Timin-DNA glikozilaz - Thymine-DNA glycosylase

TDG
Mevcut yapılar
PDB	İnsan UniProt arama: PDBe RCSB
PDB kimlik kodlarının listesi
	1WYW , 2D07 , 2RBA , 3UFJ , 3UO7 , 3UOB , 4FNC , 4JGC , 4XEG , 4Z3A , 4Z47 , 4Z7B , 4Z7Z , 5CYS
tanımlayıcılar
takma adlar	TDG , hTimin-DNA glikozilaz, timin DNA glikozilaz
Harici kimlikler	OMIM : 601423 MGI : 3645587 HomoloGene : 2415 GeneCards : TDG
Gen konumu ( İnsan )
Chr.	Kromozom 12 (insan)
Son	103.988.874 baz puan
Gen konumu ( Fare )
Chr.	Kromozom 15 (fare)
Son	82.519.278 baz puan
RNA ifade modeli
	Daha fazla referans ifade verisi
Gen ontolojisi
moleküler fonksiyon	• protein homodimerizasyon aktivitesi ; • GO:0001104 transkripsiyon ortak düzenleyici aktivitesi ; • hasarlı DNA bağlanması ; • GO:0001948 protein bağlanması ; • çift sarmallı DNA bağlanması ; • hidrolaz aktivitesi ; • protein kinaz C bağlanması ; • transkripsiyon faktörü bağlanması ; • DNA N-glikosilaz aktivitesi ; • uyumsuz DNA bağlanması ; • protein alanına spesifik bağlanma ; • DNA bağlanması ; • magnezyum iyonu bağlanması ; • urasil DNA N-glikosilaz aktivitesi ; • ATP bağlanması ; • pirimidine özgü uyumsuzluk baz çifti DNA N-glikosilaz aktivitesi ; • sodyum iyonu bağlanması ; • klorür iyonu bağlanması ; • SUMO bağlanması ; • protein kendi kendine ilişki ; • G/U uyuşmazlığına özgü urasil-DNA glikozilaz aktivitesi;
Hücresel bileşen	• PML gövdesi ; • plazma zarı ; • nükleoplazma ; • çekirdek;
biyolojik süreç	• transkripsiyon regülasyonu, DNA şablonu ; • embriyo gelişimi ; • kromatin bağlanabilen negatif düzenlenmesi ; • oksidatif DNA demetilasyon ; • polimeraz II RNA transkripsiyonunun negatif düzenlenmesi ; • proteininin negatif düzenlenmesi bağlama ; • transkripsiyon, DNA şablonu ; • DNA hasarı uyarıcı hücresel yanıtı ; • depirimidinasyon ; • DNA demetilasyonu ; • baz eksizyon onarımı ; • DNA onarımı ; • uyumsuzluk onarımı ; • gen ekspresyonunun düzenlenmesi, epigenetik ; • baz eksizyon onarımı, AP bölgesi oluşumu ; • DNA N-glikosilaz aktivitesinin düzenlenmesi ; • kromatin organizasyonu ; • embriyonik gelişimin düzenlenmesi;
	Kaynaklar: Amigo / QuickGO
ortologlar
	6996
	545124
	ENSG00000139372
	ENSMUSG00000047347
	Q13569
	n/a
	NM_001008411 ; NM_003211 ; NM_001363612
	XM_006521630
	NP_003202 ; NP_001350541
	n/a
	Vikiveri
İnsan Görüntüle/Düzenle	Fareyi Görüntüle/Düzenle

G/T uyuşmazlığına özgü timin DNA glikosilaz , insanlarda TDG geni tarafından kodlanan bir enzimdir . Birkaç bakteri proteini, bu protein ile güçlü dizi benzerliğine sahiptir.

İşlev

Bu gen tarafından kodlanan protein, TDG/mug DNA glikozilaz ailesine aittir . Timin-DNA glikosilaz (TDG), DNA'nın şeker-fosfat omurgası ile yanlış eşleştirilmiş timin arasındaki karbon-azot bağını hidrolize ederek G/T uyumsuzluklarından timin parçalarını uzaklaştırır. Daha düşük aktivite ile bu enzim ayrıca timini C/T ve T/T yanlış eşleşmelerinden de uzaklaştırır. TDG ayrıca urasil ve 5-bromourasili guanin ile yanlış eşleşmelerden çıkarabilir. TDG nakavt fare modelleri, yanlış eşleşme sıklığında bir artış göstermedi, bu da fonksiyonel homolog MBD4 gibi diğer enzimlerin fonksiyonel fazlalık sağlayabileceğini düşündürdü. Bu gen , kromozom 12'nin p kolunda bir psödogene sahip olabilir .

