Crenarchaeota - Crenarchaeota

Crenarchaeota
Belirli bir virüs STSV-1 ile enfekte Archaea Sulfolobus .
bilimsel sınıflandırma
İhtisas:	Arkea
Krallık:	Proteoarkeota
süperfilum:	TACK
filum:	" Crenarchaeota " Garrity & Holt 2002
Sınıf
termoprotein
Eş anlamlı
olmayan "Crenarchaeota" Cavalier-Smith 2002 Eosit eositler Thermoproteaeota Ören ve ark. 2015 "Termoproteota" Whitman 2018

Crenarchaeota (aynı zamanda Crenarchaea veya eocytes ) olan arkeler bir şekilde sınıflandırılmıştır phylum Arkeler alanının. Başlangıçta, Crenarchaeota kükürt bağlı olduğu düşünülen ekstremofiller son çalışmalar karakteristik Crenarchaeota çevre belirledik rRNA deniz ortamında en bol arke olabilir organizmalar göstermektedir. Başlangıçta, rRNA dizilerine dayalı olarak diğer arkelerden ayrıldılar; histon eksikliği gibi diğer fizyolojik özellikler, bu bölünmeyi desteklediler, ancak bazı crenarchaea'ların histonları olduğu tespit edildi. Yakın zamana kadar kültürlenmiş tüm Crenarchaea, bazıları 113 °C'ye kadar büyüme yeteneğine sahip olan termofilik veya hipertermofilik organizmalardı. Bu organizmalar Gram negatif boyanır ve morfolojik olarak çeşitlidir, çubuk, kok , ipliksi ve tuhaf şekilli hücrelere sahiptir.

sülfolobüs

Crenarcheota'nın en iyi karakterize edilmiş üyelerinden biri Sulfolobus solfataricus'tur . Bu organizma orijinal olarak İtalya'daki jeotermal olarak ısıtılan sülfürik kaynaklardan izole edilmiştir ve 80 °C'de ve 2-4 pH'da büyür. Termofil ve arke araştırmalarında öncü olan Wolfram Zillig tarafından ilk karakterizasyonundan bu yana , aynı cinse ait benzer türler dünya çapında bulunmuştur. Kültürlü termofillerin büyük çoğunluğunun aksine, Sulfolobus aerobik ve kemoorganotrofik olarak büyür (enerjisini şekerler gibi organik kaynaklardan alır). Bu faktörler, laboratuvar koşullarında anaerobik organizmalardan çok daha kolay bir büyümeye izin verir ve Sulfolobus'un hipertermofiller ve bunların içinde çoğalan çok çeşitli virüslerin incelenmesi için model bir organizma olmasına yol açmıştır .

Deniz türleri

1992'den başlayarak, deniz ortamlarında Crenarchaea'ya ait gen dizilerini bildiren veriler yayınlandı. ^, O zamandan beri, bol analizi lipid açık okyanus alınan Crenarchaea ince zarlarındaki (bakınız, bu “düşük sıcaklık Crenarchaea” konsantrasyonunu belirlemek için kullanılmıştır TEX-86 ). İmza lipitlerinin bu ölçümlerine dayanarak, Crenarchaea'nın çok bol olduğu ve karbonun sabitlenmesine ana katkıda bulunanlardan biri olduğu düşünülmektedir . Crenarchaea'dan elde edilen DNA dizileri, toprak ve tatlı su ortamlarında da bulunmuştur; bu, bu filumun çoğu ortamda her yerde bulunduğunu düşündürmektedir.

2005 yılında, ilk kültürlü “düşük sıcaklıklı Crenarchaea”nın kanıtı yayınlandı. Dosya adı Nitrosopumilus maritimus , bir olan amonyak 28 ° C'de bir deniz akvaryum tankı izole edilmiş ve yetiştirilen -oxidizing organizma ° C.

Eosit hipotezi

Eocyte hipotezi tarafından 1980'lerde önerdiği James Gölü düşündürmektedir ökaryotlar içinde ortaya prokaryotik eocytes.

Crenarchaea ve ökaryotlar arasında yakın bir ilişkiyi destekleyen olası bir kanıt, Crenarchea'da RNA polimeraz alt birimi Rbp-8'in bir homologunun varlığıdır, ancak Euryarchaea'da yoktur.

