G proteinine bağlı reseptörler veritabanı - G protein-coupled receptors database

GPCRDB
Favicon-152.png
İçerik
Açıklama G proteinine bağlı reseptör verileri, web araçları ve diyagramları

Yakalanan veri türleri 		Yapılar, mutantlar, diziler
İletişim
Araştırma Merkezi Kopenhag Üniversitesi
Yazarlar Vignir Isberg, Bas Vrolin, Gert Vriend, David Gloriam ve diğerleri.
Birincil alıntı Pandy-Szekeres G, Munk C, Tsonkov TM, Mordalski S, Harpsoe K, Hauser AS, Bojarski AJ, Gloriam DE.
Yayın tarihi 1993
Giriş
İnternet sitesi https://www.gpcrdb.org
Web hizmeti URL'si https://gpcrdb.org/services/
Çeşitli
Kürasyon politikası Manuel ve deneysel verilerden türetilmiş

GPCRdb veritabanı için seçilmiş ana veri deposudur G-protein bağlı reseptörler (GPCR'ler). GPCR analizi için çeşitli web araçlarını ve diyagramlarını entegre eder ve PDB ( Protein Veri Bankası ) aracılığıyla kullanıma sunulan tüm GPCR kristal yapılarının manuel açıklamalarını depolar , en büyük alıcı mutant koleksiyonlarına ve referans dizisi hizalamalarına sahiptir. GPCRdb'nin ana sayfasında bulunan bir dizi araç, yapıları, sekans benzerliklerini, reseptör ilişkilerini, homoloji modellerini, ilaç eğilimlerini, genetik varyantları ve ligand hedef profillerini analiz etmek için web tarayıcısında çalıştırılabilir. Diyagramlar, reseptör dizilerini (yılan grafikleri ve sarmal kutu diyagramlarını kullanarak) ve ilişkileri (filogenetik ağaçlar) gösterir.

Arka plan ve geliştirme

GPCRdb'nin yaratıcılarından biri olan Gert Vriend'e göre kaynak şu şekilde başladı:

"GPCRdb, 90'ların başında Bob Bywater, Ad IJzerman, Friedrich Rippmann ve Gert Vriend'in EMBL'de bir dizi küçük GPCR atölyesi düzenlediği zaman başladı. İlk tarayıcıların tanıtımından önce, GPCRdb otomatik bir E-posta yanıtlama sistemi olarak çalıştı Bu, kullanıcılara diziler, hizalamalar ve homoloji modelleri gönderebilir. 1994'te internet bugünkü haliyle sağlam bir şekilde kuruldu ve GPCRdb'yi kurmak için dördüncü AB çerçevesinden para elde edildi. Florence Horn bu projeyi yapmak için bize katıldı. Dört yıllık bir post-doc döneminin sonunda bizi terk ettiğinde GPCRdb, GPCR verileri için ana bilgi kaynağı olarak kesin bir şekilde yerleşmişti. "

Yirmi yıldan fazla bir süredir GPCRdb, verileri depolayan ve analiz eden kapsamlı bir bilgi sistemi haline geldi. 2013 yılında, GPCRdb'nin yönetimi, ' GLISTEN ' adlı bir AB MALİYET Eyleminden uluslararası bir katkıda bulunanlar ve geliştiriciler ekibi tarafından desteklenen, Kopenhag Üniversitesi'ndeki David Gloriam'ın grubuna devredildi . GPCRdb, GPCR işlevini, ilaç tasarımını veya evrimini araştıran çok disiplinli bir kitle için referans verileri ve kullanımı kolay web araçları ve diyagramları sunar ve Avrupa Sinyal İletimi Araştırma Ağı'na (' ERNEST ') aktif olarak katılır .

İçerik ve özellikler

GPCRdb'nin ana özelliklerine görsel bir genel bakış gpcrdb.org adresinden görülebilir .

GPCRdb göz atma sistemi, en alakalı kategoriler üzerine yapılandırılmıştır:

  • GPCRdb
  • Reseptörler
  • G Proteinler
  • B-Tutuklamalar
  • Önyargılı Sinyalleşme
  • Ligandlar
  • İlaçlar
  • Yapı İnşaatları
  • Eğitimler, atölyeler ve kullanım belgeleri.

Kategoriler altında, özel veriler ve araçlar için alt bölümler bulunabilir.