Ek olarak, 2011 yılında, insan timin DNA glikosilazının (hTDG), genomik DNA'daki 5-metilsitosinin temel oksidasyon ürünleri olan 5-formilsitozini (5fC) ve 5-karboksilsitosini (5caC) verimli bir şekilde kestiği rapor edilmiştir. Daha sonra, TDG'nin memeli 5-metilsitozin demetilasyonundaki rolünü destekleyen, 5caC içeren dupleks DNA ile kompleks halinde hTDG katalitik alanının kristal yapısı yayınlandı.

Etkileşimler

Timin-DNA glikozilazın aşağıdakilerle etkileşime girdiği gösterilmiştir :

Etkileşimli yol haritası

İlgili makalelere bağlantı vermek için aşağıdaki genlere, proteinlere ve metabolitlere tıklayın.

[[Dosya:

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

|alt=Florourasil (5-FU) Aktivite düzenleme ]]

Florourasil (5-FU) Aktivite düzenlemesi

Referanslar

daha fazla okuma

Lindahl T (1982). "DNA onarım enzimleri" . Annu. Rev. Biyokimya . 51 : 61-87. doi : 10.1146/annurev.bi.51.070182.000425 . PMID 6287922 .
Hardeland U, Bentele M, Lettieri T, et al. (2001). "Timin DNA glikosilaz". Baz Eksizyon Onarımı . Prog. Nükleik Asit Arş. Mol. Biol . Nükleik Asit Araştırmaları ve Moleküler Biyolojide İlerleme. 68 . s. 235–53. doi : 10.1016/S0079-6603(01)68103-0 . ISBN'si 978-0-12-540068-8. PMID 11554300 .
Chevray PM, Nathans D (1992). "Mayada protein etkileşimi klonlaması: Jun'un lösin fermuarıyla reaksiyona giren memeli proteinlerinin tanımlanması" . Proc. Natl. Acad. bilim ABD . 89 (13): 5789-93. Bibcode : 1992PNAS...89.5789C . doi : 10.1073/pnas.89.13.5789 . PMC 402103 . PMID 1631061 .
Neddermann P, Jiricny J (1994). "HeLa hücrelerinden uyumsuzluğa özgü timin DNA glikosilaz tarafından GU yanlış eşleşmelerinden urasil'in verimli bir şekilde çıkarılması" . Proc. Natl. Acad. bilim ABD . 91 (5): 1642–6. doi : 10.1073/pnas.91.5.1642 . PMC 43219 . PMID 8127859 .
Neddermann P, Jiricny J (1993). "HeLa hücrelerinden bir uyumsuzluğa özgü timin-DNA glikosilazın saflaştırılması" . J. Biol. Chem . 268 (28): 21218–24. doi : 10.1016/S0021-9258(19)36913-3 . PMID 8407958 .
Barrett TE, Savva R, Panayotou G, et al. (1998). "Bir G:T/U uyuşmazlığına özgü DNA glikosilazın kristal yapısı: tamamlayıcı iplikçik etkileşimleri ile uyumsuzluk tanıma" . Hücre . 92 (1): 117–29. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80904-6 . PMID 9489705 . S2CID 9136303 .
Missero C, Pirro MT, Simeone S, et al. (2001). "DNA glikosilaz T:G uyuşmazlığına özgü timin DNA glikosilaz, tiroid transkripsiyon faktörü-1 ile aktive edilmiş transkripsiyonu baskılar" . J. Biol. Chem . 276 (36): 33569-75. doi : 10.1074/jbc.M104963200 . PMID 11438542 .
Tini M, Benecke A, Um SJ, et al. (2002). "CBP/p300 asetilaz ve timin DNA glikosilaz ilişkisi, DNA onarımı ve transkripsiyonunu bağlar" . Mol. Hücre . 9 (2): 265–77. doi : 10.1016/S1097-2765(02)00453-7 . PMID 11864601 .
