Genetik işaretleyici - Genetic marker
Bir genetik markör a, gen ya da DNA dizisi, bir üzerindeki bilinen bir yere sahip kromozom bireyler veya belirlemek için kullanılabilir türleri . Gözlenebilen bir varyasyon (genomik lokuslardaki mutasyon veya değişiklik nedeniyle ortaya çıkabilecek) olarak tanımlanabilir. Genetik bir işaretleyici, tek bir baz çifti değişikliğini ( tek nükleotid polimorfizmi , SNP) çevreleyen bir dizi gibi kısa bir DNA dizisi veya mini uydular gibi uzun bir DNA dizisi olabilir .
Arka fon
Uzun yıllar boyunca, gen haritalama , organizmaları geleneksel fenotip belirteçleriyle tanımlamakla sınırlıydı. Bu, kan türleri veya tohum şekilleri gibi kolayca gözlemlenebilir özellikleri kodlayan genleri içeriyordu. Çeşitli organizmalarda bu tip özelliklerin yetersiz sayıda olması, yapılabilecek haritalama çabalarını sınırladı. Bu, organizmalarda kolayca gözlemlenemeyen (protein varyasyonu gibi) genetik özellikleri tanımlayabilen gen belirteçlerinin geliştirilmesine yol açtı.
Türler
Yaygın olarak kullanılan bazı genetik belirteç türleri şunlardır:
- RFLP (veya Kısıtlama parçası uzunluk polimorfizmi )
- SSLP (veya Basit dizi uzunluğu polimorfizmi )
- AFLP (veya Amplifiye fragman uzunluğu polimorfizmi )
- RAPD (veya polimorfik DNA'nın Rastgele amplifikasyonu )
- VNTR (veya Değişken numara tandem tekrarı )
- SSR Mikrosatellit polimorfizmi, (veya Basit dizi tekrarı )
- SNP (veya Tek nükleotid polimorfizmi )
- STR (veya Kısa tandem tekrarı )
- SFP (veya Tek özellik polimorfizmi )
- DArT (veya Çeşitlilik Dizileri Teknolojisi )
- RAD belirteçleri (veya Kısıtlama bölgesi ile ilişkili DNA belirteçleri )
Moleküler genetik belirteçler iki sınıfa ayrılabilir: a) proteinlerdeki ve amino asitlerdeki değişiklikler gibi gen ürünü düzeyindeki varyasyonu saptayan biyokimyasal işaretleyiciler ve b) nükleotid değişiklikleri gibi DNA düzeyindeki varyasyonu saptayan moleküler işaretleyiciler: silme, çoğaltma, ters çevirme ve/veya yerleştirme. İşaretçiler iki tür kalıtım sergileyebilir, yani baskın/çekinik veya eş baskın. Homo zigotların genetik yapısı heterozigotlarınkinden ayırt edilebiliyorsa, o zaman bir işaretçinin eş baskın olduğu söylenir. Genellikle ortak baskın belirteçler, baskın belirteçlerden daha bilgilendiricidir.
kullanır
Genetik belirteçler, kalıtsal bir hastalık ile onun genetik nedeni arasındaki ilişkiyi incelemek için kullanılabilir (örneğin, kusurlu bir proteinle sonuçlanan bir genin belirli bir mutasyonu ). Bir kromozom üzerinde birbirine yakın olan DNA parçalarının birlikte kalıtılma eğiliminde olduğu bilinmektedir. Bu özellik, daha sonra henüz tam olarak lokalize edilmemiş olan genin kesin kalıtım modelini belirlemek için kullanılabilecek bir işaretleyicinin kullanılmasını sağlar.
Genetik belirteçler, bireyler veya popülasyonlar arasındaki genetik mesafeyi belirlemek için genetik şecere için soy DNA testinde kullanılır . Tek ebeveynli belirteçler ( mitokondriyal veya Y kromozomal DNA'sı üzerinde), anne veya baba soylarını değerlendirmek için incelenir . Otozomal belirteçler tüm soylar için kullanılır.
Genetik belirteçler kolayca tanımlanabilir, belirli bir lokusla ilişkili ve yüksek oranda polimorfik olmalıdır , çünkü homozigotlar herhangi bir bilgi sağlamaz. İşaretçinin tespiti, RNA dizilimi ile doğrudan veya allozimler kullanılarak dolaylı olabilir .
Genom veya filogenetiği incelemek için kullanılan yöntemlerden bazıları RFLP, AFLP, RAPD, SSR'dir. Çalışılan organizma ne olursa olsun genetik haritalar oluşturmak için kullanılabilirler.
CTVT'nin ( köpek bulaşıcı zührevi tümör ) bulaşıcı ajanının ne olduğu konusunda bir tartışma vardı. Birçok araştırmacı, virüs benzeri parçacıkların hücreyi dönüştürmekten sorumlu olduğunu varsayarken, diğerleri hücrenin kendisinin bir allogreft olarak diğer köpekleri enfekte edebildiğini düşündü . Genetik belirteçlerin yardımıyla araştırmacılar, kanserli tümör hücresinin bulaşıcı bir parazite dönüştüğüne dair kesin kanıtlar sunmayı başardılar. Ayrıca, moleküler genetik belirteçler, doğal bulaşma, köken cinsi ( filogenetik ) ve köpek tümörünün yaşı sorununu çözmek için kullanıldı .
Genetik belirteçler, besi hayvanlarında seleksiyona verilen genomik yanıtı ölçmek için de kullanılmıştır. Doğal ve yapay seçilim, hücrenin genetik yapısında bir değişikliğe yol açar. Genetik belirteçlerde bozulmuş bir ayrım nedeniyle farklı alellerin varlığı, seçilmiş ve seçilmemiş çiftlik hayvanları arasındaki farkın göstergesidir.
Ayrıca bakınız
Referanslar
daha fazla okuma
- de Vicente C, Fulton T (2003). Moleküler Marker Öğrenme Modülleri – Cilt. 1 . IPGRI, Roma, İtalya ve Genetik Çeşitlilik Enstitüsü, Ithaca, New York, ABD.
- de Vicente C, Fulton T (2004). Moleküler Marker Öğrenme Modülleri – Cilt. 2 . IPGRI, Roma, İtalya ve Genetik Çeşitlilik Enstitüsü, Ithaca, New York, ABD.
- de Vicente C, Glaszmann JC (2006). Allel Madenciliği için Moleküler İşaretleyiciler . AMS (Bioversity'nin Amerika Kıtası Bölge Ofisi), CIRAD, GCP, IPGRI, MS Swaminathan Araştırma Vakfı. P. Dan 85. Arşivlenmiş orijinal 2007-12-04 tarihinde . 2007-12-12 alındı .
- Spooner D, van Treuren R, de Vicente MC (2005). Gen bankası yönetimi için moleküler belirteçler . CGN, IPGRI, USDA. P. 126. Arşivlenmiş orijinal 2008-05-03 tarihinde . 2007-12-12 alındı .
Dış bağlantılar
Wikimedia Commons'ta Genetik belirteçlerle ilgili medya