GISAID - GISAID

GISAID Girişimi
Resmi GISAID logosu
Kısaltma GISAID
oluşum Mayıs 2008 ; 13 yıl önce ( Mayıs 2008 )
Tip Kar amacı gütmeyen kuruluş
Kamu-özel ortaklığı
Amaç Küresel sağlık , araştırma , eğitim
Merkez Münih , Almanya
hizmet alanı
Dünya çapında
Yöntem Bağışlar ve hibeler
Kilit kişiler
İnternet sitesi gisaid.org

GISAID , grip virüslerinin ve COVID-19 pandemisinden sorumlu koronavirüsün genomik verilerine açık erişim sağlayan, 2008 yılında kurulmuş küresel bir bilim girişimi ve birincil kaynaktır . 10 Ocak 2020'de SARS-CoV-2'nin ilk tam genom dizileri GISAID'de kullanıma sunuldu ve bu, SARS-CoV-2'yi tespit etmek için ilk aşıların ve tanı testlerinin geliştirilmesi de dahil olmak üzere pandemiye küresel tepkiler verilmesini sağladı. GISAID, gezegen genelinde yeni COVID-19 viral suşlarının ortaya çıkışını izlemek için genomik epidemiyolojiyi ve gerçek zamanlı gözetimi kolaylaştırır.

Geleneksel halk alanlı arşivleri aracılığıyla kuş gribi verileri paylaşarak alternatif olarak kuruluşundan bu yana, GISAID sırasında salgın verilerinin hızlı alışverişini teşvik etme için kabul edilmiştir H1N1 salgınının 2009 yılında, H7N9 2013 yılında salgın ve COVID-19 pandemik 2020 yılında .

GISAID, 2017'de G20 sağlık bakanları tarafından küresel sağlığa olan önemi nedeniyle tanındı ve 2020'de Dünya Sağlık Örgütü baş bilim adamı, veri bilimi girişimini "oyun değiştirici" olarak nitelendirdi.

Menşei

Kısaltması GISAID dergi yayınlanan bir yazışma mektupta ilk söz bulundu Nature ileri bir "yaratmak bir başlangıç aspirasyonu koyarak, 2006 yılında konsorsiyum yeni için" G lobal ben üzerinde nitiative S haring Bir Vian ben nfluenza D sayede üyelerinin olur, ata verileri analiz ve doğrulamadan sonra altı aya kadar kamuya açık veritabanlarında yayınlayın.

Açık havada poz veren bir toplantıda bir grup bilim adamı
GISAID Yeni Nesil Dizileme Çalıştayı ( Institute Pasteur , Paris 2015)

Paylaşım için temel hiçbir temel kural belirlenmemiş olsa da, yazışma mektubu, yedi Nobel ödüllü dahil olmak üzere 70'in üzerinde önde gelen bilim insanı tarafından imzalandı , çünkü yüksek derecede patojenik H5N1 zoonotik virüsü için en güncel genetik verilere erişim , kısmen, kısmen nedeniyle kısıtlıydı. Dünya Sağlık Örgütü üye devletlerinin virüs genomlarını paylaşma ve mülkiyet haklarını riske atma konusundaki tereddütleri .

Hükümetler ve araştırmacılar arasında GISAID paylaşım mekanizmasının gerçek kuralları üzerinde uluslararası bir fikir birliğine varılması 18 ay daha alacaktı. Böylece GISAID, Mayıs 2008'de Cenevre'de 61. Dünya Sağlık Asamblesi vesilesiyle, üyelik gerektiren bir konsorsiyumdan ziyade halka açık bir veri tabanı olarak resmen faaliyete geçmiştir .

Yaklaşmak

Veri depolayanları teşvik etmeye ve tanımaya yönelik GISAID modeli, gelecekteki girişimler için bir model olarak önerilmiştir. Daha fazla şeffaflık ve dizi verilerinin daha zamanında paylaşılması, hem birçok araştırmacının hem de paydaşların hedefi olmuştur. GISAID platformu, veterinerlik , beşeri tıp , biyoinformatik , epidemiyoloji ve fikri mülkiyet alanlarında liderlerle birlikte ulusal sınırları ve bilimsel disiplinleri kapsar . Bu disiplinler arası çaba, her disiplinin farklı ilgi alanlarına sahip olduğu ve aynı zamanda benzer hedefleri paylaştığı için bilgi iletmek ve paylaşmak için yeni araçlar sağlar. Girişim, veri gönderenlere kredi verecek ve onlarla çalışmak ve onları viral dizi verileri üzerinde işbirlikçi analizlere dahil etmek için büyük çaba sarf eden ve "ölçekleri işbirliği lehine daha da deviren" bir şekilde bir araya geldi. Yalnızca verileri değil, aynı zamanda ortaya çıkan araştırmanın faydalarını da paylaşma kavramı, daha yüksek ve daha düşük kaynak ortamlarından katkıda bulunanları daha eşit bir temele yerleştiren bir "paradigma kaymasını" temsil ediyordu.