Hardeland U, Steinacher R, Jiricny J, Schär P (2002). "Ubikuitin benzeri proteinler tarafından insan timin-DNA glikosilazının modifikasyonu, enzimatik dönüşümü kolaylaştırır" . EMBO J. . 21 (6): 1456–64. doi : 10.1093/emboj/21.6.1456 . PMC 125358 . PMID 11889051 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "15.000'den fazla tam uzunlukta insan ve fare cDNA dizisinin oluşturulması ve ilk analizi" . Proc. Natl. Acad. bilim ABD . 99 (26): 16899–903. doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
Abu M, Waters TR (2003). "İnsan timin-DNA glikosilazının ana rolü, 5-metilsitosinin deaminasyonu ile üretilen timinin çıkarılmasıdır ve etenositozinin çıkarılması değil" . J. Biol. Chem . 278 (10): 8739-44. doi : 10.1074/jbc.M211084200 . PMID 12493755 .
Shimizu Y, Iwai S, Hanaoka F, Sugasawa K (2003). "Xeroderma pigmentosum C grubu proteini, timin DNA glikosilaz ile fiziksel ve işlevsel olarak etkileşime girer" . EMBO J. . 22 (1): 164–73. doi : 10.1093/emboj/cdg016 . PMC 140069 . PMID 12505994 .
Chen D, Lucey MJ, Phoenix F, et al. (2003). "T:G uyuşmazlığına özgü timin-DNA glikosilaz, östrojen reseptörü alfa ile doğrudan etkileşim yoluyla östrojenle düzenlenen genlerin transkripsiyonunu güçlendirir" . J. Biol. Chem . 278 (40): 38586-92. doi : 10.1074/jbc.M304286200 . PMID 12874288 .
Lehner B, Semple JI, Brown SE, et al. (2004). "Bir yüksek verimli maya iki hibrit sisteminin analizi ve insan MHC sınıf III bölgesi içinde kodlanan hücre içi proteinlerin işlevini tahmin etmek için kullanımı". genomik . 83 (1): 153–67. doi : 10.1016/S0888-7543(03)00235-0 . PMID 14667819 .
Brandenberger R, Wei H, Zhang S, et al. (2005). "Transkriptome karakterizasyonu, insan ES hücre büyümesini ve farklılaşmasını kontrol eden sinyal ağlarını aydınlatır". Nat. Biyoteknoloji . 22 (6): 707–16. doi : 10.1038/nbt971 . PMID 15146197 . S2CID 27764390 .
Krześniak M, Butkiewicz D, Samojedny A, et al. (2005). "TDG ve MGMT genlerindeki polimorfizmler - Polonya'dan akciğer kanseri hastalarında epidemiyolojik ve fonksiyonel çalışma". Anne. Hımm. Genet . 68 (Pt 4): 300–12. doi : 10.1046/j.1529-8817.2004.00079.x . PMID 15225156 . S2CID 35293833 .
He YF, Li BZ, Li Z, Liu P, Wang Y, Tang Q, Ding J, Jia Y, Chen Z, Li L, Sun Y, Li X, Dai Q, Song CX, Zhang K, He C, Xu GL (Eylül 2011). "Memeli DNA'sında 5-karboksilsitosinin Tet aracılı oluşumu ve TDG tarafından eksizyon" . Bilim . 333 (6047): 1303–7. Bibcode : 2011Sci...333.1303H . doi : 10.1126/science.1210944 . PMC 3462231 . PMID 21817016 .
Zhang L, Lu X, Lu J, Liang H, Dai Q, Xu GL, Luo C, Jiang H, He C (Şubat 2012). "Timin DNA glikosilaz, 5-karboksilsitozin ile modifiye edilmiş DNA'yı spesifik olarak tanır" . Doğa Kimyasal Biyoloji . 8 (4): 328–30. doi : 10.1038/nchembio.914 . PMC 3307914 . PMID 22327402 .
Xu J, Cortellino S, Tricarico R, Chang WC, Scher G, Devarajan K, Slifker M, Moore R, Bassi MR, Caretti E, Clapper M, Cooper H, Bellacosa A (Eylül 2017). "Timin DNA Glikosilaz (TDG), azaltılmış APC ekspresyonu ile bağırsak tümörlerinin patogenezinde yer alır" . Oncotarget . 8 (52): 89988-899997. doi : 10.18632/oncotarget.21219 . PMC 5685726 . PMID 29163805 .

Languages

In other projects