Ayrıca bakınız

• Euryarchaeota

Referanslar

daha fazla okuma

Bilimsel dergiler

• Cavalier-Smith, T (2002). "Arkebakterilerin neomuran kökeni, evrensel ağacın negibakteriyel kökü ve bakteriyel mega sınıflandırma" . Int. J. Sist. Evrim. Mikrobiyol . 52 (Pt 1): 7–76. doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID  11837318 .
• Stackebrandt, E; Frederiksen W; Garrity GM; Grimont PA; Kampfer P; kız MC; Nesme X; Rossello-Mora R; Salıncaklar J; Truper HG; Vauterin L; Koğuş AC; Whitman WB (2002). "Bakteriyolojide tür tanımının yeniden değerlendirilmesi için geçici komitenin raporu". Int. J. Sist. Evrim. Mikrobiyol . 52 (Pt 3): 1043–1047. doi : 10.1099/ijs.0.02360-0 . PMID  12054223 .
• Gürtler, V; Mayall M.Ö. (2001). "Bakteriyel izolatların tiplenmesine, taksonomisine ve evrimine genomik yaklaşımlar". Int. J. Sist. Evrim. Mikrobiyol . 51 (Pt 1): 3-16. doi : 10.1099/00207713-51-1-3 . PMID  11211268 .
• Dalevi, D; Hugenholtz P; Blackall LL (2001). "16S rDNA verilerini kullanarak bölüm düzeyinde filogenetik ilişkileri çözmeye yönelik çoklu dış grup yaklaşımı" . Int. J. Sist. Evrim. Mikrobiyol . 51 (Pt 2): 385-391. doi : 10.1099/00207713-51-2-385 . PMID  11321083 .
• Keswani, J; Whitman WB (2001). "Prokaryotlarda DNA hibridizasyonu ile 16S rRNA dizisi benzerliğinin ilişkisi" . Int. J. Sist. Evrim. Mikrobiyol . 51 (Pt 2): 667–678. doi : 10.1099/00207713-51-2-667 . PMID  11321113 .
• Genç, JM (2001). "Bakteri taksonomisi için alternatif sınıflandırmaların ve yatay gen transferinin etkileri". Int. J. Sist. Evrim. Mikrobiyol . 51 (Pt 3): 945–953. doi : 10.1099/00207713-51-3-945 . PMID  11411719 .
• Christensen, H; Bisgaard M; Frederiksen W; Mırıltılar R; Kuhnert P; Olsen JE (2001). "Yeni bir cins veya türün geçerli bir şekilde yayınlanması için tek bir izolatın karakterizasyonu yeterli mi? Bakteriyolojik Kodun (1990 Revizyonu) 30b tavsiyesini değiştirme önerisi" . Int. J. Sist. Evrim. Mikrobiyol . 51 (Pt 6): 2221–2225. doi : 10.1099/00207713-51-6-2221 . PMID  11760965 .
• Christensen, H; Angen O; Mırıltılar R; Olsen JE; Bisgaard M (2000). "DNA'nın kovalent eki kullanılarak mikro kuyularda belirlenen DNA-DNA hibridizasyonu" . Int. J. Sist. Evrim. Mikrobiyol . 50 (3): 1095-1102. doi : 10.1099/00207713-50-3-1095 . PMID  10843050 .
• Xu, HX; Kawamura Y; Li N; Zhao L; Li TM; Li ZY; Shu S; Ezaki T (2000). "Bir kılcal tüpte DNA denatürasyonu sırasında floresan yoğunluğunu izleyerek bakteriyel kromozomların G+C içeriğini belirlemek için hızlı bir yöntem" . Int. J. Sist. Evrim. Mikrobiyol . 50 (4): 1463–1469. doi : 10.1099/00207713-50-4-1463 . PMID  10939651 .
• Genç, JM (2000). "Bakteriyolojik Kodda devam eden karışıklığı önlemek için öneriler" . Int. J. Sist. Evrim. Mikrobiyol . 50 (4): 1687-1689. doi : 10.1099/00207713-50-4-1687 . PMID  10939677 .
• Hansmann, S; Martin W (2000). "Prokaryotik genomlar boyunca korunan eski bir gen kümesinde kodlanmış 33 ribozomal ve diğer altı proteinin filogenisi: zayıf hizalanabilir bölgelerin analizden çıkarılmasının etkisi" . Int. J. Sist. Evrim. Mikrobiyol . 50 (4): 1655-1663. doi : 10.1099/00207713-50-4-1655 . PMID  10939673 .
• Tindall, BJ (1999). "Patent amaçları için tahsis edilen kültür toplama numaraları altında saklanan tip suşların belirlenmesini düzenleyen Kuralı değiştirme önerisi" . Int. J. Sist. bakteriol . 49 (3): 1317-1319. doi : 10.1099/00207713-49-3-1317 . PMID  10490293 .
• Tindall, BJ (1999). "ICSB tarafından kabul edilen değişikliklerin geriye dönük sonuçlarını sınırlamak için Kural 18a, Kural 18f ve Kural 30'u değiştirme önerisi" . Int. J. Sist. bakteriol . 49 (3): 1321-1322. doi : 10.1099/00207713-49-3-1321 . PMID  10425797 .
• Tindall, BJ (1999). "Bakteriyolojik Kodun Yanlış Anlaşılması" . Int. J. Sist. bakteriol . 49 (3): 1313-1316. doi : 10.1099/00207713-49-3-1313 . PMID  10425796 .
• Tindall, BJ (1999). "Bakteriyolojik Kodun güncellenmesi ve değiştirilmesine yönelik teklifler" . Int. J. Sist. bakteriol . 49 (3): 1309-1312. doi : 10.1099/00207713-49-3-1309 . PMID  10425795 .
• Burggraf, S; Huber H; Stetter KO (1997). "16S rRNA dizi verilerine uygun olarak crenarchael siparişlerinin ve ailelerinin yeniden sınıflandırılması" . Int. J. Sist. bakteriol . 47 (3): 657-660. doi : 10.1099/00207713-47-3-657 . PMID  9226896 .
• Palys, T; Nakamura LK; Cohan FM (1997). "Bakteri dünyasında ekolojik çeşitliliğin keşfi ve sınıflandırılması: DNA dizisi verilerinin rolü" . Int. J. Sist. bakteriol . 47 (4): 1145–1156. doi : 10.1099/00207713-47-4-1145 . PMID  9336922 .
• Euzeby, JP (1997). "Adlandırmada Duran Bakteri İsimlerinin Listesi: İnternette bulunan bir klasör" . Int. J. Sist. bakteriol . 47 (2): 590-592. doi : 10.1099/00207713-47-2-590 . PMID  9103655 .
• Clayton, RA; Sutton G; Hinkle PS Jr; Bullet C; Alan C (1995). "GenBank'taki küçük alt birim rRNA dizilerindeki spesifik olmayan varyasyon: neden tek diziler prokaryotik taksonları yeterince temsil etmeyebilir" . Int. J. Sist. bakteriol . 45 (3): 595–599. doi : 10.1099/00207713-45-3-595 . PMID  8590690 .
• Murray, RG; Schleifer KH (1994). "Taksonomik notlar: prokaryotların varsayılan taksonlarının özelliklerini kaydetmek için bir öneri" . Int. J. Sist. bakteriol . 44 (1): 174–176. doi : 10.1099/00207713-44-1-174 . PMID  8123559 .
• Winker, S; Woese CR (1991). "Küçük alt birim ribozomal RNA özellikleri açısından Archaea, Bacteria ve Eucarya alanlarının tanımı". Sist. Uygulama Mikrobiyol . 14 (4): 305–310. doi : 10.1016/s0723-2020(11)80303-6 . PMID  11540071 .
• Woese, CR; Kandler O; Wheelis ML (1990). "Doğal bir organizma sistemine doğru: Archaea, Bacteria ve Eucarya alanları için öneri" . Proc. Natl. Acad. bilim ABD . 87 (12): 4576-4579. Bibcode : 1990PNAS...87.4576W . doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC  54159 . PMID  2112744 .
• Achenbach-Richter, L; Woese CR (1988). "Arkebakterilerde ribozomal gen ayırıcı bölge". Sist. Uygulama Mikrobiyol . 10 (3): 211–214. doi : 10.1016/s0723-2020(88)80002-x . PMID  11542149 .
• McGill, TJ; Jurka J; Sobieski JM; Pickett MH; Woese CR; Fox GE (1986). "Karakteristik arkebakteriyel 16S rRNA oligonükleotitleri". Sist. Uygulama Mikrobiyol . 7 (2–3): 194–197. doi : 10.1016/S0723-2020(86)80005-4 . PMID  11542064 .
• Woese, CR; Gupta R; Hakan CM; Zillig W; Tu J (1984). "Üç kükürt bağımlı arkebakterilerin filogenetik ilişkileri". Sist. Uygulama Mikrobiyol . 5 : 97–105. doi : 10.1016/S0723-2020(84)80054-5 . PMID  11541975 .
• Woese, CR; Olsen GJ (1984). "Üç kükürt bağımlı arkebakterilerin filogenetik ilişkileri". Sist. Uygulama Mikrobiyol . 5 : 97–105. doi : 10.1016/S0723-2020(84)80054-5 . PMID  11541975 .
• Woese, CR; Fox GE (1977). "Prokaryotik alanın filogenetik yapısı: birincil krallıklar" . Proc. Natl. Acad. bilim ABD . 74 (11): 5088–5090. Bibcode : 1977PNAS...74.5088W . doi : 10.1073/pnas.74.11.5088 . PMC  432104 . PMID  270744 .