Tarih

Peter Bogner, Robert Kloos ile el sıkışıyor
GISAID Başkanı Peter Bogner (l) ve Almanya Dışişleri Bakanı Robert Kloos ile resmi imza töreni Kaynak: BMELV ( Berlin , Nisan 2010)

GISAID Girişimi, başlangıçta, kurucusu ve ana kolaylaştırıcısı olarak hizmet veren, stratejik bir danışman ve uluslararası yayın yöneticisi olan Peter Bogner tarafından finanse edildi. Bogner, bilimsel verileri ve sonuçları hızla paylaşarak bu potansiyel insan salgınının anlaşılmasını hızlandırmaya aktif olarak bağlı dünyanın önde gelen bilim insanlarını ve paydaşlarını bir araya getirerek bu platformun oluşturulmasına yön veriyor. Ocak 2006'da, Bogner ile bir araya İç Güvenlik ABD Dışişleri Michael Chertoff de Dünya Ekonomik Forumu yılında Davos , İsviçre'de ve grip salgınının potansiyeli ilişki kurma konusunda ABD hükümetinin hazırlık kavramı hakkında söylendi. Pandemi senaryosu ile ilgili endişeler arttı.

Kasım 2006'da, Girişimi hem onayını aldı The Royal Derneği ve Tıp Bilimleri Akademisi . Şubat 2007'de, GISAID ve influenza virüsü suşları üzerindeki GISAID Veritabanını yönetmek için bir İsviçre konsorsiyumuna liderlik eden İsviçre Biyoinformatik Enstitüsü'nün bir işbirliği anlaşması imzaladığı açıklandı. Bu anlaşma uyarınca, Cenevre merkezli enstitü, genetik, epidemiyolojik ve klinik verilerin güvenli bir şekilde saklanması ve analizi için hizmetler sunacaktı.

Ocak 2007'de Endonezya, tüm H5N1 klinik örneklerini DSÖ ile paylaşmayı durdurdu. Mart 2007'de, Siti Fadilah Supari , Sağlık Endonezya'nın Bakan, Endonezya hükümeti destekleri WHO toplantı yapılacak üst düzey aşağıdaki Paylaşımı Kuş Gribi Veritabanı (GISAID) Küresel Girişimi oluşumunu açıkladı Jakarta üzerinde Paylaşımı Kuş Gribi Virüsleri Sorumlu Uygulamalarına. Nisan 2007'de, Endonezya Bilimler Akademisi , kuş gribi ve ortaya çıkan bulaşıcı hastalıklar hakkında ücretsiz bilgi alışverişi ve sorumlu bilgi paylaşımı konusunda aynı idealleri paylaştığını belirterek GISAID'i onayladığını yeniden teyit etti.

2008 yılında GISAID, DSÖ Küresel Grip Sürveyans ve Müdahale Sistemindeki Ulusal Grip Merkezlerinden (NIC'ler) alınan örneklerden dizi verilerinin girilmesi için “WHO Grip için İşbirliği Merkezleri” tarafından kabul edilmiştir .

Nisan 2010'da, Almanya Federal Cumhuriyeti sırasında ilan Kuş ve Grip Salgını 7. Uluslararası Bakanlar Konferansı yılında Hanoi , Vietnam GISAID Girişimi GISAID uzun vadeli konak Almanya yapım Alman hükümeti ile işbirliği anlaşması yapmıştır ki platform. Anlaşmaya göre, Federal Gıda, Tarım ve Tüketiciyi Koruma Bakanlığı BMELV tarafından temsil edilen Almanya, Federal Tarım ve Gıda Dairesi (BLE) aracılığıyla GISAID platformunun ve EpiFlu'nun teknik barındırma olanaklarını sağlayarak girişimin sürdürülebilirliğini sağlayacak. ™ veritabanı, Bonn'da bulunur . İçin Almanya Federal Enstitüsü Hayvan Sağlığı Friedrich Loeffler Enstitüsü üzerinde bulunan (FLI) Riems Isle , inandırıcılık ve sağlayacaktır korunmasıyla bilimsel standartları karşılamak için GISAID bilimsel verilerin.

10 Ocak 2020'de ilk SARS-CoV-2 genetik dizileri Çin Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi tarafından serbest bırakıldı ve GISAID aracılığıyla paylaşıldı. 2020 boyunca, dünyanın her yerinden örneklenen ve analiz edilen büyük hacimli SARS-CoV-2 genom dizileri, dünyanın dört bir yanındaki laboratuvarlar tarafından hızla paylaşılan GISAID veri tabanına eklendi.