Gelecekteki yönlendirmeler

Sırasıyla Avrupa Araştırma Komisyonu ve Lundbeck Vakfı tarafından finanse edilen iki öksüz GPCR projesinin bir parçası olarak , GPCRdb, endojen ve vekil GPCR ligandlarının tanımlanması için verileri biriktirecek ve hesaplama araçları geliştirecektir. GPCRdb, GPCR yapısı, işlevi ve ligand tasarımından büyümeyi ve yeni ilerleme sağlamayı amaçlamaktadır. GuideToPharmacology veri tabanına çapraz bağlanır ve resmi NC-IUPHAR reseptör isimlendirme terminolojisini benimsemiştir, GPCR sunucuları ile alışverişi vardır ve ayrıca yakın zamanda eşi benzeri görülmemiş sayıda kristal yapı oluşturmak için kurulan GPCR Konsorsiyumunun bir parçası haline gelmiştir . Akademik ve endüstriyel gruplar memnuniyetle karşılanır ve ortak geliştirme veya veri biriktirme önerileriyle GPCRdb ile iletişime geçmeye teşvik edilir.

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ Pandy-Szekeres, Gaspar; Munk, Christian; Tsonkov, Tsonko; Mordalski, Stefan; Harpsoe, Kasper; Hauser, Alexander; Bojarski, Andrzej; Gloriam, David (2017-11-16). "2018'de GPCRdb: GPCR yapı modelleri ve ligandları ekleme" . Nükleik Asitler Araştırması . 46 (D1): D440 – D446. doi : 10.1093 / nar / gkx1109 . PMC 5753179 . PMID 29155946 .   
  2. ^ "Teşekkür - GPCRdb 3 belgeleri" . docs.gpcrdb.org . Erişim tarihi: 2020-08-05 .
  3. ^ Isberg, Vignir; Graaf, Chris de; Bortolato, Andrea; Cherezov, Vadim; Katritch, Vsevolod; Marshall, Fiona H .; Mordalski, Stefan; Pin, Jean-Philippe; Stevens, Raymond C. (2015-01-01). "Genel GPCR kalıntı numaraları - boşluklara dikkat ederken topoloji haritalarını hizalama" . Farmakolojik Bilimlerdeki Eğilimler . 36 (1): 22–31. doi : 10.1016 / j.tips.2014.11.001 . PMC   4408928 . PMID   25541108 .
  4. ^ Hauser, Alexander S .; Chavali, Sreenivas; Masuho, Ikuo; Jahn, Leonie J .; Martemyanov, Kirill A .; Gloriam, David E .; Babu, M. Madan (2018). "GPCR İlaç Hedeflerinin Farmakogenomiği" . Hücre . 172 (1–2): 41–54.e19. doi : 10.1016 / j.cell.2017.11.033 . PMC   5766829 . PMID   29249361 .
  5. ^ Flock, Tilman; Hauser, Alexander S .; Lund, Nadia; Gloriam, David E .; Balaji, Santhanam; Babu, M. Madan (Mayıs 2017). "GPCR-G-protein bağlanmasının seçicilik belirleyicileri" . Doğa . 545 (7654): 317–322. Bibcode : 2017Natur.545..317F . doi : 10.1038 / nature22070 . ISSN   1476-4687 . PMC   5846738 . PMID   28489817 .
  6. ^ Pándy-Szekeres, Gáspár; Munk, Christian; Tsonkov, Tsonko M .; Mordalski, Stefan; Harpsøe, Kasper; Hauser, Alexander S .; Bojarski, Andrzej J .; Gloriam, David E. (2018). "2018'de GPCRdb: GPCR yapı modelleri ve ligandları ekleme" . Nükleik Asitler Araştırması . 46 (D1): D440 – D446. doi : 10.1093 / nar / gkx1109 . PMC   5753179 . PMID   29155946 .
  7. ^ Hauser, Alexander S .; Attwood, Misty M .; Rask-Andersen, Mathias; Schiöth, Helgi B .; Gloriam, David E. (Aralık 2017). "GPCR ilaç keşfinde trendler: yeni ajanlar, hedefler ve endikasyonlar" . Doğa İncelemeleri İlaç Keşfi . 16 (12): 829–842. doi : 10.1038 / nrd.2017.178 . ISSN   1474-1784 . PMC   6882681 . PMID   29075003 .

Dış bağlantılar