraviridae
- Thaspiviridae
- Tolecusatellitidae
- tristromaviridae
Incertae sedis cinsleri : Deltavirus , Dinodnavirus , Rhizidiovirus
Yapı tabanlı virüs sınıflandırması
Farklı yaşam alanlarından (örneğin, bakteriyel tectivirüsler ve ökaryotik adenovirüsler veya prokaryotik Caudovirales ve ökaryotik herpes virüsleri) konakçıları enfekte eden belirli viral gruplar için gözlemlenen viryon düzeneği ve yapısındaki benzerliğin, bu virüsler arasındaki evrimsel bir ilişkiyi yansıttığı öne sürülmüştür. Bu nedenle, virüsler arasındaki yapısal ilişkinin, 2010'un ICTV sınıflandırma şemasını tamamlayabilecek daha yüksek seviyeli taksonları - yapı temelli viral soyları - tanımlamak için bir temel olarak kullanılması önerilmiştir.
ICTV, protein kıvrımlarındaki ilişkileri kullanarak kademeli olarak birçok üst düzey takson ekledi. 2019 sürümünde tanımlanan dört alanın tümü, belirli bir yapısal ailenin bir proteininin varlığı ile tanımlanır.
Baltimore sınıflandırması
Baltimore sınıflandırması (ilk olarak 1971'de tanımlanmıştır), virüsleri nükleik asitlerinin ( DNA veya RNA ), sarmallıklarının (tek sarmallı veya çift sarmallı), anlam ve yöntemlerinin bir kombinasyonuna bağlı olarak yedi gruptan birine yerleştiren bir sınıflandırma sistemidir . çoğaltma . Adını David Baltimore , bir Nobel Ödülü'nün ödüllü biyolog, bu grupların tarafından belirlenir Roma rakamlarıyla . Diğer sınıflandırmalar, virüsün neden olduğu hastalığa veya morfolojisine göre belirlenir, ikisi de aynı hastalığa neden olan veya çok benzer görünen farklı virüsler nedeniyle tatmin edici değildir. Ek olarak, viral yapıların mikroskop altında belirlenmesi genellikle zordur. Virüsleri genomlarına göre sınıflandırmak , belirli bir kategoridekilerin hepsinin benzer şekilde davranacağı ve daha fazla araştırmaya nasıl devam edileceğine dair bazı göstergeler sunacağı anlamına gelir. Virüsler aşağıdaki yedi gruptan birine yerleştirilebilir:
- I: dsDNA virüsleri (örn. Adenovirüsler , Herpesvirüsler , Poxvirüsler )
- II: ssDNA virüsleri (+ iplik veya "duyu") DNA (örn. Parvovirüsler )
- III: dsRNA virüsleri (örn. Reovirüsler )
- IV: (+)ssRNA virüsleri (+ iplik veya sens) RNA (örn. Coronavirüsler , Picornavirüsler , Togavirüsler )
- V: (−)ssRNA virüsleri (− iplikçik veya antisens) RNA (örn. Orthomyxoviruses , Rhabdoviruses )
- VI: ssRNA-RT virüsleri (+ iplik veya sens) Yaşam döngüsünde DNA ara maddesi olan RNA (örn. Retrovirüsler )
- VII: dsDNA-RT virüsleri , yaşam döngüsünde RNA ara maddesi olan DNA (örn. Hepadnavirüsler )
DNA virüsleri
DNA genomu olan virüsler , DNA ters transkripsiyon virüsleri hariç , tanınan dört viral alemden üçünün üyeleridir : Duplodnaviria , Monodnaviria ve Varidnaviria . Ama incertae sedis sipariş Ligamenvirales ve diğer birçok incertae sedis aileleri ve cins de sınıflandırmak DNA virüsleri için kullanılır. Etki Duplodnaviria ve Varidnaviria çift iplikli DNA virüsü oluşur; diğer çift sarmallı DNA virüsleri incertae sedis'tir . Monodnaviria alanı , genellikle bir HUH endonükleazını kodlayan tek sarmallı DNA virüslerinden oluşur ; diğer tek sarmallı DNA virüsleri incertae sedis'tir .
- Grup I : virüsler çift sarmallı DNA'ya sahiptir. Su çiçeği ve uçuklara neden olan virüsler burada bulunur.
