Oku (biyoloji) - Read (biology)

İn DNA dizilemesi , bir okuma ve türetilmiş bir dizisidir baz çifti tek bir DNA fragmanının tamamı veya bir kısmına karşılık gelen (veya baz çifti olasılıkları). Tipik bir sıralama deneyi içerir parçalanma ebat bakımından seçilmiş ve moleküllerin milyonlarca içine genomun lige için adaptörler . Parça kümesine, bir dizi okuma üretmek için sıralanan bir sıralama kitaplığı denir.

Okuma uzunluğu

Sıralama teknolojileri, üretilen okumaların uzunluğuna göre değişir. 20-40 baz çifti (bp) uzunluğundaki okumalara ultra kısa denir. Tipik sıralayıcılar, 100-500 bp aralığında okuma uzunlukları üretir. Ancak, Pacific Biosciences platformları yaklaşık 1500 bp'lik okuma uzunlukları üretir. Okuma uzunluğu biyolojik çalışmaların sonuçlarını etkileyebilecek bir faktördür. Örneğin, daha uzun okuma uzunlukları, de novo genom derlemesinin çözünürlüğünü ve yapısal varyantların saptanmasını iyileştirir . Rutin de novo insan genom montajı için 100 kilobazdan (kb) daha büyük okuma uzunluklarının gerekli olacağı tahmin edilmektedir . Sıralama verilerini analiz etmek için biyoinformatik boru hatları genellikle okuma uzunluklarını hesaba katar.

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ "Sıralama kitaplığı: nedir?" . Breda Genetiği . 2016-08-12 . 23 Temmuz 2017'de alındı .
  2. ^ Chaisson, Mark J. (2009). "Kısa eş-eşleştirilmiş okumalarla De novo parça montajı: Okuma uzunluğu önemli mi?" . Genom Araştırması . 19 (2): 336-346. doi : 10.1101/gr.079053.108 . PMC  2652199 . PMID  19056694 . 23 Temmuz 2017'de alındı .
  3. ^ Junemann, Sebastian (2013). "Tezgah üstü sıralama performans karşılaştırmasının güncellenmesi" . Doğa Biyoteknolojisi . 31 (4): 294–296. doi : 10.1038/nbt.2522 . PMID  23563421 .
  4. ^ Bıldırcın, Michael A. (2012). "Üç yeni nesil sıralama platformunun hikayesi: Ion Torrent, Pacific Biosciences ve Illumina MiSeq sıralayıcıların karşılaştırılması" . BMC Genomik . 13 (1): 341. doi : 10.1186/1471-2164-13-341 . PMC  3431227 . PMID  22827831 .
  5. ^ Chhangawala, Sagar; Rudy, Gabe; Mason, Christopher E.; Rosenfeld, Jeffrey A. (23 Haziran 2015). "Okuma uzunluğunun diferansiyel olarak eksprese edilmiş genlerin nicelleştirilmesi ve ek bağlantı tespiti üzerindeki etkisi" . Genom Biyolojisi . 16 (1): 131. doi : 10.1186/s13059-015-0697-y . PMC  4531809 . PMID  26100517 .
  6. ^ Chaisson, Mark JP (2015). "Genetik varyasyon ve insan genomlarının de novo montajı" . Doğa İncelemeleri Genetik . 16 (11): 627-640. doi : 10.1038/nrg3933 . PMC  4745987 . PMID  26442640 .
  7. ^ Conesa, Ana; Madrigal, Pedro; Tarazona, Sonya; Gomez-Cabrero, David; Cervera, Alejandra; McPherson, Andrew; Szcześniak, Michał Wojciech; Gaffney, Daniel J.; Elo, Laura L.; Zhang, Xuegong; Mortazavi, Ali (26 Ocak 2016). "RNA-seq veri analizi için en iyi uygulamaların bir araştırması" . Genom Biyolojisi . 17 (1): 13. doi : 10.1186/s13059-016-0881-8 . PMC  4728800 . PMID  26813401 .