Alfaproteobakteriler - Alphaproteobacteria

Alfaproteobakteriler
Wolbachia.png
Bir böcek hücresi içindeki Wolbachia'nın iletim elektron mikrografı .
Kredi: Halk Bilim Kütüphanesi / Scott O'Neill
bilimsel sınıflandırma e
İhtisas: bakteri
filum: proteobakteriler
Sınıf: Alfaproteobakteriler
Garrity ve ark . 2006
Alt Sınıflar ve Siparişler
Eş anlamlı
  • " Caulobacteria " Cavalier-Smith 2020
  • Anoksifotobakteriler (Gibbons ve Murray 1978) Murray 1988
  • Photobacteria Gibbons ve Murray 1978 (Onaylı Listeler 1980)
  • Alfabakteri Cavalier-Smith 2002

Alfaproteobacteria a, sınıf arasında bakteriler de filum Proteobakteriler (bakınız bakteriyel taksonomisi ). Üyeleri oldukça çeşitlidir ve birkaç ortak noktaya sahiptir, ancak yine de ortak bir atayı paylaşır. Tüm Proteobakteriler gibi, üyeleri gram negatiftir ve hücre içi parazit üyelerinin bazıları peptidoglikan içermez ve sonuç olarak gram değişkendir.

özellikleri

Alfaproteobacteria çeşitli takson ve birkaç ihtiva fototrofik genera çeşitli cinsler metabolizma C1-bileşikleri ( ör , Methylobacterium spp.), Bitki simbiyonlarıdır ( örneğin , Rhizobium spp.), Endosimbiyontlar eklem bacaklılar (arasında Wolbachia ) ve hücre içi patojenler ( örneğin , Rickettsia ) . Ayrıca, sınıf (soyu tükenmiş bir üye olarak) ökaryotik ata tarafından yutulan ve ökaryotik hücrelerde organeller olan mitokondriye yol açan bakteri olan protomitokondriyi içerir (bkz. endosimbiyotik teori ). Teknolojik olarak ilgi çeken bir tür Rhizobium radiobacter'dir (eski adıyla Agrobacterium tumefaciens ): bilim adamları genellikle bu türü yabancı DNA'yı bitki genomlarına aktarmak için kullanırlar. Pelagibacter ubique gibi aerobik anoksijenik fototrofik bakteriler , geniş çapta dağılmış ve açık okyanus mikrobiyal topluluğunun %10'undan fazlasını oluşturabilen alfaproteobakterilerdir .

Evrim ve genomik

Siparişlerin filogenisi konusunda , özellikle Pelagibacterales'in yeri konusunda bazı anlaşmazlıklar var, ancak genel olarak bir fikir birliği var. Anlaşmazlık Gen içeriği büyük farktan (kaynaklanmaktadır örneğin genom düzene de Pelagibacter Ubique ) ve büyük bir farklılık GC-içeriğine çeşitli siparişlerin üyeleri arasında. Spesifik olarak Pelagibacterales , Rickettsiales ve Holosporales , AT açısından zengin genomlara sahip türler içerir. Yapay bir kümelenme ile sonuçlanacak bir yakınsak evrim vakası olabileceği iddia edildi . Ancak, birkaç çalışma aynı fikirde değil.

Ayrıca, ribozomal RNA'nın ( prokaryotlar için geleneksel filogenetik işaretçi ) GC içeriğinin, genomun GC içeriğini çok az yansıttığı bulunmuştur. Filogeni ile ribozomal GC içeriğinin bu atipik korelasyonunun bir örneği , Holosporales üyelerinin, yüksek genomik GC içeriğine sahip türlerle daha yakından ilişkili olmalarına rağmen , Pelagibacterales ve Rickettsiales üyelerinden çok daha yüksek bir ribozomal GC içeriğine sahip olmalarıdır. son iki düzenin üyelerine göre.

Alphaproteobacteria Sınıfı , Magnetococcidae , Rickettsidae ve Caulobacteridae olmak üzere üç alt sınıfa ayrılır . Bazal grubu Magnetococcidae büyük bir çeşitlilik ile oluşur, magnetotactic bakteriler , ama sadece bir açıklanmaktadır Magnetococcus mannus . Rickettsidae hücre içi oluşur Rickettsiales ve serbest yaşayan Pelagibacterales . Caulobacteridae oluşmaktadır Holosporales , Rhodospirillales , Sphingomonadales , Rhodobacterales , Caulobacterales , Kiloniellales , Kordiimonadales , Parvularculales ve Sneathiellales .