Bilimsel kitaplar

• Garrity GM, Holt JG (2001). "Phylum AI. Crenarchaeota phy. kasım." . DR Boone'da, RW Castenholz (ed.). Bergey'in Sistematik Bakteriyoloji El Kitabı Cilt 1: Arkea ve derin dallanma ve fototrofik Bakteriler (2. baskı). New York: Springer Verlag. s.  169 . ISBN'si 978-0-387-98771-2.

Bilimsel veri tabanları

• Crenarchaeota için PubMed referansları
• Crenarchaeota için PubMed Central referansları
• Crenarchaeota için Google Akademik referansları

Dış bağlantılar

• Crenarchaeota için NCBI sınıflandırma sayfası
• Crenarchaeota için Hayat Ağacı sınıflandırma sayfalarında ara
• Crenarchaeota için Species2000 sayfasını arayın
• Crenarchaeota için MicrobeWiki sayfası
• Crenarchaeota için LPSN sayfası
• Wisconsin Üniversitesi Sanal Mikrobiyoloji sitesinden Crenarchaeota .
• Crenarchaeal Genomların Karşılaştırmalı Analizi ( DOE'nin IMG sisteminde )

xclvkjesodkd0riyjtokgpfdoi-s-bj9tjhitebjtr3iog-kwg-it9jhti39fjo3ir=hj3kflrpj0yu3]i09ogkij