Kimera (moleküler biyoloji) - Chimera (molecular biology)
Olarak genetik ve moleküler biyoloji , bir kimera birden tek bir DNA sekansı menşeli olan transkriptleri veya üst sekansları. Çeşitli bağlamlarda ortaya çıkabilir. Kimeralar genellikle bir kirletici olarak kabul edilir, çünkü bir kimera aslında bir yapay iken yeni bir dizi olarak yorumlanabilir . Ancak yapay kimeraların oluşumu moleküler biyolojide de faydalı bir araç olabilir. Örneğin, protein mühendisliğinde , "kimerajenez (homolog cDNA'lar tarafından kodlanan proteinler arasında kimeralar oluşturma )", "cDNA dizilerini manipüle etmek için kullanılan iki ana teknikten" biridir.
Açıklama
transkript kimera
Bir kimera, iki transkriptten kaynaklanan tek bir cDNA dizisi olarak ortaya çıkabilir . Genellikle transkript ve eksprese edilmiş dizi etiketi ( EST chimera takma adıyla sonuçlanır ) veritabanlarında bir kirletici olarak kabul edilir . Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nin Unigene veri tabanındaki tüm transkriptlerin yaklaşık % 1'inin bir "kimerik dizi" içerdiği tahmin edilmektedir .
PCR kimera
Bir kimera, PCR amplifikasyonunun bir eseri de olabilir . Bir amplikonun uzantısı durdurulduğunda ve durdurulan ürün bir sonraki PCR döngüsünde bir primer olarak işlev gördüğünde meydana gelir . Durdurulan ürün yanlış şablona tavlanır ve uzamaya devam eder, böylece iki farklı şablondan kaynaklı tek bir dizi sentezlenir.
PCR kimeraları, biyoçeşitliliği belirlemek için çevresel örneklerden DNA dizilerinin kullanıldığı metabarkodlama sırasında dikkate alınması gereken önemli bir konudur . Bir kimera, büyük olasılıkla bilinen herhangi bir organizmayla eşleşmeyecek yeni bir dizidir. Bu nedenle, yeni bir tür olarak yorumlanabilir ve böylece çeşitlilik üzerinde şişer.
kimerik okuma
Kimerik okuma, gerçek bir kimeradan (yani bir numunedeki fiziksel bir DNA dizisinden) kaynaklanan veya örneğin yanlış okunması nedeniyle üretilen bir dijital DNA dizisidir (yani bir dosyadaki bir DNA dizisi olarak okunabilen bir harf dizisidir) . İkincisinin, elektroforez jellerinin dizilenmesiyle meydana geldiği bilinmektedir .
Kimeraları tespit etmek için aşağıdakiler gibi bazı yöntemler geliştirilmiştir:
- Ribozomal Veritabanı Projesinin CHECK_CHIMERA'sı
- QIIME'de ChimeraSlayer
- uchime in usearch
- dada2'de removeBimeraDenovo()
- Bellerofon
Örnekler
- "...insan geni C2orf3 için izole edilen ilk mRNA transkripti "...yapay bir kimeranın parçasıydı..."
- CYP2C17'nin bir insan geni olduğu düşünülüyordu, ancak "...şimdi CYP2C18 ve CYP2C19 kimerasına dayanan bir artefakt olarak kabul ediliyor ."
- Araştırmacılar, Oncostatin M ile ilgili çalışmalarında reseptör kimeraları yarattılar .
Ayrıca bakınız
Referanslar
 |
Bu genetik makale bir taslaktır . Vikipedi'yi genişleterek yardımcı olabilirsiniz . |