I-TASSER - I-TASSER

I-TASSER
Protein yapısı ve fonksiyon tahmini için I-TASSER boru hattı.
Protein yapısı ve fonksiyon tahmini için I-TASSER boru hattı.
Geliştirici (ler) Yang Zhang Laboratuvarı
İnternet sitesi zhanglab .ccmb .med .umich .edu / I-TASSER /

I-TASSER ( I terative T hreading ASSE'yi Civata R efinement) a, biyoinformatik amino asit sekanslarından protein moleküllerinin üç boyutlu yapısı, bir model tahmin etmek için bir yöntem. Protein Veri Bankasından yapı şablonlarını kat tanıma (veya diş açma ) adı verilen bir teknikle algılar . Tam uzunlukta yapı modelleri, replika değişim Monte Carlo simülasyonları kullanılarak diş açma şablonlarından yapısal parçaların yeniden birleştirilmesiyle oluşturulur . I-TASSER, topluluk çapında CASP deneylerinde en başarılı protein yapısı tahmin yöntemlerinden biridir .

I-TASSER, hedef proteinin yapısal modellerini protein fonksiyon veri tabanlarındaki bilinen proteinlerle yapısal olarak eşleştirerek ligand bağlanma bölgesi , gen ontolojisi ve enzim komisyonu hakkında açıklamalar sağlayan yapı bazlı protein fonksiyonu tahminleri için genişletilmiştir . Bu yerleşik bir on-line sunucusu olan Yang Zhang Lab at Michigan Üniversitesi , Ann Arbor kullanıcıları dizileri göndermek ve yapı ve fonksiyon tahminlerde elde edilmesine olanak sağlayarak,. Bağımsız bir I-TASSER paketi I-TASSER web sitesinde indirilebilir .

CASP sıralaması

I-TASSER ( 'Zhang Sunucu' olarak) sürekli olarak üst yöntemi olarak sıralanmış olan CASP , kıyaslama için bir topluluk çapında bir deney alanında iyi yapı tahmini yöntemleri, protein katlanması ve protein yapı tahmini . CASP, 1994'ten beri her iki yılda bir yapılmaktadır.

Yöntem ve boru hattı

I-TASSER, protein yapısı ve işlev tahmini için şablon tabanlı bir yöntemdir. Ardışık düzen altı ardışık adımdan oluşur:

  • 1, PSSpred tarafından ikincil yapı tahmini
  • 2, LOMETS tarafından Şablon tespiti
  • 3, Replika-değişim Monte Carlo simülasyonunu kullanarak parça yapısı montajı
  • 4, SPICKER kullanarak yapı tuzaklarını kümeleyerek model seçimi
  • 5, parça güdümlü moleküler dinamik simülasyon (FG-MD) veya ModRefiner ile atom düzeyinde yapı iyileştirme
  • 6, COACH tarafından Yapı tabanlı biyoloji işlevi açıklaması

Çevrimiçi Sunucu

I-TASSER sunucusu, kullanıcıların otomatik olarak protein yapısı ve işlev tahminleri oluşturmasına olanak tanır.

  • Giriş
    • Zorunlu:
      • 10 ila 1.500 kalıntı uzunluğunda amino asit dizisi
    • İsteğe bağlı (kullanıcı, I-TASSER modellemesine yardımcı olmak için isteğe bağlı olarak kısıtlamalar ve şablonlar sağlayabilir):
      • Kontak kısıtlamaları
      • Mesafe haritaları
      • Özel şablonların dahil edilmesi
      • Özel şablonların hariç tutulması
      • İkincil yapılar
  • Çıktı
    • Yapı tahmini:
      • İkincil yapı tahmini
      • Solvent erişilebilirlik tahmini
      • LOMETS'ten en iyi 10 diş açma hizalaması
      • En iyi 5 tam uzunlukta atom modeli (küme yoğunluğuna göre sıralanır)
      • PDB'deki tahmin edilen modellere yapısal olarak en yakın olan ilk 10 protein
      • Tahmin edilen modellerin tahmini doğruluğu (tüm modellerin bir güven puanı, ilk model için öngörülen TM puanı ve RMSD ve tüm modellerin kalıntı başına hatası dahil)
      • B faktörü tahmini
    • İşlev tahmini:
      • Enzim Sınıflandırması (EC) ve güven puanı
      • Gen Ontoloji (GO) terimleri ve güven puanı
      • Ligand bağlama siteleri ve güven puanı
      • Tahmin edilen ligand bağlama sitelerinin bir görüntüsü

Bağımsız Süit

I-TASSER Paketi, Yang Zhang Laboratuvarı tarafından protein yapısı tahmini ve iyileştirmesi ve yapı temelli protein işlevi ek açıklamaları için geliştirilen indirilebilir bir bağımsız bilgisayar programları paketidir. I-TASSER Lisansı aracılığıyla, araştırmacılar aşağıdaki bağımsız programlara erişebilirler:

  • I-TASSER: Protein 3B yapı tahmini ve iyileştirme için bağımsız bir I-TASSER paketi.
  • COACH: COFACTOR, TM-SITE ve S-SITE tabanlı bir işlev açıklama programı.
  • COFACTOR: Ligand bağlama bölgesi, EC numarası ve GO terim tahmini için bir program.
  • TM-SITE: Ligand bağlama sahası tahmini için yapı bazlı bir yaklaşım.
  • S-SITE: Ligand bağlama sahası tahmini için sekans bazlı bir yaklaşım.
  • LOMETLER: Meta sunucu protein katlama tanıma için yerel olarak yüklenmiş bir dizi iş parçacığı programları.
  • MUSTER: Gereksiz protein yapısı kitaplığından şablonları tanımlamak için bir iş parçacığı programı.
  • SPICKER: Yapı tuzaklarından neredeyse doğal protein modelini belirlemek için bir kümeleme programı.
  • HAAD: Protein ağır atom yapılarına hızlı bir şekilde hidrojen atomları eklemek için bir program.
  • EDTSurf: Protein moleküllerinin üçgen yüzeylerini oluşturmak için bir program.
  • ModRefiner: C-alfa izlerinden atom düzeyinde protein modellerini oluşturmak ve iyileştirmek için bir program.
  • NW-align: Needleman-Wunsch algoritması ile protein dizisinden diziye hizalamalar için sağlam bir program .
  • PSSpred: Protein ikincil yapı tahmini için oldukça hassas bir program.
  • Kitaplık: I-TASSER yapısal ve işlevsel şablon kitaplığı haftalık olarak güncellenir ve I-TASSER kullanıcıları tarafından ücretsiz olarak erişilebilir.

Yardım belgeleri

  • I-TASSER Suite'in nasıl indirilip kurulacağına dair talimat README.txt adresinde bulunabilir .

Referanslar

Dış bağlantılar