SARS-CoV-2 veritabanı

SARS-CoV-2'nin ilk tam genom dizilerini Ocak 2020'nin başlarında, 2021 Nisan'ının ortalarında paylaşan GISAID'in SARS-CoV-2 veritabanı, 170'den fazla farklı ülkedeki araştırmacıların sıkı çalışmasının bir kanıtı olarak 1.200.000'den fazla başvuruya ulaştı. Sadece üç ay sonra, yüklenen SARS-CoV-2 dizilerinin sayısı tekrar ikiye katlanarak 2,4 milyonun üzerine çıktı. COVID-19 pandemisinin ilk yılı boyunca, küresel olarak oluşturulan ve paylaşılan SARS-CoV-2 tam genom dizilerinin çoğu GISAID aracılığıyla gönderildi.

Yönetim

GISAID'in yönetişim yapısı, karar vermede önyargıya karşı koruma sağlamak amacıyla birbirinden bağımsız olarak çalışan birkaç organizasyonel organ sağlar. GISAID'in idari işleri, GISAID'in finansman kaynaklarıyla ilgili olası çıkar çatışmalarını en aza indirmesi beklenen bir mütevelli heyeti tarafından denetlenmektedir . Girişimin bilimsel gözetimi, altı DSÖ Grip İşbirliği Merkezinin tümü dahil olmak üzere önde gelen halk sağlığı laboratuvarlarının direktörlerinden ve Dünya Hayvan Sağlığı Örgütü ve Dünya Hayvan Sağlığı Örgütü için kuş gribi araştırmaları için hayvan sağlığı referans laboratuvarlarının direktörlerinden oluşan Bilimsel Danışma Konseyi'nden gelmektedir . Birleşmiş Milletler Gıda ve Tarım Örgütü . Bu yönetişim yapısı, GISAID'in, virüs dizileme ve biyoinformatik uzmanlarından oluşan, yazılım ve analiz araçları geliştiricileri ile etkileşim kurmak için kullanıcı topluluğunu temsil eden Veritabanı Teknik Grubu tarafından yönetilen EpiFlu™ veritabanının işlevsel yeteneklerini geliştirmeyi amaçlamaktadır .

Erişim ve fikri mülkiyet

GenBank ve EMBL gibi kamuya açık veritabanlarından farklı olarak , GISAID kullanıcılarının kimliklerini teyit ettirmeleri ve GISAID verilerinin nasıl kullanılacağını yöneten bir Veritabanı Erişim Anlaşmasını kabul etmeleri gerekir. Bu Kullanım Koşulları, kullanıcıların Kullanım Koşullarını kabul etmeyen diğer kullanıcılarla herhangi bir veri paylaşmasını engeller. Kullanım Koşulları, veri kullanıcılarının yayınlanan çalışmalarda veri oluşturucuları onaylamasını ve ayrıca veri oluşturucularla işbirliği yapmak ve onları verilerini kullanan araştırma ve analizlere dahil etmek için makul bir girişimde bulunmasını gerektirir.

GISAID'in Veri Erişim Anlaşması'nın ele almaya çalıştığı bir zorluk, birçok araştırmacının grip dizisi verilerinin paylaşılmasının aşı endüstrisi ve diğerleri tarafından fikri mülkiyet iddiaları yoluyla kötüye kullanılmasını kolaylaştırabileceğinden ve gelişmekte olan ülkelerde aşılara ve diğer maddelere yüksek maliyetler yoluyla erişimi engelleyebileceğinden korkmasıdır. ya da teknoloji transferini engelleyerek . Çoğu kamu yararı uzmanı GISAID ile grip dizisi verilerinin kamuya açıklanması gerektiği konusunda hemfikir olsa da ve bu birçok araştırmacı tarafından anlaşma konusu olsa da, bazıları bilgiyi yalnızca patent taleplerinin dosyalanmasından sonra sağlarken, diğerleri buna erişimin yalnızca hiçbir patent veya diğer fikri mülkiyet iddiasının sunulmaması koşulu. GISAID'in Veri Erişim Anlaşması, veri paylaşımını teşvik etmek için bunu doğrudan ele alır. GISAID'in prosedürleri ayrıca, EpiFlu veri tabanına erişenlerin, genetik dizilerin menşe ülkelerine ve dizileri keşfeden araştırmacılara danışmalarını önermektedir. Sonuç olarak, GISAID lisansı viral dizi veri analizi alanını değiştirmiştir.

Referanslar

daha fazla okuma

Dış bağlantılar