Katlama değişikliği - Fold change
Katlama değişimi , bir miktarın orijinal ve sonraki bir ölçüm arasında ne kadar değiştiğini açıklayan bir ölçüdür . İki nicelik arasındaki oran olarak tanımlanır ; miktarları için , A ve B'nin kat değişim B ile ilgili olarak A ise B / A . Başka bir deyişle, 30'dan 60'a bir değişiklik, 2'lik bir değişim olarak tanımlanır. Buna "bir kat artış" da denir. Benzer şekilde, 30'dan 15'e bir değişiklik, "0.5 kat azalma" olarak adlandırılır. Katlama değişimi, genellikle farklı zamanlarda alınan bir biyolojik sistemin çoklu ölçümlerini analiz ederken kullanılır, çünkü zaman noktaları arasındaki oran tarafından açıklanan değişimin yorumlanması, farktan daha kolaydır .
Katlama değişikliği, çoklu X artışını " X kat artış" olarak tanımlamak yaygın olduğu için bu adla anılır . Bu nedenle, Oxford İngilizce Sözlüğü ve Merriam-Webster Sözlüğü ile Collins'in Matematik Sözlüğü de dahil olmak üzere çeşitli sözlükler, "-kat"ı "katlar" olarak tanımlar, "2 kat" = "2 kez" = " çift". Muhtemelen bu tanımdan dolayı, birçok bilim adamı sadece "katlama"yı değil, aynı zamanda "kat değişimi"ni "3 kat daha büyük" = "3 kat daha büyük" ifadesinde olduğu gibi "zaman" ile eşanlamlı olarak kullanır.
Katlama değişimi genellikle bir genin ekspresyon seviyesindeki değişikliği ölçmek için mikrodizi ve RNA-Seq deneylerinden elde edilen gen ekspresyon verilerinin analizinde kullanılır . Bu ayarda kat değişikliği kullanmanın bir dezavantajı ve ciddi bir riski, önyargılı olması ve farklı olarak ifade edilen genleri büyük farklılıklar ( B - A ) ancak küçük oranlar ( B / A ) ile yanlış sınıflandırması ve bu da yüksek ifade seviyelerindeki değişikliklerin yetersiz tanımlanmasına yol açmasıdır. . Ayrıca, payda sıfıra yakın olduğunda oran sabit değildir ve kat değişim değeri ölçüm gürültüsünden orantısız şekilde etkilenebilir.
alternatif tanım
Bu genellikle kullanımdan kalkmış olsa da, alternatif bir kat değişimi tanımı vardır. Burada kat değişimi, son değer ile ilk değer arasındaki farkın başlangıç değerine bölünmesiyle elde edilen oran olarak tanımlanır. A ve B miktarları için , kat değişimi ( B − A )/ A veya eşdeğer olarak B / A − 1 olarak verilir. Bu formülasyon, hiçbir değişikliğin sıfıra eşit olmaması, %100'lük bir artışın 1'e eşit olması gibi çekici özelliklere sahiptir. ve %100 azalma -1'e eşittir. Bununla birlikte, sözel olarak ikiye katlanmaya bir kat değişim ve üçe katlamaya iki kat değişiklik olarak atıfta bulunmak mantıksızdır ve bu nedenle bu formülasyon nadiren kullanılır.
Bu formülasyona bazen göreli değişim denir ve Prism yazılım paketinde kesirli fark olarak etiketlenir .
Genomik ve biyoinformatikteki değişiklikleri katlayın
Genomik alanında (ve daha genel olarak biyoinformatikte ), modern kullanım, kat değişimini alternatif tanımla değil, oranlar açısından tanımlamaktır.
Ancak, log oranları genellikle kat değişikliklerinin analizi ve görselleştirilmesi için kullanılır. Yorumlamak kolay olduğu gibi bir baz ile 2 logaritma en yaygın olarak, örneğin, bir orijinal ölçekleme katlama bir günlük eşittir, kullanılan 2 1 kat değişimi, dört katına bir günlük eşittir 2 2 ve böylece katlama değişikliği . Tersine, değişiklik eşdeğer bir miktarda azaldığında ölçü simetriktir, örneğin bir yarıya bölme, -1'lik bir log 2 kat değişime eşittir, bir çeyreklik, -2'lik bir log 2 kat değişime eşittir vb. Bu, üstel değişiklikler doğrusal olarak görüntülendiğinden ve böylece dinamik aralık artırıldığından, estetik açıdan daha hoş çizimlere yol açar. Örneğin, log 2 kat değişiklikleri gösteren bir çizim ekseninde , 3 eksen değerinde (2 3 = 8 olduğundan) 8 katlık bir artış görüntülenecektir . Bununla birlikte, sadece taban 2'ye göre logaritmanın kullanılması için matematiksel bir neden yoktur ve gen/protein ifadesindeki log 2 kat değişikliklerinin tanımlanmasındaki birçok tutarsızlık nedeniyle , yeni bir " loget " terimi önerilmiştir.