PubChem - PubChem

PubChem
PubChem logosu.svg
içerik
Açıklama Kimyasallar ve biyoanalizleri

Yakalanan veri türleri
dhsh
organizmalar İnsanlar ve diğer hayvanlar
İletişim
Araştırma Merkezi NCBI
Birincil alıntı PMID  15879180
Giriş
İnternet sitesi https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
URL'yi indir FTP
Web hizmeti URL'si PUG Görünümü
Çeşitli
Lisans Kamu malı

Pubchem bir olan veritabanı içinde kimyasal moleküller ve aleyhindeki faaliyetleri biyolojik tahliller . Sistem, Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Sağlık Enstitüleri'nin (NIH) bir parçası olan Ulusal Tıp Kütüphanesi'nin bir bileşeni olan Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI) tarafından sağlanmaktadır . PubChem'e bir web kullanıcı arayüzü aracılığıyla ücretsiz olarak erişilebilir . Milyonlarca bileşik yapı ve tanımlayıcı veri seti FTP aracılığıyla ücretsiz olarak indirilebilir . PubChem, çoklu madde açıklamaları ve 100'den az atom ve 1000 bağ içeren küçük moleküller içerir. 80'den fazla veritabanı satıcısı, büyüyen PubChem veritabanına katkıda bulunuyor.

veritabanları

PubChem, dinamik olarak büyüyen üç birincil veritabanından oluşur. 5 Kasım 2020 itibariyle (BioAssay sayısı değişmemiştir):

  • Bileşikler, 111 milyon giriş (2017'deki 94 milyon girişten), saf ve karakterize edilmiş kimyasal bileşikler içerir.
  • Maddeler, 293 milyon giriş (2017'de 236 ve Eylül 2014'te 163 milyon giriş), ayrıca karışımlar, özler , kompleksler ve karakterize edilmemiş maddeler içerir.
  • BioAssay, 1,25 milyon (Eylül 2014'te 6000 olan) biyoaktivite , birkaç milyon değer içeren yüksek verimli tarama programlarından kaynaklanmaktadır.

Aranıyor

Veritabanlarında kimyasal yapı, parça adı, kimyasal formül , moleküler ağırlık , XLogP ve hidrojen bağı donörü ve alıcı sayısı dahil olmak üzere çok çeşitli özellikler için arama yapmak mümkündür .

PubChem, yapıları ve parçaları aramak için tüm yaygın kimyasal dosya formatlarının içe ve dışa aktarılmasına izin veren SMILES /SMARTS ve InChI desteğine sahip kendi çevrimiçi molekül düzenleyicisini içerir .

Her isabet, eş anlamlılar, kimyasal özellikler, SMILES ve InChI dizileri dahil kimyasal yapı, biyoaktivite ve yapısal olarak ilgili bileşiklere ve PubMed gibi diğer NCBI veritabanlarına bağlantılar hakkında bilgi sağlar .

Metin arama formunda, arama terimine köşeli parantez içinde alan adı eklenerek veritabanı alanları aranabilir. Sayısal aralık, iki nokta üst üste ile ayrılmış iki sayı ile temsil edilir. Arama terimleri ve alan adları büyük/küçük harfe duyarlı değildir. Parantezler ve AND, OR ve NOT mantıksal operatörleri kullanılabilir. AND, operatör kullanılmıyorsa varsayılır.

Örnek ( Lipinski'nin Beş Kuralı ):

0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]

Tarih

PubChem 2004 yılında piyasaya sürüldü.

Veritabanı alanları


kimlik numaraları
Mevcut veritabanındaki kimlik numarası [UID]
Madde tanımlama numarası [SID]
Bileşik kimlik numarası [Müşteri Kimliği]
BioAssay kimlik numarası [BAID], [AID]

Genel
Herhangi bir veritabanı alanı [HERŞEY]
Yorum Yap [CMT]
ifade tarihi [DDAT], [DEPDAT]
Yatıranın harici kimliği [SRID], [SRCID]
Kaynak adı [SRC], [SRCNAM], [SRCNAME]
Kaynak yayın tarihi [SRD], [SRDAT], [RLSDAT]
Tıbbi Konu Başlığı (MeSH) terimi [MSHT], [MESHT]
MeSH ağaç düğümü [MSHN], [MESHN]
MeSH farmakolojik eylemler [PHMA], [PHARMA]

Madde özellikleri
Madde eş anlamlıları [SİNO]
IUPAC adı [UPAC], [IUPAC]
Uluslararası Kimyasal Tanımlayıcı (InChI) [İNÇ]
Moleküler ağırlık [MW], [MWT], [MOLWT]
Kimyasal elementler [ELMT], [EL]
Hidrojen olmayan atomlar [HAC], [HACNT]
izotop sayısı [IAC], [IACNT]
Toplam resmi ücret [TFC], [CHG], [CHRG]
kiral atom sayısı [ACC], [ACCNT]
Tanımlanmış kiral atom sayısı [ACDC], [ACDCNT]
Tanımsız kiral atom sayısı [ACUC], [ACUCNT]
Hidrojen bağı alıcı sayısı [HBAC], [HBACNT]
Hidrojen bağı donör sayısı [HBDC], [HBDCNT]
totomer sayısı [TC], [TCNT], [TTMC]
Dönebilen bağ sayısı [RBC], [RBCNT]
XLogP [XLGP], [LOGP]

Bileşik özellikler
Bileşik eş anlamlılar [CSYN], [CSYNO]
Bileşen sayısı [CC], [CCNT]
Kovalent birim (molekül) sayısı [CUC], [CUCNT]
Toplam biyoaktivite sayısı [TAC]

Ayrıca bakınız

  • Kimyasal veritabanı
    • CAS Common Chemistry - Amerikan Kimya Derneği tarafından yönetiliyor
    • Karşılaştırmalı Toksikogenomik Veritabanı - Kuzey Karolina Eyalet Üniversitesi tarafından yürütülmektedir
    • ChEMBL - Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü tarafından yürütülmektedir
    • ChemSpider - Birleşik Krallık Kraliyet Kimya Topluluğu tarafından yönetilmektedir
    • DrugBank - Alberta Üniversitesi tarafından yönetiliyor
    • IUPAC - İsviçre merkezli Uluslararası Temel ve Uygulamalı Kimya Birliği (IUPAC) tarafından yürütülmektedir.
    • Moltable - Hindistan Ulusal Kimya Laboratuvarı tarafından yürütülüyor
    • PubChem - ABD Ulusal Sağlık Enstitüsü tarafından yönetilmektedir
    • BindingDB - California Üniversitesi, San Diego tarafından yürütülür
    • SCRIPDB - Toronto Üniversitesi, Kanada tarafından yürütülür
    • Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI) - ABD Ulusal Sağlık Enstitüsü tarafından yönetilmektedir
    • Entrez - ABD Ulusal Sağlık Enstitüsü tarafından yönetilmektedir
    • GenBank - ABD Ulusal Sağlık Enstitüsü tarafından yönetilmektedir

Referanslar

Dış bağlantılar