- Grup II : virüsler tek sarmallı DNA'ya sahiptir.
virüs ailesi | Örnekler (genel adlar) | Virion çıplak/zarflı |
kapsid simetrisi |
nükleik asit türü | Grup |
---|---|---|---|---|---|
1. Adenoviridae | Köpek hepatit virüsü , Soğuk algınlığının bazı türleri | Çıplak | iki yüzlü | ds | ben |
2. Papovaviridae | JC virüsü , HPV | Çıplak | iki yüzlü | ds dairesel | ben |
3. Parvoviridae | İnsan parvovirüsü B19 , köpek parvovirüsü | Çıplak | iki yüzlü | ss | II |
4. Herpes virüsü | Herpes simpleks virüsü , varicella-zoster virüsü , sitomegalovirüs , Epstein-Barr virüsü | Zarflı | iki yüzlü | ds | ben |
5. Poxviridae | Çiçek hastalığı virüsü , sığır çiçeği , miksoma virüsü , maymun çiçeği , aşı virüsü | Karmaşık katlar | karmaşık | ds | ben |
6. Anelloviridae | Tork teno virüsü | Çıplak | iki yüzlü | dairesel | II |
7. Pleolipoviridae | HHPV1 , HRPV1 | Zarflı | ss/ds doğrusal/dairesel | I/II |
RNA virüsleri
Bir RNA genomuna sahip olan ve RNA'ya bağımlı bir RNA polimerazı (RdRp) kodlayan tüm virüsler, Riboviria bölgesi içindeki Orthornavirae krallığının üyeleridir .
- Grup III : virüsler çift sarmallı RNA genomlarına sahiptir, örneğin rotavirüs .
- Grup IV : virüsler, pozitif anlamda tek sarmallı RNA genomlarına sahiptir. Bu grupta, picornavirüsler (Hepatit A virüsü, enterovirüsler, rinovirüsler, çocuk felci ve şap virüsü gibi iyi bilinen virüsleri içeren bir virüs ailesidir), SARS virüsü, hepatit dahil olmak üzere birçok iyi bilinen virüs bulunur. C virüsü, sarı humma virüsü ve kızamıkçık virüsü.
- Grup V : virüsler, negatif anlamda tek sarmallı RNA genomlarına sahiptir. Ebola ve Marburg virüsleri , influenza virüsü , kızamık , kabakulak ve kuduz ile birlikte bu grubun iyi bilinen üyeleridir .
Ters transkripsiyon virüsleri
Bir kodlayan bütün virüsler , ters transkriptaz (aynı zamanda oda sıcaklığında veya RNA-bağımlı DNA polimeraz) sınıfının üyeleridir Revtraviricetes filum olan, Arterviricota , Krallık Pararnavirae ve erişim alanı Riboviria . Blubervirales sınıfı , DNA RT (ters transkripsiyon) virüslerinin tek aile Hepadnaviridae'sini içerir; diğer tüm RT virüsleri Ortervirales sınıfının üyeleridir .
- Grup VI : virüsler, bir DNA ara maddesi yoluyla çoğalan tek sarmallı RNA virüslerine sahiptir. Retrovirüsler olan bu grup, içerdiği HIV üyesidir.
- Grup VII : virüsler çift sarmallı DNA genomlarına sahiptir ve ters transkriptaz kullanarak çoğalır. Hepatit B virüsü bu grupta bulunabilir.
Virüs Ailesi | Örnekler (genel adlar) | Kapsid çıplak/zarflı |
Kapsid Simetrisi |
nükleik asit türü | Grup |
---|---|---|---|---|---|
1. Retrovirüsler | HIV | Zarflı | dimer RNA | VI | |
2. Caulimoviridae | Caulimovirus , Kakao şişmiş ateş virüsü (CSSV) | Çıplak | VII | ||
3. Hepadnaviridae | Hepatit B virüsü | Zarflı | iki yüzlü | dairesel, kısmen ds | VII |
Tarihsel sistemler
Holmes sınıflandırması
Holmes (1948) el Linnaeus sınıflandırması ile binom terminoloji bir sipariş altında 3 gruba sınıflandırmak virüslere Virales . Aşağıdaki gibi yerleştirilirler:
- Grup I: Phaginae (bakterilere saldırır)
- Grup II: Phytophaginae (bitkilere saldırır)
- Grup III: Zoophaginae (hayvanlara saldırır)
Sistem, morfolojik benzerlikleri ihmal ettiği için başkaları tarafından kabul görmedi.
Subviral ajanlar
Aşağıdaki bulaşıcı ajanlar virüslerden daha küçüktür ve özelliklerinin sadece bir kısmına sahiptir. 2015'ten beri ICTV, virüslerin olduğu gibi sınıflandırılmalarına izin verdi.
