I-TASSER - I-TASSER
Protein yapısı ve fonksiyon tahmini için I-TASSER boru hattı.
| |
Geliştirici (ler) | Yang Zhang Laboratuvarı |
---|---|
İnternet sitesi | zhanglab |
I-TASSER ( I terative T hreading ASSE'yi Civata R efinement) a, biyoinformatik amino asit sekanslarından protein moleküllerinin üç boyutlu yapısı, bir model tahmin etmek için bir yöntem. Protein Veri Bankasından yapı şablonlarını kat tanıma (veya diş açma ) adı verilen bir teknikle algılar . Tam uzunlukta yapı modelleri, replika değişim Monte Carlo simülasyonları kullanılarak diş açma şablonlarından yapısal parçaların yeniden birleştirilmesiyle oluşturulur . I-TASSER, topluluk çapında CASP deneylerinde en başarılı protein yapısı tahmin yöntemlerinden biridir .
I-TASSER, hedef proteinin yapısal modellerini protein fonksiyon veri tabanlarındaki bilinen proteinlerle yapısal olarak eşleştirerek ligand bağlanma bölgesi , gen ontolojisi ve enzim komisyonu hakkında açıklamalar sağlayan yapı bazlı protein fonksiyonu tahminleri için genişletilmiştir . Bu yerleşik bir on-line sunucusu olan Yang Zhang Lab at Michigan Üniversitesi , Ann Arbor kullanıcıları dizileri göndermek ve yapı ve fonksiyon tahminlerde elde edilmesine olanak sağlayarak,. Bağımsız bir I-TASSER paketi I-TASSER web sitesinde indirilebilir .
CASP sıralaması
I-TASSER ( 'Zhang Sunucu' olarak) sürekli olarak üst yöntemi olarak sıralanmış olan CASP , kıyaslama için bir topluluk çapında bir deney alanında iyi yapı tahmini yöntemleri, protein katlanması ve protein yapı tahmini . CASP, 1994'ten beri her iki yılda bir yapılmaktadır.
- CASP7'de 1 numara (2006)
- CASP8'de 1 Numara (2008): Resmi CASP8 sıralaması (164 hedef)
- CASP9'da No 2 (2010): Resmi CASP9 sıralaması (147 hedef)
- CASP10'da 1 numara (2012): Resmi CASP10 sıralaması (127 hedef)
- CASP11'de 1 numara (2014): Resmi CASP11 sıralaması (126 hedef)
- CASP12'de 1 numara (2016): Resmi CASP12 sıralaması (96 hedef)
- CASP13'te 1 numara (2018): Resmi CASP13 sıralaması (112 hedef)
- CASP14'te 1 numara (2020): Resmi CASP14 sıralaması (96 hedef)
Yöntem ve boru hattı
I-TASSER, protein yapısı ve işlev tahmini için şablon tabanlı bir yöntemdir. Ardışık düzen altı ardışık adımdan oluşur:
- 1, PSSpred tarafından ikincil yapı tahmini
- 2, LOMETS tarafından Şablon tespiti
- 3, Replika-değişim Monte Carlo simülasyonunu kullanarak parça yapısı montajı
- 4, SPICKER kullanarak yapı tuzaklarını kümeleyerek model seçimi
- 5, parça güdümlü moleküler dinamik simülasyon (FG-MD) veya ModRefiner ile atom düzeyinde yapı iyileştirme
- 6, COACH tarafından Yapı tabanlı biyoloji işlevi açıklaması
Çevrimiçi Sunucu
I-TASSER sunucusu, kullanıcıların otomatik olarak protein yapısı ve işlev tahminleri oluşturmasına olanak tanır.
- Giriş
- Zorunlu:
- 10 ila 1.500 kalıntı uzunluğunda amino asit dizisi
- İsteğe bağlı (kullanıcı, I-TASSER modellemesine yardımcı olmak için isteğe bağlı olarak kısıtlamalar ve şablonlar sağlayabilir):
- Kontak kısıtlamaları
- Mesafe haritaları
- Özel şablonların dahil edilmesi
- Özel şablonların hariç tutulması
- İkincil yapılar
- Zorunlu:
- Çıktı
- Yapı tahmini:
- İkincil yapı tahmini
- Solvent erişilebilirlik tahmini
- LOMETS'ten en iyi 10 diş açma hizalaması
- En iyi 5 tam uzunlukta atom modeli (küme yoğunluğuna göre sıralanır)
- PDB'deki tahmin edilen modellere yapısal olarak en yakın olan ilk 10 protein
- Tahmin edilen modellerin tahmini doğruluğu (tüm modellerin bir güven puanı, ilk model için öngörülen TM puanı ve RMSD ve tüm modellerin kalıntı başına hatası dahil)
- B faktörü tahmini
- İşlev tahmini:
- Enzim Sınıflandırması (EC) ve güven puanı
- Gen Ontoloji (GO) terimleri ve güven puanı
- Ligand bağlama siteleri ve güven puanı
- Tahmin edilen ligand bağlama sitelerinin bir görüntüsü
- Yapı tahmini:
Bağımsız Süit
I-TASSER Paketi, Yang Zhang Laboratuvarı tarafından protein yapısı tahmini ve iyileştirmesi ve yapı temelli protein işlevi ek açıklamaları için geliştirilen indirilebilir bir bağımsız bilgisayar programları paketidir. I-TASSER Lisansı aracılığıyla, araştırmacılar aşağıdaki bağımsız programlara erişebilirler:
- I-TASSER: Protein 3B yapı tahmini ve iyileştirme için bağımsız bir I-TASSER paketi.
- COACH: COFACTOR, TM-SITE ve S-SITE tabanlı bir işlev açıklama programı.
- COFACTOR: Ligand bağlama bölgesi, EC numarası ve GO terim tahmini için bir program.
- TM-SITE: Ligand bağlama sahası tahmini için yapı bazlı bir yaklaşım.
- S-SITE: Ligand bağlama sahası tahmini için sekans bazlı bir yaklaşım.
- LOMETLER: Meta sunucu protein katlama tanıma için yerel olarak yüklenmiş bir dizi iş parçacığı programları.
- MUSTER: Gereksiz protein yapısı kitaplığından şablonları tanımlamak için bir iş parçacığı programı.
- SPICKER: Yapı tuzaklarından neredeyse doğal protein modelini belirlemek için bir kümeleme programı.
- HAAD: Protein ağır atom yapılarına hızlı bir şekilde hidrojen atomları eklemek için bir program.
- EDTSurf: Protein moleküllerinin üçgen yüzeylerini oluşturmak için bir program.
- ModRefiner: C-alfa izlerinden atom düzeyinde protein modellerini oluşturmak ve iyileştirmek için bir program.
- NW-align: Needleman-Wunsch algoritması ile protein dizisinden diziye hizalamalar için sağlam bir program .
- PSSpred: Protein ikincil yapı tahmini için oldukça hassas bir program.
- Kitaplık: I-TASSER yapısal ve işlevsel şablon kitaplığı haftalık olarak güncellenir ve I-TASSER kullanıcıları tarafından ücretsiz olarak erişilebilir.
Yardım belgeleri
- I-TASSER Suite'in nasıl indirilip kurulacağına dair talimat README.txt adresinde bulunabilir .