InterMine - InterMine
içerik | |
---|---|
Açıklama | Biyolojik verilerin entegrasyonu ve analiz için açık kaynak veri ambarı sistemi. |
Organizmalar | çeşitli |
Erişim | |
Web sitesi | http://www.intermine.org/ |
indirme URL | https://github.com/intermine/intermine |
Web hizmeti URL | http://iodocs.apps.intermine.org/ |
Çeşitli | |
Lisans | LGPL 2.1 |
Veri açma frekansı |
üç aylık |
versiyon | 1.6.6 |
bookmarkable kişiler |
Evet |
InterMine bir olan açık kaynak altında lisanslı veri ambarı sistemi, LGPL 2.1 . InterMine oluşturmak için kullanılır biyolojik verilerin veritabanları gelişmiş web sorgusu araçları tarafından erişilen. InterMine tek bir veri kümesinden veri tabanı oluşturmak için kullanılabilir ya da birden fazla veri kaynaklarına entegre edilebilmektedir. Destek birçok ortak biyolojik biçimleri için sağlanır ve diğer verileri eklemek için bir çerçeve yoktur. InterMine 'kutunun dışında' çalışır ve kolayca özelleştirilebilir bir kullanıcı dostu web arayüzü içerir.
InterMine kolay tek bir veri ambarına çoklu veri kaynaklarını entegre edilmesini sağlar. Bu dayanan bir çekirdek veri modeline sahip dizi ontoloji sysadmins gerekli olan organizmalar veya veri dosyaları yapılandırmak için izin birçok biyolojik veri formatları ve destekler. Yedi farklı dilde, bir web hizmeti API ile, müşterilerine, model verileri ve diğer verileri entegre etmek kolaydır ve bir XML formatı ithal özel verileri yardımcı olmak.
Aktif bir açık kaynak projesi olarak, InterMine bir tutar geliştirici posta listesi ve kapsamlı geliştirici ve kullanıcı dokümanlarına .
içindekiler
Desteklenen veri formatları
- Chado
- GFF3
- FAŞTA
- GO ve gen ilişki dosyaları
- UniProt XML
- PSI XML (protein etkileşimleri, Protein Yapısı Girişimi )
- InParanoid ortologlann
- Ensemble'da
Müşteriler
Web istemcileri kullanıcı çok az çaba ile programlama yoluyla verilere erişmek için, izin ve için kullanılabilir Perl , Python , Ruby , javascript , Java ve Ar . Veriler ayrıca aracılığıyla sorgulanabilir yerli Android uygulaması .
Web uygulaması
InterMine web uygulaması, özel biyoinformatik sorguları oluşturulmasına izin veren ( 'konserve' sorguları çalıştırmak için web formları) şablonu sorguları içerir. Kullanıcılar yükleyebilir ve veri listelerinde çalışabilir. / Yapılandırmak grafikleri ve zenginleştirme istatistikleri ile listeleri analiz etmek widget'lar oluşturmak mümkündür.
Bir yönetici kullanıcı, yeni şablon sorguları yayımlamak rapor sayfalarını değiştirmek ve herhangi bir programlama olmadan herhangi bir zamanda kamu listeleri oluşturabilirsiniz. web uygulaması birçok yönü yapılandırılmış ve markalı edilebilir.
Mevcut projeler (değil liste)
Projelerin bir yukarı güncel liste de görülebilir InterMine Sicil
- Jenerik Model Organizma Veritabanı
- modENCODE
- FlyMine
- HumanMine
- RatMine
- YeastMine
- TargetMine
- MitoMiner
- MouseMine
- ZebrafishMine
- WormMine
- INDIGO
- ThaleMine
- TargetMine
- PhytoMine
- MedicMine
- BovineMine
- HymenopteraMine
- SoyMine
- BeanMine
- ChickpeaMine
- LegumeMine
- PeanutMine
- Zedek
- Wheat3Bmine
- PlanMine
- GrapeMine
- RepetDB
- XenMine
- CHOMine