Viroidler ve virüse bağımlı ajanlar
viroidler
- Aile Avsunviroidae
- Cins Avsunviroid ; tür türü : Avokado güneş lekesi viroidi
- Cins Pelamoviroid ; tip türler: Şeftali gizli mozaik viroid
- Cins Elaviroid ; türü türler: Patlıcan gizli viroid
- Aile Pospiviroidae
- Cins Pospiviroid ; tip türler: Patates iğ yumru viroidi
- Cins Hostuviroid ; türler: Hop dublör viroidi
- Cins Cocadviroid ; türü türler: Hindistan cevizi cadang-cadang viroid
- Cins Apscaviroid ; tip türler: Elma skar cilt viroidi
- Cins Coleviroid ; tür türü: Coleus blumei viroid 1
uydular
Uydular , üretken çoğalma için bir konak hücrenin yardımcı bir virüsle birlikte enfeksiyonuna bağlıdır . Nükleik asitleri, yardımcı virüslerinden veya konakçılarından önemli ölçüde farklı nükleotit dizilerine sahiptir. Bir uydu subviral ajan, içinde kapsüllendiği kat proteinini kodladığında, buna uydu virüsü denir.
Uydu benzeri nükleik asitler, uydu nükleik asitlerine benzerler, çünkü yardımcı virüslerin yardımıyla çoğalırlar. Ancak yardımcı virüslerinin başarısına katkıda bulunabilecek işlevleri kodlayabilmeleri bakımından farklılık gösterirler; bazen yardımcı virüslerinin genomik öğeleri olarak kabul edilirler, ancak her zaman yardımcı virüslerinde bulunmazlar.
- uydu virüsleri
- Tek sarmallı RNA uydu virüsleri
- (isimsiz aile)
- Aile Sarthroviridae
- Macronovirus – Macrobrachium uydu virüsü 1 (ekstra küçük virüs)
- (isimsiz cins) – Nilaparvata lugens kommensal X virüsü
- (isimsiz cins) – Kronik arı felci uydu virüsü
- Çift sarmallı DNA uydu virüsleri
- Aile Lavidaviridae – Virofajlar
- Tek sarmallı DNA uydu virüsleri
- Cins Dependoparvovirus – Adeno-ilişkili virüs grubu
- Tek sarmallı RNA uydu virüsleri
- Uydu nükleik asitleri
- Tek sarmallı uydu DNA'ları
- Aile Alphasatellitidae (bir çoğaltma başlatıcı proteini kodlayan)
- Aile Tolecusatellitidae (kodlama bir patojenite belirleyici βC1)
- Çift sarmallı uydu RNA'ları
- Tek sarmallı uydu RNA'ları
- Alt grup 1: Büyük uydu RNA'ları
- Alt grup 2: Küçük doğrusal uydu RNA'ları
- Alt grup 3: Dairesel uydu RNA'ları ( virüsoidler )
- cins Deltavirüs
- Polerovirüs ile ilişkili RNA'lar
- Uydu benzeri RNA
- Uydu benzeri DNA
- Tek sarmallı uydu DNA'ları
Arızalı girişim parçacıkları
Arızalı girişim yapan parçacıklar, normalde ana virüs olan yardımcı bir virüsün varlığı dışında çoğalma yeteneklerini kaybetmiş kusurlu virüslerdir. Ayrıca yardımcı virüse de müdahale edebilirler.
- Arızalı girişim parçacıkları (RNA)
- Arızalı girişim yapan parçacıklar (DNA)
Ayrıca bakınız
Notlar
- ^ Zimmer C (5 Eylül 2013). "Tüm Dünyadaki Virüsler İçin Bir Katalog?" . New York Times . Erişim tarihi: 6 Eylül 2013 .
- ^ a b Alimpiev, Yegor (15 Mart 2019). Virüs Türleri Kavramını Yeniden Düşünmek (PDF) .
- ^ Adams MJ, Lefkowitz EJ, King AM, Carstens EB (Aralık 2013). "Uluslararası Virüs Sınıflandırma ve Adlandırma Kodunda son zamanlarda kabul edilen değişiklikler" . Viroloji Arşivleri . 158 (12): 2633-9. doi : 10.1007/s00705-013-1749-9 . PMID 23836393 .
- ^ "Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi (ICTV)" . Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi (ICTV) . 2021-06-10 alındı .
- ^ Peterson, A Townsend (23 Temmuz 2014). "Viral türlerin tanımlanması: taksonomiyi faydalı kılmak" . Viroloji Dergisi . 11 (1): 131. doi : 10.1186/1743-422X-11-131 . PMC 4222810 . PMID 25055940 .