Sıralı genomların karşılaştırmalı analizleri, aynı zamanda , ya tüm Alphaproteobacteria'ların ya da onların farklı ana sıralarının (yani, Rhizobiales ) ayırt edici özellikleri olan yaygın olarak dağılmış proteinlerde ve tam proteinlerde (yani imza proteinleri ) birçok korunmuş ekleme-silme (indel) keşfine yol açmıştır . , Rhodobacterales , Rhodospirillales , Rickettsiales , Sphingomonadales ve Caulobacterales ) ve aileler (yani. Rickettsiaceae , Anaplasmataceae , Rhodospirillaceae , Acetobacteraceae , Bradyrhiozobiaceae , Brucellaceae'dır ve Bartonellaceae ).

Bu moleküler imzalar, bu taksonomik grupların sınırlandırılması ve yeni türlerin bu gruplara tanımlanması/atanması için yeni araçlar sağlar. Çok sayıda başka proteindeki filogenetik analizler ve korunmuş indeller, Alphaproteobacteria'nın Betaproteobacteria ve Gammaproteobacteria hariç diğer birçok filumdan ve Bakteri Sınıflarından daha sonra dallara ayrıldığına dair kanıt sağlar .

Alphaproteobacteria'nın filogenisi sürekli olarak yeniden gözden geçirilmiş ve güncellenmiştir. Magnetococcidae'nin Alphaproteobacteria'ya dahil edilmesi için bazı tartışmalar var . Örneğin, bağımsız bir proteobakteriyel sınıfı ( Etaproteobacteria için) Magnetococcidae önerilmiştir. Son zamanlarda phylogenomic çalışma arasındaki protomitochondrial dalının yerleştirme anlaşılacağı Magnetococcidae ve dışında Alfaproteobacteria kalanından protomitochondrial kökeninin erken ayrılık anlaşılacağı diğer tüm alphaproteobacterial taksa, Magnetococcidae . Bu filogeni, aynı zamanda, protomitokondriyal soyun mutlaka Rickettsidae ile yakın bir ilişkiye sahip olmadığını da göstermektedir .

Incertae Sedis

Aşağıdaki taksonlar Alphaproteobacteria'ya atanmıştır, ancak bir veya daha fazla araya giren taksonomik sıraya atanmamıştır:

  • Bir alt sınıfa atanmamış siparişler
  • Cins bir aileye atanmamış
    • " Candidatus Anoxipelagibacter" Ruiz-Perez ve ark . 2021
    • " Bilophococcus " Moench 1988
    • " Charonomicrobium " Csotonyi ve ark . 2011
    • " Candidatus Endolissoclinum" Kwan ve ark . 2012
    • " Candidatus Endowatersipora" Anderson ve Haygood 2007
    • " Candidatus Halyseomicrobium" Levantesi ve ark . 2004
    • " Candidatus Halyseosphaera" Kragelund ve ark . 2006
    • " Candidatus Hodgkinia" McCutcheon ve diğerleri . 2009
    • " Candidatus Lariskella" Matsuura ve ark . 2012
    • " Marinosulfonomonas " Holmes ve ark . 1997
    • " Candidatus Mesopelagibacter" Ruiz-Perez ve ark . 2021
    • " Metilosülfonomonas " Holmes ve ark . 1997
    • " Candidatus Monilibacter" Kragelund ve ark . 2006
    • " Nanobacterium " Ciftcioglu ve diğ . 1997
    • " Oleomonas " Kanamori ve diğerleri . 2002
    • " Candidatus Paraholospora" Eschbach ve ark . 2009
    • " Candidatus Phycosocius" Tanabe ve ark . 2015
    • " Candidatus Puniceispirillum" Oh ve diğerleri . 2010
    • " Tetracoccus " Blackall ve ark . 1997
    • " Tuberoidobacter " Nikitin 1983
  • Bir cinse atanmamış türler

filogeni

Şu anda kabul edilen taksonomi, İsimlendirmede Duran Prokaryotik İsimler Listesine (LPSN) dayanmaktadır. Filogeni, bütün genom analizine dayanır. Alt sınıf adları, Ferla et al . (2013).

Alfaproteobakteriler
Manyetokokgiller

manyetokoklar

Mariprofundales

Rickettsidae

Rickettsiales ( mitokondri dahil )

" Pelagibakteriler "

Caulobacteridae

Sphingomonadales

Rodopriller

Rhodothalassiales

iyodimonadales

Kordiimonadales

Emcibacterales

Sneathiella'lar

hipomikrobiyaller

rodobakteriler

Mikropepsales

" Parvularküller "

Caulobacterales

grup dışı

Spiroketler

Doğal genetik dönüşüm

Az sayıda çalışma rapor edilmiştir, ancak doğal genetik transformasyon olarak Alfaproteobacteria bu işlem de tarif edilmiştir Agrobacterium tumefaciens , Methylobacterium organophilum ve Bradyrhizobiumjaponicum . Doğal genetik transformasyon, araya giren ortam aracılığıyla bir bakteri hücresinden diğerine DNA transferini ve donör dizisinin homolog rekombinasyon yoluyla alıcı genomuna entegrasyonunu içeren cinsel bir süreçtir .

Notlar

Referanslar

Dış bağlantılar