metalloproteinaz - Metalloproteinase

Peptidaz_M48
tanımlayıcılar
Sembol Peptidaz_M48
Pfam PF01435
Pfam klanı CL0126
InterPro IPR001915
MEROPS M48
OPM süper ailesi 394
OPM proteini 4aw6
membran 317
Peptidaz_M50
tanımlayıcılar
Sembol Peptidaz_M50
Pfam PF02163
Pfam klanı CL0126
InterPro IPR008915
MEROPS M50
OPM süper ailesi 184
OPM proteini 3b4r

Bir metaloproteinaz ya da metaloproteaz , herhangi bir proteaz enzimi olan katalitik mekanizma içerir metal . Buna bir örnek, miyogenez olarak bilinen bir süreçte embriyo gelişimi sırasında kas hücrelerinin füzyonunda önemli bir rol oynayan ADAM12 olabilir .

Çoğu metaloproteaz çinko gerektirir , ancak bazıları kobalt kullanır . Metal iyonu , üç ligand aracılığıyla proteine koordine edilir . Metal iyonunu koordine eden ligandlar histidin , glutamat , aspartat , lisin ve arginin ile değişebilir . Dördüncü koordinasyon pozisyonu, kararsız bir su molekülü tarafından alınır .

EDTA gibi şelatlama ajanları ile tedavi, tam inaktivasyona yol açar. EDTA, aktivite için gerekli olan çinkoyu uzaklaştıran metal bir şelatördür. Ayrıca şelatör ortofenantrolin tarafından da inhibe edilirler .

sınıflandırma

Metalloproteinazların iki alt grubu vardır:

Gelen MEROPS veritabanı peptidaz ailelerin katalitik türüne göre gruplandırılmıştır, katalitik türü temsil eden birinci karakter A, aspartik; C, sistein ; G, glutamik asit; M, metallo; S, serin ; T, treonin ; ve U, bilinmiyor. Serin, treonin ve sistein peptidazları, amino asidi bir nükleofil olarak kullanır ve bir açil ara ürünü oluşturur - bu peptidazlar, kolaylıkla transferazlar olarak da hareket edebilirler . Aspartik, glutamik ve metalopeptidazlar söz konusu olduğunda, nükleofil, aktive edilmiş bir su molekülüdür . Birçok durumda, klanı veya aileyi karakterize eden yapısal protein kıvrımı , katalitik aktivitesini kaybetmiş olabilir, ancak protein tanıma ve bağlanmadaki işlevini sürdürebilir .

Metalloproteazlar, bugüne kadar sınıflandırılan 50'den fazla aile ile dört ana proteaz türünün en çeşitli olanıdır. Bu enzimlerde, genellikle çinko olan iki değerli bir katyon su molekülünü aktive eder. Metal iyonu , genellikle üç adet olan amino asit ligandları tarafından yerinde tutulur . Bilinen metal ligandlar histidin, glutamat, aspartat veya lisindir ve kataliz için elektrofilik bir rol oynayabilen en az bir başka kalıntı gereklidir. Bilinen metaloproteazların yaklaşık yarısı, kristalografik çalışmalarda metal bağlama bölgesinin bir parçasını oluşturduğu gösterilen bir HEXXH motifi içerir. HEXXH motifi nispeten yaygındır, ancak metalloproteazlar için 'abXHEbbHbc' olarak daha sıkı bir şekilde tanımlanabilir, burada 'a' çoğunlukla valin veya treonindir ve termolizin ve neprilisin içindeki S1 alt bölgesinin bir parçasını oluşturur , 'b' yüksüz bir kalıntıdır ve 'c' bir hidrofobik kalıntı . Prolin , muhtemelen metalloproteazlarda bu motif tarafından benimsenen sarmal yapıyı bozacağı için bu bölgede asla bulunmaz .

M48 ailesinden metallopeptidazlar, alt birim başına bir çinko iyonu bağlayan endoplazmik retikulum ve Golgi ile ilişkili bütünleyici zar proteinleridir . Bu endopeptidazlar , farnesillenmiş proteinlerin C-terminal üç kalıntısını proteolitik olarak uzaklaştıran CAAX prenil proteaz 1'i içerir .

Metalloproteinaz inhibitörleri, balık, kafadanbacaklılar, yumuşakçalar, algler ve bakteriler dahil olmak üzere çok sayıda deniz organizmasında bulunur.

M50 metallopeptidaz ailesinin üyeleri şunları içerir: memeli sterol düzenleyici element bağlayıcı protein (SREBP) site 2 proteaz ve Escherichia coli proteaz EcfE, aşama IV sporülasyon proteini FB.

Ayrıca bakınız

Referanslar

Dış bağlantılar

Bu makale, kamu malı Pfam ve InterPro'dan metin içermektedir : IPR008915