Edward Marcotte - Edward Marcotte
Edward Marcotte bir olan profesör bir biyokimya de Austin Texas Üniversitesi çalışan genetik , proteomik ve biyoinformatik . Marcotte, biyoinformatik tabanlı tahminleri doğrulamak için deneylere de dayanan bir hesaplamalı biyolog örneğidir .
Eğitim ve pozisyonlar
Marcotte'nin lisans eğitimi, 1990 yılında Mikrobiyoloji alanında lisans derecesi aldığı Austin'deki Texas Üniversitesi'ndeydi. Doktora derecesini aldı. 1995 yılında Austin'deki Texas Üniversitesi'nden Biyokimya alanında yüksek lisans yaptı ve doktora sonrası çalışmalarını hem UT Austin'de hem de California Üniversitesi, Los Angeles'ta Profesör David Eisenberg ile yaptı . Marcotte, 2001'den beri UT Austin'de profesördür.
Araştırma
Marcotte'nin başlıca araştırma katkıları biyoinformatik, proteomik, sistem biyolojisi ve sentetik biyoloji alanlarındadır .
Biyoinformatik ve sistem biyolojisi
İlk çalışmalarda, Marcotte ve meslektaşları, herhangi bir karmaşık organizmadaki (maya Saccharomyces cerevisiae ) proteinler arasındaki fonksiyonel bağlantıların ilk genom ölçeğinde haritasını oluşturdular; bu, onların tüm karaktersiz maya proteinlerinin yarısından fazlasının işlevini tahmin etmelerine izin veren bir yaklaşım. Marcotte ayrıca, filogenetik profil oluşturma , Rosetta Stone gen füzyonu , mRNA birlikte ekspresyonu ve ayna ağacı yaklaşımları dahil olmak üzere proteinler arasındaki fonksiyonel etkileşimleri tanımlamak için çeşitli yöntemler geliştirdi .
2010 yılında Marcotte ve meslektaşları , fenotipe dayalı derin homoloji vakalarını tanımlamak için bir algoritma belirlediler .
proteomik
Proteomik alanında, Marcotte'nin katkıları arasında insan protein etkileşim ağının erken versiyonlarını geliştirme ve >7.000 insan protein etkileşiminin haritasını çıkarma yer alır. Marcotte ve meslektaşları, protein ekspresyonu, hücre altı konumu ve fonksiyonunun yüksek verimli ölçümü için noktalı hücre mikrodizi tekniğini geliştirdiler, kütle spektrometrisi verilerini analiz etmek için algoritmalar geliştirdiler, kütle spektrometrisi proteomik verileri için açık erişimli bir veritabanı başlattılar ve mutlak veriler için APEX yöntemini geliştirdiler. Proteom çapında bir ölçekte protein ölçümü. APEX kullanarak, Marcotte ve meslektaşları, daha düşük bir ökaryottaki protein bolluğunun ağırlıklı olarak mRNA seviyeleri tarafından belirlenirken, insan protein bolluklarının, transkripsiyonel ve transkripsiyon sonrası düzenleme ile kabaca eşit olarak belirlendiğini gösterdi.