- ^ Lefkowitz EJ, Dempsey DM, Hendrickson RC, Orton RJ, Siddell SG, Smith DB (Ocak 2018). "Virüs taksonomisi: Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi'nin (ICTV) veri tabanı" . Nükleik Asitler Araştırma . 46 (D1): D708–D717. doi : 10.1093/nar/gkx932 . PMC 5753373 . PMID 29040670 .
- ^ a b "ICTV Kodu" . talk.ictvonline.org . Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi . 26 Nisan 2020 alındı .
- ^ "Uluslararası Virüs Sınıflandırması ve Adlandırma Kodu" . ICTV . Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi . 2 Eylül 2020'de alındı .
- ^ Siddell, Stuart; Walker, Peter; Lefkowitz, Elliot; Muşegyan, Arkadiy; Dutilh, Baş; Harrach, Balazs; Harrison, Robert; Junglen, Sandra; Knowles, Nick; Kropinski, Andrew; Krupoviç, Mart; Kuhn, Jens; Nibert, Max; Rubino, Luisa; Sabanadzovic, Sead; Simmonds, Peter; Varsanı, Arvind; Zerbini, Francisco; Davison, Andrew (3 Aralık 2019). "Virüs türleri için iki terimli isimlendirme: bir danışma" . Ark Virol . 165 (2): 519–525. doi : 10.1007/s00705-019-04477-6 . PMC 7026202 . PMID 31797129 .
- ^ Mallapaty, Smriti (30 Temmuz 2020). "Bir pandemi sırasında virüs adlandırma kuralları değişmeli mi? Soru virologları bölüyor" . Doğa . 584 (7819): 19–20. Bibcode : 2020Natur.584...19M . doi : 10.1038/d41586-020-02243-2 . PMID 32733098 .
- ^ a b "Virüs Taksonomisi: 2019 Sürümü" . talk.ictvonline.org . Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi . 26 Nisan 2020 alındı .
- ^ Bamford DH (Mayıs 2003). "Virüsler hayatın farklı alanlarında soylar oluşturur mu?". Mikrobiyolojide Araştırma . 154 (4): 231–6. doi : 10.1016/S0923-2508(03)00065-2 . PMID 12798226 .
- ^ Krupovič M, Bamford DH (Aralık 2010). "Viral evrene sipariş" . Viroloji Dergisi . 84 (24): 12476–9. doi : 10.1128/JVI.01489-10 . PMC 3004316 . PMID 20926569 .
- ^ "Virüs Taksonomisi: 2019 Sürümü" . talk.ictvonline.org . Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi . 26 Nisan 2020 alındı .
- ^ "Virüslerin Baltimore Sınıflandırması" (Web sitesi.) Moleküler Biyoloji Web Kitabı - http://web-books.com/ . 2008-08-18 tarihinde alındı.
- ^ "Virüs Taksonomisi: 2019 Sürümü" . talk.ictvonline.org . Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi . 25 Nisan 2020 alındı .
- ^ Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M, Varsani A, Wolf YI, Yutin N, Zerbini M, Kuhn JH. "Öneri: Riboviria bölgesi için tüm temel taksonomik sıraları dolduran bir megataksonomik çerçeve oluşturun" . Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi (ICTV) . 2020-05-21 alındı .CS1 bakımı: birden çok ad: yazar listesi ( bağlantı )
- ^ Kuhn, Jens H. (2020). "Virüs Taksonomisi". Yaşam Bilimlerinde Referans Modülü . Viroloji Ansiklopedisi . s. 28–37. doi : 10.1016/B978-0-12-809633-8.21231-4 . ISBN'si 978-0-12-809633-8. PMC 7157452 .
- ^ STRAUSS, JAMES H.; STRAUSS, ELLEN G. (2008). "Subviral Ajanlar". Virüsler ve İnsan Hastalığı . Elsevier. s. 345–368. doi : 10.1016/b978-0-12-373741-0.50012-x . ISBN'si 978-0-12-373741-0. S2CID 80872659 .
- ^ TaxoProp 2015.002aG
- ^ "80.002 Avsunviroidae - ICTVdB Virüs Endeksi." (Web sitesi.) ABD Ulusal Sağlık Enstitüleri web sitesi. 2007-09-27 tarihinde alındı.
- ^ "80.001 Popsiviroidae - ICTVdB Virüs Endeksi." (Web sitesi.) ABD Ulusal Sağlık Enstitüleri web sitesi. 2007-09-27 tarihinde alındı.
- ^ Krupoviç, Mart; Kuhn, Jens H.; Fischer, Matthias G. (7 Ekim 2015). "Virofajlar ve uydu virüsleri için bir sınıflandırma sistemi" . Viroloji Arşivleri . 161 (1): 233–247. doi : 10.1007/s00705-015-2622-9 . PMID 26446887 .